bioma.data.MetaData class

Пакет: bioma.data
Суперклассы:

Содержите метаданные из эксперимента микромассивов

Описание

Класс MetaData спроектирован, чтобы содержать метаданные (значения переменных и описания) из эксперимента микромассивов. Это предоставляет удобный способ связанным с хранилищем метаданным в одной структуре данных (объект). Это также позволяет вам справиться и подмножество данные.

Метаданные являются набором имен переменных, например, связанных с выборками или микрофункциями массива, наряду с описаниями и значениями для переменных. MetaData объектно-ориентированная память метаданные в двух массивах набора данных.

  • Массив набора данных значений — массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. В этом массиве набора данных столбцы соответствуют переменным, и строки соответствуют или выборкам или функциям. Номер и имена столбцов в этом массиве набора данных должны совпадать с номером и именами строк в массиве набора данных Descriptions. Если этот массив набора данных содержит демонстрационные метаданные, то номер и имена строк (выборки) должны совпадать с номером и именами столбцов в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet. Если этот массив набора данных содержит метаданные функции, то номер и имена строк (функции) должны совпадать с номером и именами строк в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet.

  • Массив набора данных Descriptions — массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описания. В этом массиве набора данных каждая строка соответствует переменной. Имена строки являются именами переменных и столбцом, названным VariableDescription, содержит описание переменной. Номер и имена строк в массиве набора данных Descriptions должны совпадать с номером и именами столбцов в массиве набора данных Values.

Класс MetaData включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают и заменяют переменные метаданных, и их значения и описания. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать метаданные.

Конструкция

MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues) создает объект MetaData из одного массива набора данных, строки которого соответствуют выборке (наблюдение) имена и чьи столбцы соответствуют переменным. Массив набора данных содержит измеренное значение каждой переменной на выборку.

MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues, VarDescriptions) создает объект MetaData из двух массивов набора данных. VarDescriptions массив набора данных, строки которого соответствуют переменным. Имена строки являются именами переменных и другим столбцом, названным VariableDescription, содержит описание каждой переменной.

MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues, VarDesc) создает объект MetaData из массива набора данных и VarDesc массив ячеек из символьных векторов, содержащий описания переменных.

MDobj = bioma.data.MetaData(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций, заданных как имя свойства / пары значения свойства.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue) создает объект MetaData из текстового файла, содержащего таблицу метаданных. Метки строки таблицы должны быть демонстрационными именами, и ее заголовки столбцов должны быть именами переменных.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'Path', PathValue) задает папку или путь и папку где FileValue хранится.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'Delimiter', DelimiterValue) задает символ разделителя, чтобы использовать в качестве разделителя столбцов для FileValue. Значением по умолчанию является '\t'.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'RowNames', RowNamesValue) задает имена строки (демонстрационные имена) для объекта MetaData. Значением по умолчанию является информация в первом столбце таблицы.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'ColumnNames', ColumnNamesValue) задает столбцы данных, чтобы читать из таблицы. ColumnNamesValue массив ячеек из символьных векторов, задающий имена заголовка столбца. Значение по умолчанию должно считать все столбцы данных из таблицы, приняв, что первая строка содержит заголовки столбцов.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'VarDescChar', VarDescCharValue) указывает что линии в таблице, снабженной префиксом VarDescCharValue читаться как описания и использоваться, чтобы создать VarDescriptions массив набора данных. По умолчанию, bioma.data.MetaData не считывает информации описания переменной и не создает массив набора данных Descriptions. Эти снабженные префиксом линии должны появиться наверху файла перед таблицей значений метаданных.

MDobj = bioma.data.MetaData(...'Name', NameValue) задает имя для объекта MetaData.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'Description', DescriptionValue) задает описание для объекта MetaData.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'SampleNames', SampleNamesValue) задает демонстрационные имена (имена строки) для объекта MetaData.

MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'VariableNames', VariableNamesValue) задает имена переменных (имена столбцов) для объекта MetaData.

Входные параметры

VarValues

Массив набора данных, строки которого соответствуют выборке (наблюдение) имена и чьи столбцы соответствуют переменным. Массив набора данных содержит измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию.

Номер и имена столбцов в VarValues массив набора данных должен совпадать с номером и именами строк в VarDescriptions массив набора данных. Если VarValues содержит демонстрационные метаданные, затем номер и имена строк (выборки) должны совпадать с номером и именами столбцов в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet. Если VarValues содержит метаданные функции, затем номер и имена строк (функции) должны совпадать с номером и именами строк в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet.

VarDescriptions

Массив набора данных, строки которого соответствуют переменным. Имена строки являются именами переменных и столбцом, названным VariableDescription, содержит описание переменной. Номер и имена строк в VarDescriptions массив набора данных должен совпадать с номером и именами столбцов в VarValues массив набора данных.

VarDesc

Массив ячеек из символьных векторов, содержащий описания переменных. Число элементов в VarDesc должен равняться количеству столбцов (имена переменных) в VarValues.

FileValue

Вектор символов, задающий текстовый файл, содержащий таблицу метаданных. Метки строки таблицы должны быть демонстрационными или показать имена, и ее заголовки столбцов должны быть именами переменных. Текстовый файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке (если вы не используете Path свойство.

PathValue

Вектор символов, задающий папку или путь и папку, где FileValue хранится.

DelimiterValue

Вектор символов, задающий символ разделителя, чтобы использовать в качестве разделителя столбцов для FileValue. Типичный выбор:

  • ' '

  • '\t' (значение по умолчанию)

  • ','

  • ';'

  • '|'

RowNamesValue

Имена строки (выборка или имена функции) для объекта MetaData, заданного одним из следующего:

  • Массив ячеек из символьных векторов

  • Один номер, указывающий на столбец таблицы, содержащей имена строки

  • Вектор символов, указывающий на заголовок столбца таблицы, содержащей имена строки

Если вы задаете [] для RowNamesValue, затем bioma.data.MetaData обеспечивает пронумерованные имена строки, начиная с 1.

Значение по умолчанию: 1, который указывает информацию в первом столбце таблицы

ColumnNamesValue

Массив ячеек из символьных векторов, задающий заголовок столбца, называет, чтобы указать который столбцы данных читать из таблицы. Значение по умолчанию должно считать все столбцы данных из таблицы, приняв, что первая строка содержит заголовки столбцов. Если таблица не имеет заголовков столбцов, задайте [] для ColumnNamesValue считать все столбцы данных и обеспечить пронумерованные имена столбцов, начиная с 1.

VarDescCharValue

Вектор символов, задающий символ, чтобы снабдить префиксом строки в таблице, которые должны читаться как описания и использоваться, чтобы создать VarDescriptions массив набора данных. По умолчанию, bioma.data.MetaData не считывает информации описания переменной и не создает VarDescriptions массив набора данных. Эти снабженные префиксом линии должны появиться наверху файла перед таблицей значений метаданных.

NameValue

Вектор символов, задающий имя для объекта MetaData.

DescriptionValue

Вектор символов, задающий описание для объекта MetaData.

SampleNamesValue

Массив ячеек из символьных векторов, задающий выборку, называет для объекта MetaData. Число элементов в массиве ячеек должно равняться количеству выборок в объекте MetaData. Этот вход перезаписывает демонстрационные имена из входного файла. Значением по умолчанию являются демонстрационные имена (имена строки) из входного файла.

VariableNamesValue

Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена переменных для объекта MetaData. Число элементов в массиве ячеек должно равняться количеству переменных в объекте MetaData. Этот вход перезаписывает имена переменных из входного файла. Значением по умолчанию являются имена переменных (имена столбцов) из входного файла.

Свойства

Description

Описание объекта MetaData.

Вектор символов, задающий описание объекта MetaData. Значением по умолчанию является [].

DimensionLabels

Строка и столбец помечает для объекта MetaData.

Двухэлементный массив ячеек, содержащий метки определения векторов символов строк и столбцов соответственно в объекте MetaData. Значением по умолчанию является {'Samples', 'Variables'}.

Name

Имя объекта MetaData.

Вектор символов, задающий имя объекта MetaData. Значением по умолчанию является [].

NSamples

Количество выборок (наблюдения) в эксперименте

Положительное целое число, задающее количество выборок в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в VarValues массив набора данных. Эта информация только для чтения

Атрибуты:

SetAccessprivate

NVariables

Количество переменных в эксперименте

Положительное целое число, задающее количество переменных в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в VarValues массив набора данных. Эта информация только для чтения

Атрибуты:

SetAccessprivate

Методы

объединениеОбъедините два объекта MetaData
isemptyОпределите, пуст ли объект MetaData
sampleNamesПолучите или определите демонстрационные имена в объекте MetaData
размерВозвратите размер объекта MetaData
varValuesTableСоздайте 2D графическую таблицу GUI значений переменных в объекте MetaData
variableDescПолучите или установите описания переменной для выборок в объекте MetaData
имена переменныхПолучите или установите имена переменных для выборок в объекте MetaData
variableValuesПолучите или установите значения переменных для выборок в объекте MetaData

Иерархия экземпляра

Объект ExpressionSet содержит два объекта MetaData, один для демонстрационной информации и один для получения информации о микрофункции массива. Объект MetaData содержит два массива набора данных. Один массив набора данных содержит измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. Другой массив набора данных содержит список имен переменных и их описания.

Атрибуты

Чтобы узнать об атрибутах классов, см. Атрибуты класса (MATLAB).

Копировать семантику

Значение. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов (MATLAB).

Индексация

Объекты MetaData поддерживают 2D круглую скобку () индексация и точка. при индексации, чтобы извлечь, присвойте и удалите данные.

Объекты MetaData не поддерживают:

  • Изогнутая фигурная скобка {} индексация

  • Линейная индексация

Примеры

Создайте объект MetaData, содержащий демонстрационную переменную информацию из текстового файла:

% Import bioma.data package to make constructor function
% available
import bioma.data.*
% Construct MetaData object from .txt file
MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#');
% Display information about the MetaData object
MDObj2
% Supply a description for the MetaData object
MDObj2.Description = 'This MetaData Object contains sample variable info.'
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте