Genomics Viewer
Просмотрите последовательности NGS и аннотации
Описание
Приложение Genomics Viewer позволяет вам просмотреть и исследовать интегрированные геномные данные со встроенной версией Integrative Genomics Viewer (IGV) [1][2]. Геномные данные включают выравнивания чтения NGS, варианты генома и сегментированные данные о номере копии.
Используя приложение, вы можете:
Визуализируйте данные короткого чтения (
.BAMили.CRAM) выровненный к ссылочной последовательности и сравнивают несколько наборов данных, выровненных с последовательностью общей ссылки.Просмотрите покрытие различных областей ссылочной последовательности.
Исследуйте качество и другие детали выровненных чтений.
Отобразите неколичественные аннотации генома (
.BED,.GFF,.GFF3, и.GTF).Загрузите структурные варианты (
.VCF) и визуализируйте генетические изменения, такие как вставки и удаления.Просмотрите сегментированные данные о номере копии (
.SEG) и количественные геномные данные (.WIG,.BIGWIG, и.BEDGRAPH), такие как peaks ChIP и покрытие выравнивания.
Приложение требует интернет-соединения.
Откройте приложение Genomics Viewer
MATLAB® Toolstrip: На вкладке Apps, под Computational Biology, кликают по значку приложения.
Командная строка MATLAB: Введите
genomicsViewer.
Ссылки
[1] Робинсон, J., Х. Торволдсдоттир, В. Винклер, М. Гуттман, E. Высаживающийся на берег, Г. Гетц, Й. Месиров. 2011. Интегральный Genomics Viewer. Биотехнология природы. 29:24–26.
[2] Thorvaldsdóttir, H., Дж. Робинсон, Й. Месиров. 2013. Интегральный Genomics Viewer (IGV): высокоэффективная визуализация данных о геномике и исследование. Брифинги в Биоинформатике. 14:178–192.