blosum

Возвратить матрицу оценок BLOSUM

свернуть все на странице

Синтаксис

Matrix = blosum(Identity)
[Matrix, MatrixInfo] = blosum(Identity)
... = blosum(Identity, ...'Extended', ExtendedValue, ...)
... = blosum(Identity, ...'Order', OrderValue, ...)

Входные параметры

Identity

Скаляр, задающий единичный уровень процента. Выбор:

  • Значения от 30 к 90 с шагом 5

  • 62

  • 100

ExtendedValue Управляет списком расширенных кодов аминокислоты. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
OrderValueВектор символов или строка, содержащая легальные символы аминокислоты, который задает аминокислоты порядка, перечислены в матрице. Длиной вектора символов или строки должен быть 20 или 24.

Выходные аргументы

MatrixBLOSUM (Матрица Замены Блоков) выигрыш матрицы с заданной идентичностью процента.
MatrixInfo

Структура информации о Matrix содержа следующие поля:

  • Name

  • Scale

  • Entropy

  • ExpectedScore

  • HighestScore

  • LowestScore

  • Order

Описание

Matrix = blosum(Identity) возвращает BLOSUM (Матрица Замены Блоков) выигрыш матрицы с заданной идентичностью процента. Упорядоченное расположение по умолчанию выхода включает расширенные символы BZX, и *. 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *

[Matrix, MatrixInfo] = blosum(Identity) возвращает MatrixInfo, структура информации о Matrix, матрица BLOSUM. MatrixInfo содержит следующие поля:

  • Name

  • Scale

  • Entropy

  • ExpectedScore

  • HighestScore

  • LowestScore

  • Order

... = blosum (IdentityPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы blosum с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = blosum(Identity, ...'Extended', ExtendedValue, ...) управляет списком расширенных кодов аминокислоты. Выбором является true (значение по умолчанию) или false. Если ExtendedValue false, возвращает матрицу выигрыша для стандартного 20 аминокислоты. Упорядоченное расположение выхода, когда ExtendedValue false 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

... = blosum(Identity, ...'Order', OrderValue, ...) возвращает матрицу BLOSUM, упорядоченную OrderValue, вектор символов или строка, содержащая легальные символы аминокислоты, который задает аминокислоты порядка, перечислены в матрице. Длиной вектора символов или строки должен быть 20 или 24.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Возвратите матрицу BLOSUM с единичным уровнем процента 50.

B50 = blosum(50)
B50 = 24×24

     5    -2    -1    -2    -1    -1    -1     0    -2    -1    -2    -1    -1    -3    -1     1     0    -3    -2     0    -2    -1    -1    -5
    -2     7    -1    -2    -4     1     0    -3     0    -4    -3     3    -2    -3    -3    -1    -1    -3    -1    -3    -1     0    -1    -5
    -1    -1     7     2    -2     0     0     0     1    -3    -4     0    -2    -4    -2     1     0    -4    -2    -3     4     0    -1    -5
    -2    -2     2     8    -4     0     2    -1    -1    -4    -4    -1    -4    -5    -1     0    -1    -5    -3    -4     5     1    -1    -5
    -1    -4    -2    -4    13    -3    -3    -3    -3    -2    -2    -3    -2    -2    -4    -1    -1    -5    -3    -1    -3    -3    -2    -5
    -1     1     0     0    -3     7     2    -2     1    -3    -2     2     0    -4    -1     0    -1    -1    -1    -3     0     4    -1    -5
    -1     0     0     2    -3     2     6    -3     0    -4    -3     1    -2    -3    -1    -1    -1    -3    -2    -3     1     5    -1    -5
     0    -3     0    -1    -3    -2    -3     8    -2    -4    -4    -2    -3    -4    -2     0    -2    -3    -3    -4    -1    -2    -2    -5
    -2     0     1    -1    -3     1     0    -2    10    -4    -3     0    -1    -1    -2    -1    -2    -3     2    -4     0     0    -1    -5
    -1    -4    -3    -4    -2    -3    -4    -4    -4     5     2    -3     2     0    -3    -3    -1    -3    -1     4    -4    -3    -1    -5
      ⋮

Возвратите матрицу BLOSUM с аминокислотами в определенном порядке.

B75 = blosum(75,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')
B75 = 20×20

     9    -1    -1    -4    -1    -3    -3    -4    -5    -3    -4    -4    -4    -2    -1    -2    -1    -2    -3    -3
    -1     5     1    -1     1    -1     0    -1     0     0    -1    -1     0    -2    -3    -3    -2    -3    -2    -3
    -1     1     5    -1     0    -2     0    -1    -1    -1    -2    -1    -1    -1    -1    -2     0    -2    -2    -3
    -4    -1    -1     8    -1    -3    -3    -2    -1    -2    -2    -2    -1    -3    -3    -3    -3    -4    -4    -5
    -1     1     0    -1     4     0    -2    -2    -1    -1    -2    -2    -1    -1    -2    -2     0    -3    -2    -3
    -3    -1    -2    -3     0     6    -1    -2    -3    -2    -2    -3    -2    -3    -5    -4    -4    -4    -4    -3
    -3     0     0    -3    -2    -1     6     1    -1     0     0    -1     0    -3    -4    -4    -3    -4    -3    -4
    -4    -1    -1    -2    -2    -2     1     6     1    -1    -1    -2    -1    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -5
    -5     0    -1    -1    -1    -3    -1     1     5     2     0     0     1    -2    -4    -4    -3    -4    -3    -4
    -3     0    -1    -2    -1    -2     0    -1     2     6     1     1     1     0    -3    -3    -2    -4    -2    -2
      ⋮

Смотрите также

| | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте