Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM
cuffgtf2sam( преобразует собранные расшифровки стенограммы в файле GTF input,output)input к SAM-файлу-формата output
[1].
cuffgtf2sam требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.
cuffgtf2sam поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
cuffgtf2sam( дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Например, input,output,Name,Value)gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true) вставляет значение FPKM в записи SAM.
[1] Trapnell, C., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортэзэви, Г. Кван, Дж. ван Бэрен, С. Залцберг, B. Пустошь и Л. Пэчтер. 2010. Блок расшифровки стенограммы и квантификация RNA-Seq показывают неаннотируемые расшифровки стенограммы и изоформу, переключающуюся во время клеточной дифференцировки. Биотехнология природы. 28:511–515.
[2] Литий, H., Б. Хэндсэкер, А. Визокер, Т. Феннелл, Цз. Жуань, Н. Гомер, Г. Март, А. Гонкэло и Р. Дербин. 2009. Sequence Alignment / формат Карты и SAMtools. Биоинформатика 25 (16): 2078–2079.