rmabackadj

Выполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью процедуры Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA)

Синтаксис

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMData)
BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Method', MethodValue, ...)
BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Truncate', TruncateValue, ...)
BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...)

Входные параметры

PMData

Матрица значений интенсивности, где каждая строка соответствует идеальной паре (PM), зонд и каждый столбец соответствуют файлу Affymetrix® CEL. (Каждый файл CEL сгенерирован от отдельного чипа. Все микросхемы должны иметь тот же тип.)

MethodValue

Задает метод оценки для фоновых параметров модели корректировки. Введите любой 'RMA' (чтобы использовать метод оценки, описанный Bolstad, 2005) или 'MLE' (чтобы оценить параметры с помощью наибольшего правдоподобия). Значением по умолчанию является 'RMA'.

TruncateValue

Задает модель фонового шума. Введите любой true (используйте усеченное Распределение Гаусса), или false (используйте неусеченное Распределение Гаусса). Значением по умолчанию является true.

ShowplotValue

Управляет графическим выводом гистограммы, показывающей распределение (синих) значений интенсивности зонда PM и замысловатая (красная) функция распределения вероятностей, предполагаемыми параметрами mu, сигмой и альфой. Введите любой 'all' (постройте гистограмму для каждого столбца или чипа), или задайте подмножество столбцов (микросхемы) путем ввода номера столбца, списка чисел или области значений чисел.

Выходные аргументы

BackAdjustedMatrixМатрица настроенных фоном тестовых значений интенсивности.

Описание

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMData) возвращается фон настроил значения тестовых значений интенсивности в матрице, PMData. Обратите внимание на то, что каждая строка в PMData соответствует идеальной паре (PM), зонд и каждый столбец в PMData соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL сгенерирован от отдельного чипа. Все микросхемы должны иметь тот же тип.) Детали о фоновой корректировке описаны Bolstad, 2005.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы rmabackadj с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Method', MethodValue, ...) задает метод оценки для фоновых параметров модели корректировки. Когда MethodValue 'RMA', rmabackadj реализует метод оценки, описанный Bolstad, 2005. Когда MethodValue 'MLE', rmabackadj оценивает параметры с помощью наибольшего правдоподобия. Значением по умолчанию является 'RMA'.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Truncate', TruncateValue, ...) задает используемую модель фонового шума. Когда TruncateValue false, rmabackadj использует неусеченный Гауссов в качестве модели фонового шума. Значением по умолчанию является true.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...) позволяет вам построить гистограмму, показывающую распределение (синих) значений интенсивности зонда PM и замысловатая (красная) функция распределения вероятностей, предполагаемыми параметрами mu, сигмой и альфой. Когда ShowplotValue 'all', rmabackadj строит гистограмму для каждого столбца или чипа. Когда ShowplotValue номер, список чисел или область значений чисел, rmabackadj строит гистограмму для обозначенного номера столбца (чип).

Например:

  • (..., 'Showplot', 3,...) строит значения интенсивности в столбце 3 PMData.

  • (..., 'Showplot', [3,5,7],...) строит значения интенсивности в столбцах 3, 5 и 7 из PMData.

  • (..., 'Showplot', 3:9,...) строит значения интенсивности в столбцах 3 - 9 PMData.

Примеры

  1. Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные тестового уровня Affymetrix, включая pmMatrix, матрица PM зондирует значения интенсивности из нескольких файлов CEL.

    load prostatecancerrawdata

  2. Выполните фоновую корректировку на значениях интенсивности зонда премьер-министра в матрице, pmMatrix, создавая новую матрицу, BackgroundAdjustedMatrix.

     BackgroundAdjustedMatrix = rmabackadj(pmMatrix);

  3. Выполните фоновую корректировку на значениях интенсивности зонда премьер-министра только в столбце 3 матрицы, pmMatrix, создавая новую матрицу, BackgroundAdjustedChip3.

     BackgroundAdjustedChip3 = rmabackadj(pmMatrix(:,3));

prostatecancerrawdata.mat файл, используемый в предыдущем примере, содержит данные из Лучшего и др., 2005.

Ссылки

[1] Irizarry, R.A., Хоббс, B., Коллин, F., Бизер-Барклай, Y.D., Antonellis, K.J., Scherf, U., скорость, T.P. (2003). Исследование, нормализация и сводные данные данных об уровне зонда олигонуклеотида высокой плотности массивов. Биостатистика 4, 249–264.

[2] Bolstad, B. (2005). “affy: встроенные методы обработки” https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/ inst/doc/builtinMethods.pdf

[3] Лучше всего, C.J.M., Гиллеспи, J.W., И, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Gathright, Y., Эриксон, H.S., Георгевич, L., Tangrea, M.A., Duray, P.H., Гонсалес, S., Веласко, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Цена, D.K., Figg, W.D., Emmert-маркер, M.R., и Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке простаты после терапии абляции андрогена. Клинические Исследования рака 11, 6823–6834.

Смотрите также

| | | | | | | | |

Введен в R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте