getMatePosition

Класс: BioMap

Получите положения помощника последовательностей чтения от BioMap объект

Синтаксис

MatePos = getMatePosition(BioObj)
MatePos = getMatePosition(BioObj,Subset)

Описание

MatePos = getMatePosition(BioObj) возвращает MatePos, вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности от BioMap объект.

MatePos = getMatePosition(BioObj,Subset) возвращает положения помощника только для последовательностей чтения, заданных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

MatePos

MatePosition свойство всех или подмножество элементов в BioObj. MatePos вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. MatePos включает положения помощника только для последовательностей чтения, заданных Subset.

Не все значения в MatePosition вектор представляет допустимые положения помощника, например, помощники, которые сопоставляют с различной ссылочной последовательностью или помощниками, которые не сопоставляют. Чтобы определить, допустимо ли положение помощника, используйте filterByFlag метод с 'pairedInMap' флаг.

Примеры

Создайте BioMap объект, и затем получает положение помощника для различных последовательностей в объекте:

% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the 17th element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(17)
ans = 

    'EAS114_32:5:78:583:499'
% Retrieve the MatePosition property of the 17th element in the object using the header
MatePos_17 = getMatePosition(BMObj1,{'EAS114_32:5:78:583:499'})
MatePos_17 =

         229
          37

Заметьте, что предыдущий пример возвратил два положения помощника. Это вызвано тем, что заголовок EAS114_32:5:78:583:499 повторный заголовок в BMObj1 объект. getMatePosition метод возвращает положения помощника для всех элементов в объекте с тем заголовком.

% Retrieve the MatePosition properties of the 37th and 47th elements in
% the object
MatePos_37_47 = getMatePosition(BMObj1, [37 47])
MatePos_37_47 =

          95
         283
% Retrieve the MatePosition properties of all elements in the object
MatePos_All = getMatePosition(BMObj1);

Альтернативы

Альтернатива использованию getMatePosition метод должен использовать точечную индексацию с MatePosition свойство:

BioObj.MatePosition(Indices)

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте