setMatePosition

Класс: BioMap

Установите положения помощника последовательностей чтения в BioMap объект

Синтаксис

NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)

Описание

NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos) возвращает NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MatePosition набор свойств к MatePos, вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности.

NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset) возвращает NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MatePosition свойство подмножества набора элементов к MatePos, вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. setMatePosition метод устанавливает положения помощника только для объектных элементов, указанных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Примечание

Если BioObj был создан из BioIndexedFile объект, вы не можете установить его MatePosition свойство.

MatePos

Вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в MatePos и Subset. Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

NewObj

Объект BioMap класс.

Примеры

Создайте BioMap объект, и затем набор подмножество значений положения помощника последовательности:

% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the second element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(2)
ans = 

    'EAS54_65:7:152:368:113'
% Set the MatePosition property of the second element to a new value of 5
BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, 5, {'EAS54_65:7:152:368:113'});
% Set the MatePosition properties of the first and third elements in
% the object to 6 and 7 respectively
BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, [6 7], [1 3]);
% Set the MatePosition property of all elements in the object to zero
y = zeros(1,BMObj1.NSeqs);
BMObj1 = setMatePosition(BMObj1,y);

Советы

  • Обновить положения помощника в существующем BioMap объект, используйте тот же объект в качестве входа BioObj и выход NewObj.

Альтернативы

Альтернатива использованию setMatePosition метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с MatePosition свойство:

BioObj.MatePosition(Indices) = NewMatePos

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewMatePos вектор целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Indices и NewMatePos должен иметь тот же номер и порядок элементов.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте