msdotplot

Постройте набор пиковых списков от набора данных GC/MS или LC/MS

Синтаксис

msdotplot(Peaklist, Times)
msdotplot(FigHandle, Peaklist, Times)
msdotplot(..., 'Quantile', QuantileValue)
PlotHandle = msdotplot(...)

Входные параметры

Peaklist Массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей 2D столбца с m/z значениями в первом столбце и ионными значениями интенсивности во втором столбце. Каждый элемент соответствует время задержания или спектру.

Совет

Можно использовать mzxml2peaks функция, чтобы создать Peaklist cellArray.

TimesВектор времен задержания сопоставлен с набором данных GC/MS или LC/MS. Число элементов в Times равняется числу элементов в массиве ячеек Peaklist.

Совет

Можно использовать mzxml2peaks функция, чтобы создать Times вектор.

FigHandleОбработайте к создать Окну фигуры такой как один созданный msheatmap функция.
QuantileValueЗначение, которое задает процент. Когда peaks оценивается интенсивностью, только те, которые ставят выше этого процента, построены. Выбором является любое значение ≥ 0 и ≤ 1. Значением по умолчанию является 0. Например, установка QuantileValue= 0 графики весь peaks и установка QuantileValue= 0.8 графики только 20%-й самый интенсивный peaks.

Выходные аргументы

PlotHandleОбработайте к серийному объекту линии (график фигуры).

Описание

msdotplot(Peaklist, Times) строит набор пиковых списков от жидкостной хроматографии / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных, представленный Peaklist, массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей 2D столбца с m/z значениями в первом столбце и ионными значениями интенсивности во втором столбце и Times, вектор времен задержания сопоставлен со спектрами. Peaklist и Times имейте то же число элементов. Данные отображены на графике в любой существующей фигуре, сгенерированной msheatmap функция; в противном случае данные отображены на графике в новое Окно рисунка.

msdotplot(FigHandle, Peaklist, Times) строит набор пиковых списков в оси, содержавшиеся в создать Окне фигуры с указателем FigHandle.

Совет

Этот синтаксис полезен, чтобы наложить точечную диаграмму сверху карты тепла данных о масс-спектрометрии, созданных с msheatmap функция.

msdotplot(..., 'Quantile', QuantileValue) графики только самый интенсивный peaks, в частности те в проценте выше заданного QuantileValue. Выбором является любое значение ≥ 0 и ≤ 1. Значением по умолчанию является 0. Например, установка QuantileValue= 0 графики весь peaks и установка QuantileValue= 0.8 графики только 20%-й самый интенсивный peaks.

PlotHandle = msdotplot(...) возвращает указатель на серийный объект линии (график фигуры). Можно использовать этот указатель в качестве входа к get функционируйте, чтобы отобразить список свойств графика. Можно использовать этот указатель в качестве входа к set функционируйте, чтобы изменить свойства графика, включая показ и сокрытие точек.

Примеры

  1. Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит переменные данных LC/MS, включая peaks и ret_timepeaks массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей 2D столбца m/z значений и ионных значений интенсивности, и каждый элемент соответствует время задержания или спектру. ret_time вектор-столбец времен задержания, сопоставленных с набором данных LC/MS.

    load lcmsdata

  2. Создайте точечную диаграмму только с 5%-м самым интенсивным peaks.

    msdotplot(ms_peaks,ret_time,'Quantile',0.95)

  3. Передискретизируйте данные, затем создайте карту тепла данных LC/MS.

    [MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000);
msheatmap(MZ,ret_time,log(Y))

  4. Наложите точечную диаграмму на карте тепла, и затем увеличьте масштаб, чтобы видеть деталь.

    msdotplot(ms_peaks,ret_time)
axis([480 532 375 485])

Смотрите также

| | | | | | | | | | |

Темы

Представленный в R2007a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте