Начало работы с Bioinformatics Toolbox

Bioinformatics Toolbox™ предоставляет алгоритмы и приложения для секвенирования следующего поколения (NGS), анализа микромассивов, масс-спектрометрии и генной онтологии. Используя функции тулбокса, можно считать геномные и протеомные данные из стандартных форматов файлов, таких как СЭМ, FASTA, CEL и CDF, а также от онлайновых баз данных, таких как Gene Expression Omnibus NCBI и GenBank^®. Можно исследовать и визуализировать эти данные с браузерами последовательности, пространственными тепловыми картами и кластерграммами. Тулбокс также предоставляет статистические методы для обнаружения пиков, ввода значений для недостающих данных и выбора функций.

Можно объединить функции тулбокса, чтобы поддержать общие рабочие процессы биоинформатики. Можно использовать данные ЧИПА-Seq, чтобы идентифицировать транскрипционные факторы; анализируйте данные RNA-Seq, чтобы идентифицировать дифференцированно выраженные гены; идентифицируйте варианты номера копии и SNPs в данных микромассивов; и классифицируйте профили белка с помощью данных о масс-спектрометрии.

Примеры

• Исследование последовательности нуклеотида Используя приложение Sequence Viewer
  

  Используйте графический интерфейс в функциях последовательности.

• Исследуйте последовательность белка Используя приложение Sequence Viewer
  

  Используйте Биологический Sequence Viewer, чтобы исследовать последовательности белка

• Сравните последовательности Используя алгоритмы Sequence Alignment
  

  Начиная с последовательности DNA для человеческого гена найдите и проверьте соответствующий ген в организме модели.

• Просмотрите и выровняйте несколько последовательностей
  

  Используйте приложение Sequence Alignment, чтобы визуально смотреть выравнивание кратного и внести ручные корректировки.

• Получение информации от веб-базы данных
  

  Пример создания получить функции

• Exchange Bioinformatics Data Between Excel и MATLAB
  

  Пример использования Spreadsheet Link™ с программным обеспечением, чтобы просмотреть биоинформатические данные

Рекомендуемые примеры

Сравнение целых геномов

Сравните целые геномы для организмов, который позволяет вам сравнивать организмы в совсем другом разрешении относительно одного генных сравнений. Вместо того, чтобы только фокусироваться на различиях между гомологичными генами можно получить сведения о крупномасштабных функциях геномной эволюции.

Открыть скрипт

Работа с целыми данными о геноме

Создайте файл с отображенной памятью для данных о последовательности и работайте с ними, не загружая всю геномную последовательность в память. Целые геномы доступны человеку, мыши, крысе, fugu, и нескольким другим организмам модели. Для многих из этих организмов одна хромосома может составить несколько сотен миллионов пар оснований долго. Работа с такими большими наборами данных может быть сложной, когда можно столкнуться с ограничениями аппаратного и программного обеспечения, которое вы используете. Этот пример показывает один способ работать вокруг этих ограничений в MATLAB®.

Открыть скрипт

Идентификация дифференцированно выраженных генов из данных RNA-Seq

Протестируйте данные RNA-Seq на дифференцированно выраженные гены с помощью отрицательной биномиальной модели.

Открыть скрипт