Класс: BioIndexedFile
Получите индексы из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile с помощью алфавитно-цифрового ключа
Indices = getIndexByKey(BioIFobj, Key)
[Indices, LogicalVals]
= getIndexByKey(BioIFobj, Key)
Indices = getIndexByKey(BioIFobj, Key)BioIFobj, объект BioIndexedFile. Это возвращает индексы записей, которым задал ключи Key, вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько алфавитно-цифровых ключей. Это возвращает Indices, числовой вектор индексов записей, которым задал алфавитно-цифровые ключи Key. Если ключи в исходном файле не уникальны, он возвращает все индексы записей, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в Key cellArray. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key и выход Indices.
[ возвращает логический вектор, который указывает только на последнее соответствие для каждого ключа, такого, что существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Indices, LogicalVals]
= getIndexByKey(BioIFobj, Key)Key и Indices(LogicalVals)
|
Объект |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле, сопоставлены с |
|
Числовой вектор индексов записей в исходном файле, которым задал алфавитно-цифровые ключи |
|
Логический вектор, содержащий то же число элементов как СоветНекоторые файлы содержат повторенные ключи. Например, SAM-отформатированные файлы используют тот же ключ в записях, которые соединяются чтения конца. Используйте |
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между условиями генной онтологии (GO) и названиями генов:
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Возвратите индексы для записей в исходном файле, которые заданы ключами AAC1 и AAD10.
% Access indices for entries that have the keys AAC1 and AAD10
indices = getIndexByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'})
indices =
3
5Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к SAM-отформатированному файлу, который повторил ключи.
% Create variable containing full absolute path of source file
samsourcefile = which('ex1.sam');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Store the
% index file in the Current Folder.
samObj = BioIndexedFile('sam', samsourcefile, '.')Возвратите только последние индексы для записей в исходном файле, которые заданы двумя ключами, 'B7_593:7:15:244:876 и EAS56_65:4:296:78:421, оба из которых являются повторными ключами.
% Return all indices for entries that have two specific keys
[Indices, LogicalVal] = getIndexByKey(samObj, ...
{'B7_593:7:15:244:876', 'EAS56_65:4:296:78:421'})Indices =
3058
3238
3292
3293
LogicalVal =
0
1
0
1% Return only the last index for each key LastIndices = Indices(LogicalVal)
LastIndices =
3238
3293
Используйте этот метод, чтобы определить индексы определенных записей с известными ключами.