Считайте файл данных, содержащий тестовую информацию о последовательности для массива Affymetrix GeneChip
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile)
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'SeqPath', SeqPathValue, ...)
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'SeqOnly', SeqOnlyValue, ...)
SeqFile | Вектор символов или строка, задающая имя файла файла последовательности (разделенный от вкладки или FASTA), который содержит следующую информацию для определенного типа массива Affymetrix® GeneChip®:
Файл последовательности (разделенный от вкладки или FASTA) должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в Текущей папке (если вы не используете |
CDFFile | Любое из следующего:
ВниманиеУбедитесь тот |
SeqPathValue | Вектор символов или строка, задающая папку или путь и папку, где SeqFile хранится. |
CDFPathValue | Вектор символов или строка, задающая папку или путь и папку, где CDFFile хранится. |
SeqOnlyValue | Управляет возвратом структуры, Struct, только с одним полем, SequenceMatrix. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
Struct | Структура MATLAB, содержащая следующие поля:
|
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile)SeqFile и CDFFile, и хранит данные в структуре MATLAB Struct, который содержит следующие поля.
| Поле | Описание |
|---|---|
ProbeSetIDs | Массив ячеек, содержащий тестовые идентификаторы набора из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда. Зонды в тестовом наборе пронумерованы 0 через N - 1, где N является количеством зондов в тестовом наборе. |
SequenceMatrix | N-by-25 матрица информации о последовательности для идеальной пары (PM), зондирует на массиве Affymetrix GeneChip, где N является количеством зондов на массиве. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует одному из 25 положений последовательности. Нуклеотиды в последовательностях представлены одним из следующих целых чисел:
ПримечаниеЗонды без информации о последовательности представлены в СоветМожно использовать |
Struct = affyprobeseqread (SeqFile, CDFFilePropertyName ', PropertyValue, ...)affyprobeseqread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
позволяет вам задать путь и папку где Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'SeqPath', SeqPathValue, ...)SeqFile хранится.
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile хранится.
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'SeqOnly', SeqOnlyValue, ...)Struct, только с одним полем, SequenceMatrix. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Считайте данные из файла FASTA и сопоставленного файла библиотеки CDF, приняв, что оба расположены на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке.
S1 = affyprobeseqread('HG-U95A_probe_fasta', 'HG_U95A.CDF');
Считайте данные из разделенного от вкладки файла, и сопоставил структуру CDF, приняв, что разделенный от вкладки файл расположен в заданной папке, и структура CDF находится в вашем рабочем пространстве MATLAB.
S2 = affyprobeseqread('HG-U95A_probe_tab',hgu95aCDFStruct,...
'seqpath','C:\Affymetrix\SequenceFiles\HGGenome');
Доступ к последовательностям нуклеотида первого тестового набора (строки 1 - 20) в SequenceMatrix поле S2 структура.
seq = int2nt(S2.SequenceMatrix(1:20,:))
affygcrma | affyinvarsetnorm | affyread | celintensityread | int2nt | probelibraryinfo | probesetlink | probesetlookup | probesetplot | probesetvalues