getFlag

Класс: BioMap

Получите флаги последовательности чтения из BioMap объект

Синтаксис

Flag = getFlag(BioObj)
Flag = getFlag(BioObj, Subset)

Описание

Flag = getFlag(BioObj) возвращает Flag, вектор неотрицательных целых чисел, указывающих на поразрядную информацию, которая задает состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Каждое целое число соответствует последовательности чтения того от BioMap объект.

Flag = getFlag(BioObj, Subset) возвращает целые числа флага только для объектных элементов, указанных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

Flag

Вектор неотрицательных целых чисел. Каждое целое число соответствует последовательности чтения того и указывает на поразрядную информацию, которая задает состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты секвенирования и выравнивания последовательности чтения. Flag включает целые числа флага только для последовательностей чтения, заданных Subset.

Примеры

Создайте BioMap объект, и затем получает флаговые значения SAM для различных элементов в объекте:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Retrieve integer specifying bit-wise information for 11
% SAM flags of the second element
flagValue = getFlag(BMObj1, 2)
flagValue =

     73
% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11
% SAM flags of the first and third elements
flagValues = getFlag(BMObj1, [1 3])
flagValues =

     73
    137
% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11
% SAM flags of all elements
allFlagValues = getFlag(BMObj1);
% Determine the status of the fourth flag (mate is unmapped)
% for the second element, which has a flag value of 73
bitget(73, 4)
ans =

     1

Советы

После использования getFlag метод, чтобы возвратить целое число, указывающее поразрядную информацию для флагов SAM, используйте bitget функция, чтобы определить состояние определенного флага SAM. Для получения дополнительной информации смотрите Примеры.

Альтернативы

Альтернатива использованию getFlag метод должен использовать точечную индексацию с Flag свойство:

BioObj.Flag(Indices)

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте