Exchange Bioinformatics Data Between Excel и MATLAB

Используя Excel и MATLAB вместе

Если у вас есть данные о биоинформатике в Excel® (2007 или более новый) электронная таблица, используйте Spreadsheet Link™ для:

  • Excel Connect с MATLAB® Workspace, чтобы обмениваться данными

  • Используйте MATLAB и вычислительный Bioinformatics Toolbox™ и функции визуализации

О примере

Примечание

Следующий пример принимает, что вам установили программное обеспечение Spreadsheet Link в вашей системе.

Файл Excel, используемый в следующем примере, содержит данные DeRisi, J.L., Iyer, V.R., и Браун, отделение связи (24 октября 1997). Исследование метаболического и генетического управления экспрессии гена по геномной шкале. Наука 278 (5338), 680–686. PMID: 9381177. Данные были отфильтрованы с помощью шагов, описанных в Анализе Профиля Экспрессии гена.

Прежде, чем запустить пример

  1. Если не уже сделанный, измените свой системный путь, чтобы включать корневую папку MATLAB как описано в документации Spreadsheet Link.

  2. Если не уже сделанный, включите Дополнение Spreadsheet Link как описано в Дополнительном Setup (Spreadsheet Link).

  3. Закройте MATLAB и Excel, если они открыты.

  4. Start Excel. MATLAB и программное обеспечение Spreadsheet Link автоматически запускаются.

  5. От Excel открытого, следующий файл предоставил программное обеспечение Bioinformatics Toolbox:

    matlabroot\toolbox\bioinfo\biodemos\Filtered_Yeastdata.xlsm

    Примечание

    matlabroot корневая папка MATLAB, которая является, где программное обеспечение MATLAB установлено в вашей системе.

  6. В программном обеспечении Excel включите макросы. Кликните по вкладке Developer, и затем выберите Macro Security из группы Кода. Если вкладка Developer не отображена на ленте Excel, консультируйтесь с Excel Help, чтобы отобразить его. Если вы сталкиваетесь, "Не может найти проект или библиотеку" ошибкой, вы можете должны быть обновить ссылки в программном обеспечении Visual Basic. Открытый Visual Basic путем нажатия на вкладку Developer и выбора Visual Basic. Затем выберите Tools> References> SpreadsheetLink. Если флажок MISSING: exclink2007.xlam устанавливается, очистите его.

Выполнение примера для целого набора данных

  1. В обеспеченном файле Excel обратите внимание, что столбцы A через H содержат данные DeRisi и др. Также обратите внимание, что ячейки J5, J6, J7 и J12 содержат формулы с помощью функций Spreadsheet Link MLPutMatrix и MLEvalString.

    Совет

    Чтобы просмотреть формулу ячейки, выберите ячейку, и затем просмотрите формулу в панели формул наверху окна Excel.

  2. Выполните формулы в ячейках J5, J6, J7 и J12, путем выбора ячейки, нажатия F2, и затем нажатия Enter.

    Каждая из первых трех ячеек содержит формулу с помощью функции Spreadsheet Link MLPutMatrix, который создает переменную MATLAB из данных в электронной таблице. Ячейка J12 содержит формулу с помощью функции Spreadsheet Link MLEvalString, который запускает Bioinformatics Toolbox clustergram функция с помощью этих трех переменных, как введено. Для получения дополнительной информации о добавляющих формулах с помощью функций Spreadsheet Link смотрите, Создают Диагональную Матрицу Используя Ячейки Рабочего листа (Spreadsheet Link).

  3. Обратите внимание на то, что ячейка J17 содержит формулу с помощью макро-функционального Clustergram, который был создан в Визуальном Редакторе Basic®. Выполнение этого макроса делает то же самое как формулы в ячейках J5, J6, J7 и J12. Опционально, просмотрите Clustergram макро-функция путем нажатия на вкладку Developer, и затем нажатия кнопки Visual Basic. (Если вкладка Developer не находится на ленте Excel, консультируйтесь с Excel Help, чтобы отобразить его.)

    Для получения дополнительной информации о создании макросов с помощью Visual Basic Editor смотрите, Создают Диагональную Матрицу Используя Макрос VBA (Spreadsheet Link).

  4. Выполните формулу в ячейке J17, чтобы анализировать и визуализировать данные:

    1. Выберите ячейку J17.

    2. Нажмите F2.

    3. Нажмите Enter.

    Макро-функциональный Clustergram запуски, создающие три переменные MATLAB (data, Genes, и TimeSteps) и отображение окна Clustergram, содержащего древовидные схемы и карту тепла данных.

Редактирование формул, чтобы запустить пример на подмножестве данных

  1. Отредактируйте формулы в ячейках J5 и J6, чтобы анализировать подмножество данных. Сделайте это путем редактирования диапазонов ячеек формул, чтобы включать данные только для первых 30 генов:

    1. Выберите ячейку J5, и затем нажмите F2, чтобы отобразить формулу для редактирования. Измените H617 в H33, и затем нажмите Enter.

    2. Выберите ячейку J6, затем нажмите F2, чтобы отобразить формулу для редактирования. Измените A617 в A33, и затем нажмите Enter.

  2. Запустите формулы в ячейках J5, J6, J7 и J12, чтобы анализировать и визуализировать подмножество данных:

    1. Выберите ячейку J5, нажмите F2, и затем нажмите Enter.

    2. Выберите ячейку J6, нажмите F2, и затем нажмите Enter.

    3. Выберите ячейку J7, нажмите F2, и затем нажмите Enter.

    4. Выберите ячейку J12, нажмите F2, и затем нажмите Enter.

Используя продукт Spreadsheet Link, чтобы Взаимодействовать С Данными в MATLAB

Используйте группу MATLAB на правой стороне вкладки Home, чтобы взаимодействовать с данными:

Например, создайте переменную в MATLAB, содержащем 3 7 матрица данных, отобразите данные на графике в Окне рисунка, и затем добавьте график в свою электронную таблицу:

  1. Перетащите нажатие кнопки, чтобы выбрать ячейки B5 через H7.

  2. От группы MATLAB выберите Send data to MATLAB.

  3. Введите YAGenes для имени переменной, и затем нажмите OK.

    Переменная YAGenes добавляется к рабочему пространству MATLAB как 3 7 матрица.

  4. От группы MATLAB выберите Run MATLAB command.

  5. Введите график (YAGenes') для команды, и затем нажимают OK.

    Окно рисунка отображает график данных.

    Примечание

    Убедитесь, что вы используете ' (транспонируйте) символ при отображении данных на графике на этом шаге. Необходимо транспонировать данные в YAGenes так, чтобы это построило как три гена более чем семь временных интервалов.

  6. Выберите ячейку J20, и затем щелкните от группы MATLAB, выберите Get MATLAB figure.

    Фигура добавляется к электронной таблице.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте