bowtiebuild

Сгенерируйте индекс с помощью Нор-Wheeler, преобразовывают

свернуть все на странице

Синтаксис

bowtiebuild(input,indexBaseName)
bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options)

Описание

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName) создает индекс с помощью ссылочной последовательности (последовательностей) в input, и сохраняет его в индексный файл indexBaseName.

Примечание

bowtiebuild работает на Mac и платформах UNIX® только.

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options) задает дополнительные опции.

Примеры

свернуть все

Загрузите E. coli геном от NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Созданный индекс Галстука-бабочки с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Входные параметры

свернуть все

FASTA-отформатированные файлы со ссылочными последовательностями, которые будут индексированы в виде вектора символов, строки, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов. Используйте массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, чтобы задать несколько файлов.

Назовите для индексируемого ссылочного файла в виде вектора символов или строки, содержащей путь и базовое имя для получившегося индексного файла Галстука-бабочки.

Дополнительный bowtiebuild опции в виде вектора символов или строки для любого допустимого bowtiebuild опции. Введите bowtiebuild('--help') для доступных параметров.

Пример: '-t 5 -C'

Советы

  • Больше информации об алгоритме Галстука-бабочки (Версия 0.12.7) может быть найдено в http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.

  • Некоторые предварительно созданные индексные файлы для организмов модели могут быть загружены непосредственно с репозитория Галстука-бабочки.

Смотрите также

| | | | | |

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте