Примените линейное преобразование к 3-D структуре молекулы
pdbtransform(PDB, Transf)
PDBTX = pdbtransform(PDB, Transf)
... = pdbtransform(...,
'ModelNum', ModelNumValue, ...)
... = pdbtransform(...,
'Segment', SegmentValue, ...)
PDB | Структура белка, представленная любым следующим:
|
Transf | Структура MATLAB, представляющая линейное преобразование, которое применяется к координатам молекулы, представленной PDB. Transf содержит следующие поля:
СоветМожно использовать |
ModelNumValue | Положительное целое число, которое задает модель, к которой можно применить преобразование, когда |
SegmentValue | Задает степень, к которой применяется линейное преобразование.
|
PDBTX | Преобразованная PDB-отформатированная структура MATLAB. |
pdbtransform( применяет линейное преобразование, заданное в PDB, Transf)Transf, структура MATLAB, представляющая линейное преобразование, к координатам молекулы, представлена PDB, который может быть любым следующим:
Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных PDB.
Переменная, содержащая PDB-отформатированную структуру MATLAB, такой, как возвращено getpdb или pdbread.
Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла. Файл, на который ссылаются, является PDB-отформатированным файлом. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке MATLAB.
PDBTX = pdbtransform(PDB, Transf)PDBTX, преобразованная PDB-отформатированная структура MATLAB.
... = pdbtransform (... ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)pdbtransform с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает модель, к которой можно применить преобразование, когда ... = pdbtransform(...,
'ModelNum', ModelNumValue, ...)PDB содержит многоуровневые модели. ModelNumValue положительное целое число. По умолчанию первая модель рассматривается.
... = pdbtransform(...,
'Segment', SegmentValue, ...)SegmentValue может быть также:
'all' — Преобразование применяется к целому входу PDB.
Вектор символов или строка, задающая контуры и цепь, чтобы рассмотреть. Это использует любой из следующих форматов: 'start-stop:chain' или 'chain'. Исключение контуров указывает на целую цепь.
Создайте структуру MATLAB, которая задает линейное преобразование.
transf.T = eye(3); transf.b = 1; transf.c = [11.8 -2.8 -32.3];
Примените линейное преобразование к цепи B в thioredoxin структуре с идентификатором PDB 2trx.
pdbtx = pdbtransform('2trx', transf, 'segment', 'B');
getpdb | molviewer | pdbread | pdbsuperpose | procrustes