Устройство хранения данных данных моделирования
SimBiology® SimData объект содержит данные моделирования. Выход от sbiosimulate функционируйте, хранится в SimData объект, который содержит время и данные состояния, а также метаданные, такие как типы и имена для регистрируемых состояний или конфигурации модели, используемой в процессе моделирования.
Можно также хранить данные от нескольких запусков симуляции как массив объектов SimData. Таким образом, выход sbioensemblerun массив объектов SimData. Можно использовать любой метод SimData на массиве объектов SimData.
Можно получить доступ ко времени, данным и метаданным, сохраненным в SimData объект через свойства в Сводных данных Свойства. Свойства задают характеристики объекта. Используйте get и set команды к свойствам объекта списка и изменению их значения в командной строке.
Методы, которые можно использовать, чтобы запросить объект SimData, перечислены в Сводных данных Метода.
| sbioensemblerun | Несколько стохастических запусков ансамбля модели SimBiology |
| sbiosimulate | Модель Simulate SimBiology |
| удалите (любой объект) | Объект Delete SimBiology |
| отображение (любой объект) | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
| доберитесь (любой объект) | Получите свойства объектов |
| getdata (SimData) | Получите данные из SimData objectArray |
| getsensmatrix (SimData) | Получите 3-D матрицу чувствительности от массива SimData |
| передискретизируйте (SimData) | Передискретизируйте объектный массив SimData на новый временной вектор |
| выберите (SimData) | Выберите данные из объекта SimData |
| selectbyname (SimData) | Выберите данные по наименованию из объектного массива SimData |
| установите (любой объект) | Установите свойства объектов |
| Data | Сохраните данные моделирования |
| DataCount | Количества разновидностей, параметров, чувствительности |
| DataInfo | Метаданные помечают для данных моделирования |
| DataNames | Покажите имена в объекте SimData |
| ModelName | Имя модели симулировано |
| Name | Задайте имя объекта |
| Notes | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
| RunInfo | Информация о симуляции |
| Time | Шаги времени симуляции или времена дозы расписания |
| TimeUnits | Покажите единицы измерения времени для дозирования и симуляции |
| UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
Возвратите результаты симуляции в объект SimData и постройте результаты.
sbioloadproject('radiodecay', 'm1');
simDataObj = sbiosimulate(m1);
sbioplot(simDataObj)Получите данные моделирования в определенных моментах времени с помощью resample метод.
% Load 'radiodecay' and set the initial amount of species 'x'.
sbioloadproject('radiodecay', 'm1');
x = sbioselect(m1, 'Type', 'species', 'Name', 'x');
x.InitialAmount = 100;
% Change the solver type to a stochastic solver.
cs = m1.getconfigset;
cs.SolverType = 'ssa';
% Simulate the model.
simDataObj = sbiosimulate(m1);
% This result could be misinterpreted as containing fractional molecules.
sbioplot(simDataObj);
title('Simulation Results Before Resampling');
%Resample the data using the zero-order hold method to obtain the correct
%number of molecules at intermediate time steps.
newsimDataObj = resample(simDataObj, linspace(0, 10, 1e4), 'zoh');
sbioplot(newsimDataObj);
title('Simulation Results After Resampling');Инициализируйте симуляцию с помощью результатов предыдущей симуляции.
% Load 'radiodecay'.
sbioloadproject('radiodecay', 'm1');
m1.Species
simDataObj = sbiosimulate(m1);
% Use the Data property to get the states at the final time point.
% Data is an m x n array, where m is the number of time steps in
% the simulation and n is the number of quantities logged.
finaldata = simDataObj.Data(end,:);
% Use the DataInfo property to get names of states.
info = simDataObj.DataInfo;
% Loop through the states (species) and set their initial amounts.
numSpecies = length(info);
for c = 1:numSpecies
compObj = sbioselect(m1,'type','compartment','Name',info{c}.Compartment);
speciesObj = sbioselect(compObj,'type','species','Name',info{c}.Name);
speciesObj.InitialAmount = finaldata(c);
end
% Verify species initial amounts.
m1.Species Model object, Parameter object, Reaction object, Root object, Species object