getcanonical (phytree)

Вычислите каноническую форму филогенетического дерева

Синтаксис

Pointers = getcanonical(Tree)
[Pointers, Distances, Names] = getcanonical(Tree)

Аргументы

Treeобъект phytree создается phytree функция (конструктор Object).

Описание

Pointers = getcanonical(Tree) возвращает указатели для канонической формы филогенетического дерева (Tree). В каноническом дереве листы упорядочены в алфавитном порядке, и ветви упорядочены сначала их шириной и затем в алфавитном порядке их первым элементом. Каноническое дерево изоморфно ко всем деревьям с тем же скелетом независимо от порядка их листов и ветвей.

[Pointers, Distances, Names] = getcanonical(Tree) возвращается, в дополнение к указателям, описанным выше, переупорядоченные расстояния (Distances) и имена узла (Names).

Примеры

  1. Создайте два филогенетических дерева с тем же скелетом, но немного отличающимися расстояниями.

    b = [1 2; 3 4; 5 6; 7 8;9 10];
    tr_1 = phytree(b,[.1 .2 .3 .3 .4 ]');
    tr_2 = phytree(b,[.2 .1 .2 .3 .4 ]');
  2. Постройте деревья.

     plot(tr_1)
     plot(tr_2)
  3. Проверяйте, имеют ли деревья изоморфную конструкцию.

    isequal(getcanonical(tr_1),getcanonical(tr_2))  
    
    ans =
         1

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте