Статистический анализ

Считайте резюмирование и статистические анализы данных ЧИПА-seq и RNA-seq

Считайте количество чтений сопоставленным с геномными функциями интереса. Выполните статистические анализы количеств чтения, таких как идентификация дифференцированно выраженных генов из данных RNA-seq и выполнения анализа всего генома транскрипционных факторов из данных ЧИПА-seq.

Функции

cufflinksСоберите транскриптом от выровненных чтений
cuffcompareСравните собранные расшифровки стенограммы через несколько экспериментов
cuffdiffИдентифицируйте существенные изменения в выражении расшифровки стенограммы
cuffmergeОбъедините блоки RNA-seq в основной транскриптом
cuffnormНормируйте уровни экспрессии расшифровки стенограммы
cuffquantОпределите количество гена и профилей выражения расшифровки стенограммы
cuffgffreadОтфильтруйте и преобразуйте файлы GTF и GFF
cuffgtf2samПреобразуйте файлы GTF в файлы SAM
mattestВыполните 2D демонстрационный t-тест, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов от двух экспериментальных условий или фенотипов
mafdrОцените положительный ложный уровень открытия для нескольких тестирование гипотезы
nbintestНепарный тест гипотезы для данных о количестве с размерами небольшой выборки
featurecountВычислите количество чтений, сопоставленных с геномными функциями
metafeaturesМетагенный алгоритм аттрактора для разработки функции использование взаимного информационно-основанного изучения
rankfeaturesОцените ключевые возможности по критериям отделимости класса
randfeaturesСгенерируйте рандомизированное подмножество функций
knnimputeПрипишите недостающие данные с помощью метода ближайшего соседа
crossvalindСгенерируйте индексы для наборов обучающих данных и наборов тестов
classperfОцените производительность классификатора

Классы

NegativeBinomialTestНепарный результат испытаний гипотезы
CuffCompareOptionsНабор опций для cuffcompare
CuffDiffOptionsОпция установлена для cuffdiff
CuffGFFReadOptionsОпция установлена для cuffgffread
CufflinksOptionsОпция установлена для cufflinks
CuffMergeOptionsОпция установлена для cuffmerge
CuffNormOptionsОпция установлена для cuffnorm
CuffQuantOptionsОпция установлена для cuffquant
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте