biograph object

Структура данных, содержащая типовые взаимосвязанные данные раньше, реализовывала ориентированного графа

Описание

Биообъект диаграмм является структурой данных, содержащей типовые взаимосвязанные данные, используемые, чтобы реализовать ориентированного графа. Узлы представляют белки, гены или любую другую биологическую сущность, и ребра представляют взаимодействия, зависимости или любое другое отношение между узлами. Биообъект диаграмм также хранит информацию, такую как свойства цвета и характеристики текстовой метки, используемые, чтобы создать 2D визуализацию графика.

Вы создаете биообъект диаграмм с помощью функции конструктора Object biograph. Можно просмотреть графическое представление биообъекта диаграмм с помощью view метод.

Сводные данные метода

Следующее является методами биообъекта диаграмм:

allshortestpaths (biograph)	Найдите все кратчайшие пути в биообъекте диаграмм
conncomp (biograph)	Найдите строго или слабо соединенные компоненты в биообъекте диаграмм
dolayout (biograph)	Вычислите положения узла и траектории ребра
get (biograph)	Получите информацию о биообъекте диаграмм
getancestors (biograph)	Найдите предков узла в биообъекте диаграмм
getdescendants (biograph)	Найдите потомков узла в биообъекте диаграмм
getedgesbynodeid (biograph)	Получите указатели на ребра в биообъекте диаграмм
getmatrix (biograph)	Делайте пересадку матрица от биообъекта диаграмм
getnodesbyid (biograph)	Получите указатели на узлы
getrelatives (biograph)	Найдите родственников узла в биообъекте диаграмм
getweightmatrix (biograph)	Делайте пересадку матрица с весами от биообъекта диаграмм
isdag (biograph)	Протестируйте на циклы в биообъекте диаграмм
isomorphism (biograph)	Найдите изоморфизм между двумя биообъектами диаграмм
isspantree (biograph)	Определите, охватывает ли дерево, созданное из биообъекта диаграмм, дерево
maxflow (biograph)	Вычислите максимальный поток в биообъекте диаграмм
minspantree (biograph)	Найдите минимальное дерево охвата в биообъекте диаграмм
set (biograph)	Установите свойство биообъекта диаграмм
shortestpath (biograph)	Решите задачу кратчайшего пути в биообъекте диаграмм
topoorder (biograph)	Выполните топологический вид направленного графа без петель, извлеченного из биообъекта диаграмм
traverse (biograph)	Пересеките биообъект диаграмм следующими смежными узлами
view (biograph)	Чертите фигуру от биообъекта диаграмм

Следующее является методами объекта узла:

getancestors (biograph)	Найдите предков узла в биообъекте диаграмм
getdescendants (biograph)	Найдите потомков узла в биообъекте диаграмм
getrelatives (biograph)	Найдите родственников узла в биообъекте диаграмм

Сводные данные свойства

Биообъект диаграмм содержит два вида объектов, объектов узла и объектов ребра, которые имеют их собственные свойства. Для списка свойств объектов узла и объектов ребра, см. следующие таблицы.

Свойства биообъекта диаграмм

Свойство	Описание
`ID`	Вектор символов, чтобы идентифицировать биообъект диаграмм. Значением по умолчанию является `''`.
`Label`	Вектор символов, чтобы пометить биообъект диаграмм. Значением по умолчанию является `''`.
`Description`	Вектор символов, который описывает биообъект диаграмм. Значением по умолчанию является `''`.
`LayoutType`	Вектор символов, который задает алгоритм для механизма размещения. Выбор: `'hierarchical'` (значение по умолчанию) — Использование топологический порядок графика присвоить уровни, и затем располагает узлы сверху донизу при минимизации пересекающихся ребер. `'radial'` — Использует топологический порядок графика присвоить уровни, и затем располагает узлы изнутри к за пределами круга, при минимизации пересекающихся ребер. `'equilibrium'` — Вычисляет размещение путем минимизации энергии в динамической пружинной системе.
`EdgeType`	Вектор символов, который задает, как ребра отображаются. Выбор: `'straight'` `'curved'` (значение по умолчанию) `'segmented'` Примечание Изогнутые или сегментированные ребра происходят только при необходимости, чтобы избежать преграды узлами. Биообъекты диаграмм с `LayoutType` равняйтесь `'equilibrium'` или `'radial'` не может произвести изогнутые или сегментированные ребра.
`Scale`	Положительное число, которое постмасштабирует координаты узла. Значением по умолчанию является `1`.
`LayoutScale`	Положительное число, которое масштабирует размер узлов прежде, чем вызвать механизм размещения. Значением по умолчанию является `1`.
`EdgeTextColor`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB. Значением по умолчанию является `[0, 0, 0]`, который задает черный.
`EdgeFontSize`	Положительное число, которое устанавливает размер шрифта ребра в точках. Значением по умолчанию является `8`.
`ShowArrows`	Управляет отображением стрел с ребрами. Выбором является `'on'` (значение по умолчанию) или `'off'`.
`ArrowSize`	Положительное число, которое устанавливает размер стрелок в точках. Значением по умолчанию является `8`.
`ShowWeights`	Управляет отображением текста, указывающего на вес ребер. Выбором является `'on'` или `'off'` (значение по умолчанию).
`ShowTextInNodes`	Вектор символов, который задает свойство узла, раньше помечал узлы, когда вы отображаете биообъект диаграмм с помощью `view` метод. Выбор: `'Label'` — Использует `Label` свойство объекта узла (значение по умолчанию). `'ID'` — Использует `ID` свойство объекта узла. `'None'`
`NodeAutoSize`	Средства управления, предварительно вычисляющие размер узла прежде, чем вызвать механизм размещения. Выбором является `'on'` (значение по умолчанию) или `'off'`. Примечание Установите его на `off` если вы хотите применить различные размеры узла путем изменения `Size` свойство.
`NodeCallback`	Пользовательский коллбэк для всех узлов. Введите имя функции, указателя на функцию или массива ячеек с несколькими указателями на функцию. После использования `view` функционируйте, чтобы отобразить биообъект диаграмм в Средстве просмотра Биографика, можно дважды кликнуть узел, чтобы активировать первый коллбэк, или щелкнуть правой кнопкой и выбрать коллбэк, чтобы активироваться. Значением по умолчанию является анонимная функция, `@(node) inspect(node)`, который отображает диалоговое окно Property Inspector.
`EdgeCallback`	Пользовательский коллбэк для всех ребер. Введите имя функции, указателя на функцию или массива ячеек с несколькими указателями на функцию. После использования `view` функционируйте, чтобы отобразить биообъект диаграмм в Средстве просмотра Биографика, можно щелкнуть правой кнопкой и выбрать коллбэк, чтобы активироваться. Значением по умолчанию является анонимная функция, `@(edge) inspect(edge)`, который отображает диалоговое окно Property Inspector.
`CustomNodeDrawFcn`	Указатель на функцию к индивидуально настраиваемой функции, чтобы чертить узлы. Значением по умолчанию является `[]`.
`Nodes`	Вектор-столбец только для чтения с указателями на объекты узла биообъекта диаграмм. Размер вектора является количеством узлов. Для свойств объектов узла смотрите Свойства Объекта узла.
`Edges`	Вектор-столбец только для чтения с указателями на объекты ребра биообъекта диаграмм. Размер вектора является количеством ребер. Для свойств объектов ребра смотрите Свойства Объекта Ребра.

Свойства объекта узла

Свойство	Описание
`ID`	Вектор символов задал, когда биообъект диаграмм создается, любой `NodeIDs` входной параметр или внутренне `biograph` функция конструктора. Можно изменить это свойство с помощью `set` метод, но `ID` каждого объекта узла должно быть уникальным.
`Label`	Вектор символов для маркировки узла, когда вы отображаете биообъект диаграмм с помощью `view` метод. Значением по умолчанию является `''`.
`Description`	Вектор символов, который описывает узел. Значением по умолчанию является `''`.
`Position`	Двухэлементный числовой вектор `x`- и `y`- координаты, например, `[150, 150]`. Если вы не задаете это свойство, значением по умолчанию является первоначально `[]`, затем, когда алгоритмы макета выполняются, это становится двухэлементным числовым вектором `x`- и `y`- координаты вычисляются механизмом размещения.
`Shape`	Вектор символов, который задает форму узлов. Выбор: `'box'`(значение по умолчанию) `'ellipse'` `'circle'` `'rect'` или `'rectangle'` `'diamond'` `'trapezium'` `'invtrapezium'` `'house'` `'invhouse'` `'parallelogram'`
`Size`	Двухэлементный числовой вектор, вычисленный прежде, чем вызвать механизм размещения с помощью фактического размера шрифта и формы узла. Значением по умолчанию является `[10, 10]`.
`Color`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB, который задает цвет заливки узла. Значением по умолчанию является `[1, 1, 0.7]`, который задает желтый.
`LineWidth`	Положительное число. Значением по умолчанию является `1`.
`LineColor`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB, который задает цвет контура узла. Значением по умолчанию является `[0.3, 0.3, 1]`, который задает синий.
`FontSize`	Положительное число, которое устанавливает размер шрифта узла в точках. Значением по умолчанию является `8`.
`TextColor`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB, который задает цвет меток узла. Значением по умолчанию является `[0, 0, 0]`, который задает черный.
`UserData`	Разные, пользовательские данные, которые вы хотите сопоставить с узлом. Узел не использует это свойство, но можно получить доступ и задать его с помощью `get` и `set` функции. Значением по умолчанию является `[]`.

Свойства объекта ребра

Свойство	Описание
`ID`	Вектор символов автоматически сгенерировал от узла `ID`s, когда биообъект диаграмм создается `biograph` функция конструктора. Можно изменить это свойство с помощью `set` метод, но каждый объект ребра `ID` должно быть уникальным.
`Label`	Вектор символов для маркировки ребра. Значением по умолчанию является `''`.
`Description`	Вектор символов, который описывает ребро. Значением по умолчанию является `''`.
`Weight`	Значение, которое представляет вес (стоимость, расстояние, длина или способность) сопоставленный с ребром. Значением по умолчанию является `1`.
`LineWidth`	Положительное число. Значением по умолчанию является `0.5`.
`LineColor`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB, который задает цвет ребра. Значением по умолчанию является `[0.5, 0.5, 0.5]`, который задает серый.
`UserData`	Разные, пользовательские данные, которые вы хотите сопоставить с ребром. Ребро не использует это свойство, но можно получить доступ и задать его с помощью `get` и `set` функции. Значением по умолчанию является `[]`.

Примеры

свернуть все

Создайте Биообъект диаграмм и задайте его свойства

Скрипт Open Live Script

В этом примере показано, как создать биообъект диаграмм, доступ, и обновить его свойства.

Создайте биообъект диаграмм с пользовательскими идентификаторами узла.

cm = [0 1 1 0 0;1 0 0 1 1;1 0 0 0 0;0 0 0 0 1;1 0 1 0 0];
ids = {'M30931','L07625','K03454','M27323','M15390'};
bg1 = biograph(cm,ids)

Biograph object with 5 nodes and 9 edges.

Задайте ID свойство объекта.

bg1.ID = 'mybg';

Используйте get функционируйте, чтобы отобразить идентификаторы узла.

get(bg1.nodes,'ID')

ans = 5x1 cell array
    {'M30931'}
    {'L07625'}
    {'K03454'}
    {'M27323'}
    {'M15390'}

Отобразите все свойства и их текущие значения 5-го узла и 5-го ребра объекта.

bg1.nodes(5)

             ID: 'M15390'
          Label: ''
    Description: ''
       Position: []
          Shape: 'box'
           Size: [10 10]
          Color: [1 1 0.7000]
      LineWidth: 1
      LineColor: [0.3000 0.3000 1]
       FontSize: 9
      TextColor: [0 0 0]
       UserData: []

bg1.edges(5)

             ID: 'L07625 -> M15390'
          Label: ''
    Description: ''
         Weight: 1
      LineWidth: 0.5000
      LineColor: [0.5000 0.5000 0.5000]
       UserData: []

Установите LineWidth свойство 5-го узла к 2.

bg1.nodes(5).LineWidth = 2.0;
bg1.nodes(5)

             ID: 'M15390'
          Label: ''
    Description: ''
       Position: []
          Shape: 'box'
           Size: [10 10]
          Color: [1 1 0.7000]
      LineWidth: 2
      LineColor: [0.3000 0.3000 1]
       FontSize: 9
      TextColor: [0 0 0]
       UserData: []

Кроме того, используйте getnodesbyid функция, чтобы создать указатель для 5-го узла и установить его Shape свойство 'кружиться'.

nh1 = getnodesbyid(bg1,'M15390')

             ID: 'M15390'
          Label: ''
    Description: ''
       Position: []
          Shape: 'box'
           Size: [10 10]
          Color: [1 1 0.7000]
      LineWidth: 2
      LineColor: [0.3000 0.3000 1]
       FontSize: 9
      TextColor: [0 0 0]
       UserData: []

nh1.Shape = 'circle';

Задайте LineColor свойство 5-го ребра.

bg1.edges(5).LineColor = [0.7 0.0 0.1];

Кроме того, используйте getedgesbynodeid получать handel к ребру путем обеспечения исходного идентификатора узла и идентификатора узла приемника.

eh1 = getedgesbynodeid(bg1,'L07625','M15390')

             ID: 'L07625 -> M15390'
          Label: ''
    Description: ''
         Weight: 1
      LineWidth: 0.5000
      LineColor: [0.7000 0 0.1000]
       UserData: []

Используйте указатель, чтобы задать LineWidth свойство или любые другие свойства ребра.

eh1.LineWidth = 2.0;

Просмотрите биообъект диаграмм.

view(bg1)

Документация

biograph object

Описание

Сводные данные метода

Сводные данные свойства

Примечание

Примечание

Примеры

Создайте Биообъект диаграмм и задайте его свойства

Смотрите также

Представленный в R2006b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка