mzxml2peaks

Преобразуйте mzXML структуру, чтобы достигнуть максимума список

Синтаксис

[Peaklist, Times] = mzxml2peaks(mzXMLStruct)
[Peaklist, Times] = mzxml2peaks(mzXMLStruct, 'Levels', LevelsValue)

Входные параметры

mzXMLStruct

Структура MATLAB®, содержащая информацию из mzXML файла, такой как один созданный mzxmlread функция. Это включает поля, показанные в приведенную ниже таблицу.

LevelsValue

Положительное целое число или вектор целых чисел, который задает уровень (уровни) спектров в mzXMLStruct чтобы преобразовать, принимая спектры от тандемных наборов данных MS. Значением по умолчанию является 1, который преобразует только спектры первого уровня, то есть, спектры, содержащие предшествующие ионы. Установка LevelsValue к 2 преобразует только спектры второго уровня, которые являются спектрами фрагмента (созданный из предшествующего иона).

Выходные аргументы

PeaklistЛюбое из следующего:
  • Матрица 2D столбца, где первый столбец содержит массу/заряд (m/z) значения и второй столбец, содержит ионные значения интенсивности.

  • Массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей 2D столбца m/z значений и ионных значений интенсивности и каждого элемента, соответствует время задержания или спектру.

TimesВектор времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. Число элементов в Times равняется числу элементов в Peaklist.

Описание

[Peaklist, Times] = mzxml2peaks(mzXMLStruct) извлечения достигают максимума информация от mzXMLStruct, структура MATLAB, содержащая информацию из mzXML файла, такой как один созданный mzxmlread функция, и создает Peaklist, массив ячеек матриц, содержащих массу/заряд (m/z) значения и ионные значения интенсивности и Times, вектор времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. mzXMLStruct включает следующие поля:

Поле Описание
scanМассив структур, содержащий данные, имеющие отношение к каждому отдельному сканированию, такому как уровень масс-спектрометрии, общий текущий ион, полярность, предшествующая масса (когда это применяется), и данные о спектре.
indexСтруктура, содержащая индексы к позициям элементов сканирования в XML-документе.
mzXML

Структура, содержащая:

  • Информация в корневом элементе mzXML схемы, такой как инструмент детализирует, детали эксперимента и метод предварительной обработки

  • URL, указывающие на схемы для отдельных сканирований

  • Индексация подхода

  • Цифровая подпись, вычисленная для текущего экземпляра документа

[Peaklist, Times] = mzxml2peaks(mzXMLStruct, 'Levels', LevelsValue) задает уровень (уровни) спектров в mzXMLStruct чтобы преобразовать, принимая спектры от тандемных наборов данных MS. Значением по умолчанию является 1, который преобразует только спектры первого уровня, то есть, спектры, содержащие предшествующие ионы. Установка LevelsValue к 2 преобразует только спектры второго уровня, которые являются спектрами фрагмента (созданный из предшествующего иона).

Примеры

Примечание

В следующем примере, файл results.mzxml не обеспечивается. Выборка mzXML файлы может быть найдена в:

  1. Используйте mzxmlread функционируйте, чтобы считать mzXML файл в программное обеспечение MATLAB как структура. Затем извлеките пиковую информацию только ионов первого уровня от структуры.

    mzxml_struct = mzxmlread('results.mzxml');
    [peaks,time] = mzxml2peaks(mzxml_struct);
    
  2. Создайте точечную диаграмму данных LC/MS.

    msdotplot(peaks,time)
    

Смотрите также

| | |

Представленный в R2007a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте