Sequence Viewer

Визуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности

Описание

Приложение Sequence Viewer позволяет вам визуализировать и исследовать последовательности нуклеотида или аминокислота.

Вы можете:

  • Импортируйте последовательности из баз данных NCBI или EMBL непосредственно.

  • Просмотрите и исследуйте различную информацию о последовательности (такую как ORFs и CDSs) и базовая статистика (такая как проценты основных количеств или количеств аминокислоты).

  • Просмотрите дополнительные и противоположные дополнительные последовательности и другие функции последовательности, такие как гены и экзоны.

  • Извлеките разделы кодирования белка последовательности нуклеотида и экспортируйте их в рабочую область MATLAB®.

  • Ищите характеристические слова или шаблоны последовательности с помощью регулярных выражений.

Откройте приложение Sequence Viewer

  • Панель инструментов MATLAB: На вкладке Apps, под Computational Biology, кликают по значку приложения.

  • Командная строка MATLAB: Введите seqviewer.

Примеры

развернуть все

Получите последовательность из базы данных GenBank®.

S = getgenbank('M10051');

Загрузите последовательность в приложение Sequence Viewer.

seqviewer(S)

В качестве альтернативы можно нажать Sequence Viewer на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть биологическую последовательность S.

Закройте приложение.

seqviewer('close')

Связанные примеры

Программируемое использование

развернуть все

seqviewer открывает приложение Sequence Viewer.

seqviewer(Seq) загружает аминокислоту или последовательность нуклеотида Seq в приложение. Seq может быть одно из следующего:

  • Строка однобуквенных кодов

  • Вектор-строка из целых чисел

  • Структура MATLAB, содержащая Sequence поле, которое содержит аминокислоту или последовательность нуклеотида, такую как структура, возвращенная fastaread, fastqread, getgenpept, genpeptread, getpdb, pdbread, emblread, getembl, genbankread, или getgenbank

  • Строка, задающая имя файла с расширением .gbk, .gpt, .fasta, .fa, или .ebi.

Смотрите также

Приложения

Функции

Представлено до R2006a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте