seqviewer

Визуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

seqviewer
seqviewer(Seq)
seqviewer(Seq,Name,Value)
seqviewer('close')

Описание

пример

seqviewer открывает приложение Sequence Viewer.

seqviewer(Seq) загружает последовательность Seq в приложение, где можно просмотреть и в интерактивном режиме исследовать последовательность.

seqviewer(Seq,Name,Value) открывает приложение с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

seqviewer('close') закрывает приложение Sequence Viewer.

Входные параметры

свернуть все

Аминокислота или последовательность нуклеотида в виде:

  • Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды или имя файла с расширением .gbk, .gpt, .fasta, .fa, или .ebi.

  • Вектор-строка из целых чисел

  • Структура MATLAB®, содержащая Sequence поле, которое содержит аминокислоту или последовательность нуклеотида, такой, как возвращено fastaread, fastqread, getgenpept, genpeptread, getpdb, pdbread, emblread, getembl, genbankread, или getgenbank

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' указывает, что выровненные последовательности являются последовательностями аминокислот.

Тип выровненных последовательностей в виде 'AA' для последовательностей аминокислот или 'NT' для последовательностей нуклеотида.

Пример: 'Alphabet','AA'

Примеры

свернуть все

Получите последовательность из базы данных GenBank®.

S = getgenbank('M10051');

Загрузите последовательность в приложение Sequence Viewer.

seqviewer(S)

В качестве альтернативы можно нажать Sequence Viewer на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть биологическую последовательность S.

Закройте приложение.

seqviewer('close')

Смотрите также

| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте