Можно выбрать из списка методов анализа сравнить нуклеотид или последовательности аминокислот, использующие попарно или несколько функций выравнивания последовательности.
Попарное выравнивание последовательности — Эффективные внедрения стандартных алгоритмов, такие как Needleman-Wunsch (nwalign) и Смит-лодочник (swalign) алгоритмы для попарного выравнивания последовательности. Тулбокс также включает стандартные матрицы выигрыша, такие как PAM и семейства BLOSUM матриц (blosum, dayhoff, gonnet, nuc44, pam). Визуализируйте общие черты последовательности с seqdotplot и выравнивание последовательности заканчивается с showalignment.
Несколько упорядочивают выравнивание — Функции для нескольких упорядочивают выравнивание (multialign, profalign) и функции, которые поддерживают несколько последовательностей (multialignread, fastaread, showalignment). Существует также графический интерфейс (seqalignviewer) для просмотра результатов выравнивания последовательности кратного и вручную внесения корректировки.
Несколько профилей последовательности — Реализации для нескольких выравнивание и профиль скрытый Марков моделируют алгоритмы (gethmmprof, gethmmalignment, gethmmtree, pfamhmmread, hmmprofalign, hmmprofestimate, hmmprofgenerate, hmmprofmerge, hmmprofstruct, showhmmprof).
Биологические коды — Ищут буквы или числовые эквиваленты для обычно используемых биологических кодов (aminolookup, baselookup, geneticcode, revgeneticcode).