seqalignviewer

Визуализируйте и отредактируйте несколько выравнивание последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

seqalignviewer
seqalignviewer(Alignment)
seqalignviewer(Alignment,Name,Value)
seqalignviewer('close')

Описание

пример

seqalignviewer открывает приложение Sequence Alignment, где можно отобразить и в интерактивном режиме настроить несколько выравниваний последовательности.

seqalignviewer(Alignment) загружает группу, ранее умножают выровненные последовательности в приложение, где можно просмотреть и в интерактивном режиме настроить выравнивание.

seqalignviewer(Alignment,Name,Value) открывает приложение с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

seqalignviewer('close') закрывает приложение Sequence Alignment.

Совет

Если разрывы доступны после того, как вы выбрали блок из выровненных последовательностей, то существует три области, которые можно перетащить и переместить горизонтально:

  • Выбранный блок

  • Блокируйтесь слева от выбора

  • Блокируйтесь справа от выбора

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Загрузите и просмотрите файл выравнивания последовательности кратного.

seqalignviewer('aagag.aln')

В качестве альтернативы можно нажать Sequence Alignment на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть данные о выравнивании.

Можно также сгенерировать филогенетическое дерево от выровненных последовательностей из приложения. Выберите Display> View Tree.

Входные параметры

свернуть все

Данные о нескольких упорядочивают выравнивание (MSA) в виде:

  • Структура MATLAB®, содержащая Sequence поле, такой, как возвращено fastaread, gethmmalignment, multialign, или multialignread

  • Символьный массив или вектор-столбец данных о MSA строк, содержащих, такой, как возвращено multialign

  • Вектор символов, задающий файл или URL, содержащий данные о MSA

  • 3 N символьным массивом, показывающим попарное выравнивание двух последовательностей, такой, как возвращено nwalign или swalign.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' указывает, что выровненные последовательности являются последовательностями аминокислот.

Тип выровненных последовательностей в виде 'AA' для последовательностей аминокислот или 'NT' для последовательностей нуклеотида. Если вы не задаете тип, seqalignviewer попытки определить правильный тип. Если это не может, это принять значение по умолчанию к 'AA'.

Пример: 'Alphabet','AA'

Список имен, чтобы пометить последовательности в окне выравнивания в виде массива MATLAB структур, содержащих Header или Name поле, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки. Число элементов в любом массиве должно совпасть с количеством последовательностей в данных о выравнивании Alignment.

Пример: 'SeqHeaders',names

Альтернативы

Можно также отобразить нанесенный цветную маркировку несколько или попарное выравнивание последовательности с помощью showalignment функция. Однако выравнивание отображается в Графическом окне MATLAB, где вы не можете взаимодействовать с ним.

Вопросы совместимости

развернуть все

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Смотрите также

| | | | | | | | |

Темы

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте