getMappingQuality

Класс: BioMap

Получите последовательность, сопоставляющую качественные баллы от BioMap объект

Синтаксис

MappingQuality = getMappingQuality(BioObj)
MappingQuality = getMappingQuality(BioObj, Subset)

Описание

MappingQuality = getMappingQuality(BioObj) возвращает MappingQuality, вектор целочисленного определения, сопоставляющего качественную музыку к каждой последовательности чтения в BioObj, BioMap объект.

MappingQuality = getMappingQuality(BioObj, Subset) возвращает качественную музыку отображения только к объектным элементам, указанным Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

MappingQuality

MappingQuality свойство подмножества элементов в BioObj. MappingQuality вектор целых чисел, задающих качественную музыку отображения к последовательностям чтения, заданным Subset.

Примеры

Создайте BioMap объект, и затем получает качественную музыку отображения к различным элементам в объекте:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Retrieve the mapping quality property of the second element in
% the object
MQ_2 = getMappingQuality(BMObj1, 2)
MQ_2 =

   99
% Retrieve the mapping quality properties of the first and third
% elements in the object
MQ_1_3 = getMappingQuality(BMObj1, [1 3])
MQ_1_3 =

   99
   99
% Retrieve the mapping quality properties of all elements in the
% object
MQ_All = getMappingQuality(BMObj1);

Альтернативы

Альтернатива использованию getMappingQuality метод должен использовать точечную индексацию с MappingQuality свойство:

BioObj.MappingQuality(Indices)

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте