affysnpannotread

Данные массива ДНК Рида Аффиметрикса Мэппинга из файла аннотации формата CSV

Синтаксис

AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID) AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID, 'LookUpField', LookUpFieldValue)

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла аннотации Affymetrix^® CSV для Отображения 10K набор массивов, Отображение 100K набор массивов или Отображение 500K массив, установлены.

Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB^® или в текущей папке.

PID

Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов набора на Affymetrix, сопоставляющем массив.

LookUpFieldValue Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одни или несколько заголовков столбцов в файле аннотации CSV Affymetrix. Значением по умолчанию являются поля, показанные в следующей таблице.

Выходные аргументы

AnnotStruct

Структура MATLAB, содержащая информацию для одного или нескольких зондов, устанавливает от File, файл аннотации CSV Affymetrix.

AnnotStruct содержит подмножество полей в File. Поля описаны в приведенной ниже таблице.

Описание

AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID) чтения File, файл аннотации CSV Affymetrix для Отображения 10K набор массивов, Отображение 100K набор массивов или Отображение 500K набор массивов, и возвращает AnnotStruct, структура MATLAB, содержащая информацию об аннотации для одного или нескольких тестовых наборов, задана PID, вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов набора. AnnotStruct содержит подмножество полей в File. Поля описаны в следующей таблице.

Структура, созданная из файла аннотации CSV Affymetrix

Поле	Описание
`ProbeSetIDs`	Массив ячеек, содержащий уникальные тестовые идентификаторы набора, задан `PID` входной параметр.
`Chromosome`	Массив ячеек, содержащий номер хромосомы, на котором расположен каждый тестовый набор.
`ChromPosition`	Массив ячеек, содержащий SNP геномная позиция по хромосоме для каждого тестового набора.
`Cytoband`	Массив ячеек, содержащий цитогенетическую область соединения хромосомы, на которой расположен каждый тестовый набор.
`Sequence`	Массив ячеек, содержащий последовательность каждого тестового набора.
`AlleleA`	Массив ячеек, содержащий основу, которая является аллелью для каждого тестового набора.
`AlleleB`	Массив ячеек, содержащий основу, которая является аллелью B для каждого тестового набора.
`Accession`	Массив ячеек, содержащий инвентарный номер GenBank^® для каждого тестового набора.
`FragmentLength`	Массив ячеек, содержащий длину каждого тестового набора.

AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID, 'LookUpField', LookUpFieldValue) возвращает информацию об аннотации только в поле (столбец), заданный LookUpFieldValue, вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одни или несколько заголовков столбцов в файле аннотации CSV Affymetrix. Значением по умолчанию являются поля, показанные в предыдущей таблице.

Примечание

Можно загрузить файлы аннотации CSV Affymetrix, такие как Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv от:

https://www.affymetrix.com/support/technical/annotationfilesmain.affx

Примеры

Следующий пример принимает, что у вас есть Mapping50K_Xba240.CDF файл хранится в C:\AffyLibFiles\, и что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv файл аннотации.

Используйте affyread функция, чтобы создать структуру, содержащую информацию от Mapping50K_Xba240.CDF файл библиотеки.
```
cdf = affyread('C:\AffyLibFiles\Mapping50K_Xba240.CDF');
```
Создайте переменную, содержащую массив ячеек имен тестовых наборов, которые хранятся в Name поле ProbeSets поле cdf структура.
```
probesetIDs = {cdf.ProbeSets.Name}';
```

Возвратите структуру, содержащую информацию об аннотации для всех тестовых наборов в Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv файл аннотации.

snpInfo = affysnpannotread('Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv',probesetIDs)

snpInfo = 

       ProbeSetIDs: {59024x1 cell}
        Chromosome: [59024x1 int8]
     ChromPosition: [59024x1 double]
          Cytoband: {59024x1 cell}
          Sequence: {59024x1 cell}
           AlleleA: {59024x1 cell}
           AlleleB: {59024x1 cell}
         Accession: {59024x1 cell}
    FragmentLength: [59024x1 double]

Смотрите также

affyread | affysnpintensitysplit

Документация