Преобразуйте последовательность нуклеотида от целого числа, чтобы обозначить буквами представление
SeqChar = int2nt(SeqInt)
SeqChar = int2nt(SeqInt,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)
SeqChar = int2nt(SeqInt,
...'Unknown', UnknownValue, ...)
SeqChar = int2nt(SeqInt,
...'Case', CaseValue, ...)
SeqInt | Вектор-строка из целых чисел, задающих последовательность нуклеотида. Для допустимых целых чисел см. таблицу Mapping Nucleotide Integers to Letter Codes. Целые числа произвольно присвоены буквам IUB/IUPAC. |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая алфавит нуклеотида. Выбор:
|
UnknownValue | Символ, чтобы представлять неизвестные нуклеотиды, который является 0 или целые числа ≥ 17. Выбором является любой символ кроме символов нуклеотида ACGT, и U и неоднозначные символы нуклеотида NRYKMSWBDH, и V. Значением по умолчанию является *. |
CaseValue | Вектор символов или строка, задающая верхний регистр или нижний регистр. Выбором является 'upper' (значение по умолчанию) или 'lower'. |
SeqChar | Последовательность нуклеотида задана вектором символов кодов. |
SeqChar = int2nt(SeqInt)SeqInt, вектор-строка из целых чисел, задающих последовательность нуклеотида, к SeqChar, вектор символов кодов, задающих ту же последовательность нуклеотида. Для допустимых кодов см. таблицу Mapping Nucleotide Integers to Letter Codes.
Отображение Целых чисел нуклеотида к алфавитным кодам
| Нуклеотид | Целое число | Код |
|---|---|---|
| Аденозин | 1 | A |
| Цитидин | 2 | C |
| Гуанин | 3 | G |
| Тимидин | 4 | T |
Уридин (если 'Alphabet' установите на 'RNA') | 4 | U |
Пурин (A или G) | 5 | R |
Пиримидин (T или C) | 6 | Y |
Keto (G или T) | 7 | K |
Аминопласт (A или C) | 8 | M |
Сильное взаимодействие (3 связи H) (G или C) | 9 | S |
Слабое взаимодействие (2 связи H) (A или T) | 10 | W |
Не A C или G или T) | 11 | B |
Не C A или G или T) | 12 | D |
Не G A или C или T) | 13 | H |
Не T или U A или C или G) | 14 | V |
Любой нуклеотид (A или C или G или T или U) | 15 | N |
| Разрыв неопределенной длины | 16 | - |
| Неизвестный (любое целое число не в таблице) | 017 | * (значение по умолчанию) |
SeqChar = int2nt (SeqIntPropertyName ', PropertyValue, ...)int2nt с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает алфавит нуклеотида. SeqChar = int2nt(SeqInt,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)AlphabetValue может быть 'DNA', который использует символы ACG, и T, или 'RNA', который использует символы ACG, и U. Значением по умолчанию является 'DNA'.
SeqChar = int2nt(SeqInt,
...'Unknown', UnknownValue, ...)0 или целые числа ≥ 17. UnknownValue может быть любой символ кроме символов нуклеотида ACGT, и U и неоднозначные символы нуклеотида NRYKMSWBDH, и V. Значением по умолчанию является *.
SeqChar = int2nt(SeqInt,
...'Case', CaseValue, ...)CaseValue может быть 'upper' (значение по умолчанию) или 'lower'.
Преобразуйте последовательность нуклеотида от целого числа, чтобы обозначить буквами представление.
s = int2nt([1 2 4 3 2 4 1 3 2]) s = ACTGCTAGC
Преобразуйте последовательность нуклеотида от целого числа, чтобы обозначить буквами представление и задать # как символ для неизвестных чисел 17 и больше.
si = [1 2 4 20 2 4 40 3 2]; s = int2nt(si, 'unknown', '#') s = ACT#CT#GC
aa2int | baselookup | int2aa | nt2int