setMappingQuality

Класс: BioMap

Установите последовательность, сопоставляющую качественную музыку к BioMap объект

Синтаксис

NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality)
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality, Subset)

Описание

NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality) возвращает NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MappingQuality набор свойств к MappingQuality, вектор целых чисел, задающих качественную музыку отображения к последовательностям чтения.

NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality, Subset) возвращает NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MappingQuality свойство подмножества набора элементов к MappingQuality, вектор целых чисел, задающих качественную музыку отображения к последовательностям чтения. Это устанавливает качественную музыку отображения только к объектным элементам, указанным Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Примечание

Если BioObj был создан из BioIndexedFile объект, вы не можете установить его MappingQuality свойство.

MappingQuality

Вектор целых чисел, задающих качественную музыку отображения к последовательностям чтения.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в MappingQuality и Subset. Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

NewObj

Объект BioMap класс.

Примеры

Создайте BioMap объект, и затем набор подмножество качественных баллов отображения:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Mapping Quality property of the second element to a new
% value 
BMObj1 = setMappingQuality(BMObj1, 74, 2);

Советы

Обновить качественные баллы отображения в существующем BioMap объект, используйте тот же объект в качестве входа BioObj и выход NewObj.

Альтернативы

Альтернатива использованию setMappingQuality метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с MappingQuality свойство:

BioObj.MappingQuality(Indices) = NewMappingQuality

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewMappingQuality вектор целых чисел, задающих качественную музыку отображения к последовательностям чтения. Indices и NewQuality должен иметь тот же номер и порядок элементов.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте