mspalign

Выровняйте массовые спектры из нескольких пиковых списков от набора данных GC/MS или LC/MS

Синтаксис

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist)
[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'Quantile', QuantileValue, ...)
[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'EstimationMethod', EstimationMethodValue, ...)
[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'CorrectionMethod', CorrectionMethodValue, ...)
[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'ShowEstimation', ShowEstimationValue, ...)

Входные параметры

Peaklist Массив ячеек пиковых списков от жидкостной хроматографии / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. Каждый элемент в массиве ячеек является матрицей 2D столбца с m/z значениями в первом столбце и ионными значениями интенсивности во втором столбце. Каждый элемент соответствует время задержания или спектру.

Примечание

Можно использовать mzxml2peaks функционируйте или mspeaks функция, чтобы создать Peaklist cellArray.

QuantileValueЗначение, которое определяет, какой peaks выбран методом оценки создать CMZ, вектор общих m/z значений. Выбором является любое значение ≥ 0 и ≤ 1. Значением по умолчанию является 0.95.
EstimationMethodValueВектор символов или строка, задающая метод, чтобы оценить CMZ, вектор общей массы/заряда (m/z) значения. Выбор:
  • histogram — Метод по умолчанию. Пиковые местоположения кластеризируются с помощью подхода оценки плотности ядра. Пиковая ионная интенсивность используется в качестве фактора взвешивания. Центр всех кластеров соответствует CMZ вектор.

  • regression — Берет выборку расстояний между наблюдаемым значительным peaks и регрессами межпиковое расстояние, чтобы создать CMZ вектор с подобными межэлементными расстояниями.

CorrectionMethodValueВектор символов или строка, задающая метод, чтобы выровнять каждый пиковый список к CMZ вектор. Выбор:
  • nearest-neighbor — Метод по умолчанию. Для каждого общего пика в CMZ вектор, его дубликат в каждом пиковом списке является пиком, который является самым близким к m/z значению общего пика.

  • shortest-path — Для каждого общего пика в CMZ вектор, его дубликат в каждом пиковом списке выбран с помощью алгоритма поиска кратчайшего пути.

ShowEstimationValueУправляет отображением графика оценки относительно метода оценки и вектора общей массы/заряда (m/z) значения. Выбором является true или false. Значение по умолчанию также:
  • false — Когда возвращаемые значения заданы.

  • true — Когда возвращаемые значения не заданы.

Выходные аргументы

CMZВектор общей массы/заряда (m/z) значения оценивается mspalign функция.
AlignedPeaksМассив ячеек пиковых списков, с той же формой как Peaklist, но с откорректированными m/z значениями в первом столбце каждой матрицы.

Описание

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist) выравнивает массовые спектры из нескольких пиковых списков (центроидные данные), первой оценкой CMZ, вектор общей массы/заряда (m/z) значения, оцененные путем рассмотрения peaks во всех спектрах в Peaklist, массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент соответствует время задержания или спектру. Это затем выравнивает peaks в каждом спектре к значениям в CMZ, создание AlignedPeaks, массив ячеек выровненных пиковых списков.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign (PeaklistPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы mspalign с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'Quantile', QuantileValue, ...) определяет, какой peaks выбран методом оценки создать CMZ, вектор общих m/z значений. Выбором является скаляр между 0 и 1. Значением по умолчанию является 0.95.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'EstimationMethod', EstimationMethodValue, ...) указывает, что метод раньше оценивал CMZ, вектор общей массы/заряда (m/z) значения. Выбор:

  • histogram — Метод по умолчанию. Пиковые местоположения кластеризируются с помощью подхода оценки плотности ядра. Пиковая ионная интенсивность используется в качестве фактора взвешивания. Центр всех кластеров соответствует CMZ вектор.

  • regression — Берет выборку расстояний между наблюдаемым значительным peaks и регрессами межпиковое расстояние, чтобы создать CMZ вектор с подобными межэлементными расстояниями.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'CorrectionMethod', CorrectionMethodValue, ...) указывает, что метод раньше выравнивал каждый пиковый список к CMZ вектор. Выбор:

  • nearest-neighbor — Метод по умолчанию. Для каждого общего пика в CMZ вектор, его дубликат в каждом пиковом списке является пиком, который является самым близким к m/z значению общего пика.

  • shortest-path — Для каждого общего пика в CMZ вектор, его дубликат в каждом пиковом списке выбран с помощью алгоритма поиска кратчайшего пути.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'ShowEstimation', ShowEstimationValue, ...) управляет отображением графика оценки относительно метода оценки и предполагаемого вектора общей массы/заряда (m/z) значения. Выбором является true или false. Значение по умолчанию также:

  • false — Когда возвращаемые значения заданы.

  • true — Когда возвращаемые значения не заданы.

Примеры

  1. Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит жидкостную хроматографию / переменные данных (LC/MS) масс-спектрометрии, включая peaks и ret_timepeaks массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей 2D столбца m/z значений и ионных значений интенсивности, и каждый элемент соответствует время задержания или спектру. ret_time вектор-столбец времен задержания, сопоставленных с набором данных LC/MS.

    load lcmsdata
  2. Передискретизируйте невыровненные данные, отобразите их в карте тепла, и затем наложите точечную диаграмму.

    [MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000);
    msheatmap(MZ,ret_time,log(Y))

    msdotplot(ms_peaks,ret_time)
  3. Нажмите Zoom в кнопке, и затем кликните по точечной диаграмме два или три раза, чтобы увеличить масштаб и видеть, как точки, представляющие peaks, накладывают изображение карты тепла.

  4. Выровняйте пиковые списки от массовых спектров с помощью методов оценки и коррекции по умолчанию.

    [CMZ, aligned_peaks] = mspalign(ms_peaks);
  5. Передискретизируйте невыровненные данные, отобразите их в карте тепла, и затем наложите точечную диаграмму.

    [MZ2,Y2] = msppresample(aligned_peaks,5000);
    msheatmap(MZ2,ret_time,log(Y2))

    msdotplot(aligned_peaks,ret_time)
  6. Соедините оси двух графиков тепла и увеличения, чтобы наблюдать, что деталь сравнивает невыровненные и выровненные наборы данных LC/MS.

    linkaxes(findobj(0,'Tag','MSHeatMap'))
    axis([480 532 375 485])

Ссылки

[1] Jeffries, N. (2005) Алгоритмы для выравнивания масс-спектрометрии протеомные данные. Bioinfomatics 21:14, 3066–3073.

[2] Purvine, S., Kolker, N. и Kolker, E. (2004) спектральная качественная оценка для высокопроизводительной тандемной протеомики масс-спектрометрии. OMICS: журнал интегральной биологии 8:3, 255–265.

Представленный в R2007a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте