exponenta event banner

SimData object

Устройство хранения данных данных моделирования

Описание

SimBiology® SimData объект содержит данные моделирования. Выход от sbiosimulate функционируйте, хранится в SimData объект, который содержит время и данные состояния, а также метаданные, такие как типы и имена для регистрируемых состояний или конфигурации модели, используемой в процессе моделирования.

Можно также хранить данные от нескольких запусков симуляции как массив объектов SimData. Таким образом, выход sbioensemblerun массив объектов SimData. Можно использовать любой метод SimData на массиве объектов SimData.

Можно получить доступ ко времени, данным и метаданным, сохраненным в SimData объект через свойства в Сводных данных Свойства. Свойства задают характеристики объекта. Используйте get и set команды к свойствам объекта списка и изменению их значения в командной строке.

Методы, которые можно использовать, чтобы запросить объект SimData, перечислены в Сводных данных Метода.

Сводные данные конструктора

sbioensemblerunНесколько стохастических запусков ансамбля модели SimBiology
sbiosimulateМодель Simulate SimBiology

Сводные данные метода

удалите (любой объект)Объект Delete SimBiology
отображение (любой объект)Отобразите сводные данные объекта SimBiology
доберитесь (любой объект)Получите свойства объектов
getdata (SimData)Получите данные из SimData objectArray
getsensmatrix (SimData)Получите 3-D матрицу чувствительности от массива SimData
передискретизируйте (SimData)Передискретизируйте объектный массив SimData на новый временной вектор
выберите (SimData)Выберите данные из объекта SimData
selectbyname (SimData)Выберите данные по наименованию из объектного массива SimData
установите (любой объект)Установите свойства объектов

Сводные данные свойства

DataСохраните данные моделирования
DataCountКоличества разновидностей, параметров, чувствительности
DataInfoМетаданные помечают для данных моделирования
DataNamesПокажите имена в объекте SimData
ModelNameИмя модели симулировано
NameЗадайте имя объекта
NotesТекст HTML, описывающий объект SimBiology
RunInfoИнформация о симуляции
TimeШаги времени симуляции или времена дозы расписания
TimeUnitsПокажите единицы измерения времени для дозирования и симуляции
UserDataЗадайте данные, чтобы сопоставить с объектом

Примеры

Возвратите результаты симуляции в объект SimData и постройте результаты.

sbioloadproject('radiodecay', 'm1');
simDataObj = sbiosimulate(m1);
sbioplot(simDataObj)

Получите данные моделирования в определенных моментах времени с помощью resample метод.

% Load 'radiodecay' and set the initial amount of species 'x'.
sbioloadproject('radiodecay', 'm1');
x = sbioselect(m1, 'Type', 'species', 'Name', 'x');
x.InitialAmount = 100;
% Change the solver type to a stochastic solver.
cs = m1.getconfigset;
cs.SolverType = 'ssa';
% Simulate the model.
simDataObj = sbiosimulate(m1);
% This result could be misinterpreted as containing fractional molecules.
sbioplot(simDataObj);
title('Simulation Results Before Resampling');
%Resample the data using the zero-order hold method to obtain the correct
%number of molecules at intermediate time steps.
newsimDataObj = resample(simDataObj, linspace(0, 10, 1e4), 'zoh');
sbioplot(newsimDataObj);
title('Simulation Results After Resampling');

Инициализируйте симуляцию с помощью результатов предыдущей симуляции.

% Load 'radiodecay'. 
sbioloadproject('radiodecay', 'm1');
m1.Species
simDataObj = sbiosimulate(m1);
% Use the Data property to get the states at the final time point.
% Data is an m x n array, where m is the number of time steps in 
% the simulation and n is the number of quantities logged.
finaldata = simDataObj.Data(end,:);
% Use the DataInfo property to get names of states.
info = simDataObj.DataInfo;
% Loop through the states (species) and set their initial amounts.
numSpecies = length(info);
for c = 1:numSpecies
compObj = sbioselect(m1,'type','compartment','Name',info{c}.Compartment);
speciesObj = sbioselect(compObj,'type','species','Name',info{c}.Name);
speciesObj.InitialAmount = finaldata(c);
end
% Verify species initial amounts.
m1.Species

Представленный в R2007b