exponenta event banner

Функции SimBiology - по категориям

Алфавитный список по категориям

Моделирование

Импортируйте модели

sbioloadprojectЗагрузите проект из файла
sbmlimportИмпортируйте SBML-отформатированный файл
sbiowhosПокажите содержимое файла проекта, файла библиотеки или корневого объекта SimBiology
loadЗагрузите переменные из файла в рабочую область

Создайте модели

simbiologyОткройте приложение SimBiology, чтобы создать PK/PD и механистические модели системной биологии
sbiomodelСоздайте объект модели
sbiorootВозвратите корневой объект SimBiology
sbioresetУдалите все объекты модели
sbioselectИщите объекты с заданными ограничениями
sbiolastwarningSimBiology последнее предупреждающее сообщение
sbiolasterrorSimBiology последнее сообщение об ошибке
verifyПодтвердите и проверьте модель SimBiology
addcompartmentСоздайте объект отсека
addspeciesСоздайте разновидности, возражают и добавляют к объекту отсека в объекте модели
addparameterСоздайте объект параметра и добавьте к или кинетическому объекту закона модели
addreactionСоздайте реакцию, возражают и добавляют к объекту модели
addruleСоздайте правило, возражают и добавляют к объекту модели
addeventДобавьте объект-событие в объект модели
findUnusedComponentsНайдите неиспользованные разновидности, параметры и отсеки в модели
findUsages(species,parameter,compartment)Узнайте, как разновидность, параметр или отсек используются в модели
findUsages(unit,unitprefix)Узнайте, как модульный или модульный префикс используется
findUsages(AbstractKineticLaw)Узнайте, как используется объект AbstractKineticLaw
updateInitialAssignmentsОбновите первоначальные правила присвоения удалить зависимости от порядка
Model objectИнформация компонента и модели
Compartment objectОпции для отсеков
Species objectОпции для разновидностей отсека
Parameter objectПараметр и информация об осциллографе
Reaction objectОпции для реакций модели
KineticLaw objectКинетическая информация о законе для реакции
Rule objectСодержите правило для разновидностей и параметров
Event objectСохраните информацию о событии
Root objectСодержите модели, модульные библиотеки и абстрактные кинетические юридические библиотеки
PKModelDesign objectОбъект Helper создать фармакокинетическую модель
PKCompartment objectИспользуемый PKModelDesign, чтобы создать модель SimBiology
PKModelMap objectЗадайте роли компонентов модели SimBiology
constructСоздайте модель SimBiology из объекта PKModelDesign
addCompartmentДобавьте отсек в объект PKModelDesign

Экспортируйте модели

sbiosaveprojectСохраните все модели в корневом объекте
sbmlexportЭкспортируйте модель SimBiology в файл SBML

Расширьте среду моделирования

sbioaddtolibraryДобавьте к пользовательской библиотеке
sbioremovefromlibrary Удалите кинетический закон, модуль или модульный префикс из библиотеки
sbiocopylibraryСкопируйте библиотеку в диск
sbiorootВозвратите корневой объект SimBiology
sbioresetУдалите все объекты модели
sbioabstractkineticlawСоздайте кинетическое определение закона
sbiounitСоздайте пользовательский модуль
sbiounitprefixСоздайте пользовательский модульный префикс
sbioshowunitsПокажите модули в библиотеке
sbioshowunitprefixesПокажите модульные префиксы в библиотеке
sbioconvertunitsПреобразуйте стоимость единицы и стоимость единицы к новому модулю
sbiounitcalculatorПреобразуйте значение между модулями
Root objectСодержите модели, модульные библиотеки и абстрактные кинетические юридические библиотеки
AbstractKineticLaw objectКинетическая информация о законе в библиотеке
Unit objectСодержите информацию о пользовательском модуле
UnitPrefix objectСодержите информацию о пользовательском модульном префиксе

Симуляция

Симулируйте ответы на биологическую изменчивость и дозы

sbiosimulateМодель Simulate SimBiology
createSimFunctionОбъект Create SimFunction
sbiodoseСоздайте объект дозы
adddoseДобавьте объект дозы смоделировать
sbiovariantСоздайте различный объект
addvariantДобавьте вариант в модель
sbiosteadystate Найдите устойчивое состояние модели SimBiology
sbioaccelerateПодготовьте объект модели к ускоренным симуляциям
sbiosampleparametersСгенерируйте параметры путем выборки ковариационной модели (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbiosampleerrorДемонстрационная ошибка на основе ошибочной модели и добавляет шум в данные моделирования
sbioplotПостройте результаты симуляции в одной фигуре
sbiosubplotПостройте результаты симуляции в подграфиках
sbiotrellisОтобразите на графике данные или результаты симуляции в графике решетки
sbioensemblerunНесколько стохастических запусков ансамбля модели SimBiology
sbioensembleplotПокажите результаты запуска ансамбля с помощью 2D или 3-D графиков
sbioensemblestatsПолучите статистику от данных о запуске ансамбля
ScenariosСценарии симуляции
SimFunction objectПодобный функции интерфейс, чтобы выполнить модели SimBiology
ScheduleDose objectЗадайте протокол дозирования препарата
RepeatDose objectЗадайте протокол дозирования препарата
Variant objectСохраните альтернативные значения компонента
SimData objectУстройство хранения данных данных моделирования
Configset objectИнформация о настройках решателя для симуляции модели
SolverOptionsЗадайте опции решателя модели
RuntimeOptionsОпции для регистрируемых разновидностей
CompileOptionsРазмерный анализ и модульные опции преобразования

Отсканируйте области значений параметра

sbiosimulateМодель Simulate SimBiology
sbioaccelerateПодготовьте объект модели к ускоренным симуляциям
sbiosampleparametersСгенерируйте параметры путем выборки ковариационной модели (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbiosampleerrorДемонстрационная ошибка на основе ошибочной модели и добавляет шум в данные моделирования
addconfigsetСоздайте конфигурацию модели, возражают и добавляют к объекту модели
getconfigsetПолучите объект конфигурации модели от объекта модели
createSimFunctionОбъект Create SimFunction
sbioplotПостройте результаты симуляции в одной фигуре
sbiosubplotПостройте результаты симуляции в подграфиках
sbiotrellisОтобразите на графике данные или результаты симуляции в графике решетки
SimData objectУстройство хранения данных данных моделирования
Configset objectИнформация о настройках решателя для симуляции модели
SolverOptionsЗадайте опции решателя модели
RuntimeOptionsОпции для регистрируемых разновидностей
CompileOptionsРазмерный анализ и модульные опции преобразования
SimFunction objectПодобный функции интерфейс, чтобы выполнить модели SimBiology
SimFunctionSensitivity objectОбъект SimFunctionSensitivity, подкласс объекта SimFunction
ScenariosСценарии симуляции

Вычислите чувствительность

sbiosimulateМодель Simulate SimBiology
sbioaccelerateПодготовьте объект модели к ускоренным симуляциям
sbiosampleparametersСгенерируйте параметры путем выборки ковариационной модели (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbiosampleerrorДемонстрационная ошибка на основе ошибочной модели и добавляет шум в данные моделирования
addconfigsetСоздайте конфигурацию модели, возражают и добавляют к объекту модели
getconfigsetПолучите объект конфигурации модели от объекта модели
getsensmatrix (SimData)Получите 3-D матрицу чувствительности от массива SimData
createSimFunctionОбъект Create SimFunction
SensitivityAnalysisOptionsЗадайте опции анализа чувствительности
SimData objectУстройство хранения данных данных моделирования
Configset objectИнформация о настройках решателя для симуляции модели
SolverOptionsЗадайте опции решателя модели
RuntimeOptionsОпции для регистрируемых разновидностей
CompileOptionsРазмерный анализ и модульные опции преобразования
SimFunction objectПодобный функции интерфейс, чтобы выполнить модели SimBiology
SimFunctionSensitivity objectОбъект SimFunctionSensitivity, подкласс объекта SimFunction
ScenariosСценарии симуляции

Оценка

Importdata

sbionmimportИмпортируйте NONMEM-отформатированные-данные
sbionmfiledefОпределение файла NONMEM возражает для sbionmimport
sbiotrellisОтобразите на графике данные или результаты симуляции в графике решетки
sbioncaВычислите неразделенный на отсеки анализ (NCA) параметры (требует Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbioncaoptionsЗадайте опции, чтобы вычислить неразделенный на отсеки анализ (NCA) параметры
groupedData2tableПреобразуйте объект groupedData представить в виде таблицы
groupedData Подобный таблице набор данных и метаданных

Нелинейная регрессия

sbiofitВыполните регрессию нелинейного метода наименьших квадратов
sbionlinfitВыполните регрессию нелинейного метода наименьших квадратов с помощью моделей SimBiology (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbioparamestimВыполните оценку параметра
sbiosampleparametersСгенерируйте параметры путем выборки ковариационной модели (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbiosampleerrorДемонстрационная ошибка на основе ошибочной модели и добавляет шум в данные моделирования
sbioparameterciВычислите доверительные интервалы для предполагаемых параметров (требует Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbiopredictionciВычислите доверительные интервалы для прогнозов модели (требует Statistics and Machine Learning Toolbox),
groupedData Подобный таблице набор данных и метаданных
EstimatedInfo objectОбъект, содержащий информацию о предполагаемых количествах модели
LeastSquaresResults objectОбъект результатов, содержащий оценку, следует из регрессии наименьших квадратов
OptimResults objectОценка заканчивается объект, подкласс LeastSquaresResults
NLINResults objectОценка заканчивается объект, подкласс LeastSquaresResults
ParameterConfidenceIntervalОбъект, содержащий доверительный интервал, заканчивается для предполагаемых параметров
PredictionConfidenceIntervalОбъект, содержащий доверительный интервал, заканчивается для прогнозов модели

Нелинейное моделирование Смешанных Эффектов

sbiofitmixedПодбирайте нелинейную модель смешанных эффектов (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbionlmefitОцените нелинейные смешанные эффекты с помощью моделей SimBiology (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbionlmefitsaОцените нелинейные смешанные эффекты со стохастическим алгоритмом EM (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbiosampleparametersСгенерируйте параметры путем выборки ковариационной модели (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),
sbiosampleerrorДемонстрационная ошибка на основе ошибочной модели и добавляет шум в данные моделирования
sbiofitstatusplotПостройте состояние нелинейной оценки смешанных эффектов
CovariateModel objectЗадайте отношение между параметрами и ковариантами
groupedData Подобный таблице набор данных и метаданных
EstimatedInfo objectОбъект, содержащий информацию о предполагаемых количествах модели
NLMEResults objectОбъект результатов, содержащий оценку, следует из нелинейного моделирования смешанных эффектов

Развертывание

exportЭкспортируйте модели SimBiology для развертывания и автономные приложения
simulateСимулируйте экспортируемую модель SimBiology
accelerateПодготовьте экспортируемую модель SimBiology к ускорению
SimBiology.export.ModelЭкспортируемый объект модели SimBiology
SimBiology.export.SimulationOptionsНастройки симуляции для экспортируемой модели SimBiology
SimBiology.export.RepeatDoseПовторные дозы для экспортируемой модели SimBiology
SimBiology.export.ScheduleDoseЗапланируйте дозу для экспортируемой модели SimBiology