Создайте реакцию, возражают и добавляют к объекту модели
reactionObj =
addreaction(modelObj,'ReactionValue')
reactionObj =
addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue')
reactionObj = addreaction(modelObj,
'ReactantsValue', RStoichCoefficients,
'ProductsValue', PStoichCoefficients)
reactionObj =
addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)
| SimBiology® model object. |
| Задайте уравнение реакции. Введите вектор символов. Дефису предшествует пробел и сопровождает правая угловая скобка ( Примерами является Если существует несколько отсеков, или задавать имя отсека, используйте Примерами является |
| Вектор символов, задающий имя разновидностей, массив ячеек из символьных векторов, объект разновидностей или массив объектов разновидностей. Если с помощью имен, квалифицируйте с именами отсека, если существует несколько отсеков. |
| Вектор символов, задающий имя разновидностей, массив ячеек из символьных векторов, объект разновидностей или массив объектов разновидностей. Если с помощью имен, квалифицируйте с именами отсека, если существует несколько отсеков. |
| Стехиометрические коэффициенты для реагентов, длина массива равняется длине |
| Стехиометрические коэффициенты для продуктов, длина массива равняется длине |
reactionObj =
addreaction(modelObj,'ReactionValue')ReactionValueReaction, объект (объекты) разновидностей реагента присвоений к свойству Reactants, присваивает объект (объекты) разновидностей продукта свойству Products, и присваивает model object к свойству Parent. В Объекте модели (modelObj), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions, и возвращает объект реакции (reactionObj).
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b')
Когда вы задаете реакцию с новой разновидностью:
Если никакие объекты отсека не существуют в модели, метод создает объект отсека (названный ') в модели и добавляет недавно созданные разновидности в тот отсек.unnamed'
Если только один объект отсека (compObj) существует в модели, метод создает объект разновидностей в том отсеке.
Если существует больше чем один объект отсека (compObj) в модели необходимо квалифицировать имя разновидностей с именем отсека.
Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить разновидности под названием glucose в отсек под названием cell. Кроме того, если отсек под названием cell не существует, процесс добавления, что реакция создает отсек и называет его cell.
Можно вручную добавить разновидность в объект отсека с методом addspecies.
Можно добавить разновидности в объект реакции использование методов addreactant или addproduct. Можно удалить разновидности из объекта реакции с методами rmreactantrmproduct. Свойство Reaction изменяется путем добавления или удаления разновидностей из уравнения реакции.
Можно скопировать объект реакции SimBiology в объект модели с функцией copyobj. Можно удалить объект реакции SimBiology из объекта модели SimBiology с функцией delete.
Можно просмотреть дополнительные свойства объектов реакции с get команда. Например, уравнение реакции reactionObj может быть просмотрен с командой, добираются (. Можно изменить дополнительные свойства объектов реакции с командой reactionObj, 'Реакция')set.
reactionObj =
addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue')Reaction использование реагента (ReactantsValueProductsValueReactants и Products, и присваивает объект модели свойству Parent. В объекте модели (modelObj), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions, и возвращает объект реакции (reactionObj). Стехиометрические значения приняты, чтобы быть 1.
reactionObj = addreaction( добавляют стехиометрические коэффициенты (modelObj,
'ReactantsValue', RStoichCoefficients,
'ProductsValue', PStoichCoefficients)RStoichCoefficientsPStoichCoefficients) для разновидностей продукта к свойству Stoichiometry. Длина Reactants и RCoefficients должно быть равным, и длина Products и PCoefficients должно быть равным.
задает дополнительные свойства. Имя свойства / пары значения свойства может быть в любом формате, поддержанном функцией reactionObj =
addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)set.
Примечание
Если вы используете addreaction метод, чтобы создать выражение скорости реакции, которое не непрерывно и дифференцируемо, смотрите Используя События, чтобы Обратиться к Разрывам в Выражениях Правила и Скорости реакции прежде, чем симулировать вашу модель.
Методы для объектов реакции
| addkineticlaw (реакция) | Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции |
| addproduct (реакция) | Добавьте объект разновидностей продукта в объект реакции |
| addreactant (реакция) | Добавьте объект разновидностей как реагент к объекту реакции |
| copyobj | Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы |
| delete | Объект Delete SimBiology |
| display | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
| get | Получите свойства объектов SimBiology |
| getadjacencymatrix (модель) | Получите матрицу смежности от объекта модели |
| getstoichmatrix (модель) | Получите матрицу стехиометрии от объекта модели |
| rename | Переименуйте выражения обновления и объект |
| rmproduct (реакция) | Удалите объект разновидностей из продуктов объекта реакции |
| rmreactant (реакция) | Удалите объект разновидностей из реагентов объекта реакции |
| set | Установите свойства объектов SimBiology |
Свойства для объектов реакции
| Active | Укажите на объект в использовании в процессе моделирования |
| KineticLaw | Покажите кинетический закон, используемый для ReactionRate |
| Name | Задайте имя объекта |
| Notes | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
| Parent | Укажите на родительский объект |
| Products | Массив продуктов реакции |
| Reactants | Массив реагентов реакции |
| Reaction | Реакция объекта Reaction |
| ReactionRate | Уравнение скорости реакции в объекте реакции |
| Reversible | Задайте, обратима ли реакция или необратима |
| Stoichiometry | Коэффициенты разновидностей в реакции |
| Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
| UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
Создайте модель, добавьте объект реакции и присвойте выражение для уравнения скорости реакции.
Создайте объект модели, и затем добавьте объект реакции.
modelObj = sbiomodel('my_model'); reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> c + d');
Создайте кинетический объект закона для объекта реакции типа 'Henri-Michaelis-Menten'.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');reactionObj KineticLaw свойство сконфигурировано к kineticlawObj.
'Henri-Michaelis-Menten' кинетический закон имеет две переменные параметра (Vm и Km) и одна переменная разновидностей (S) это должно, чтобы быть установленным. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2) с именами Vm_d, и Km_d, и присвойте объекты Parent значение свойства к kineticlawObj.
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Vm_d'); parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Km_d');
Установите имена переменных для кинетического объекта закона.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Vm_d' 'Km_d'}); set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'a'});
Проверьте, что скорость реакции описывается правильно в объекте ReactionRate реакции свойство.
get (reactionObj, 'ReactionRate')MATLAB возвращается:
ans = Vm_d*a/(Km_d+a)
model object, addkineticlaw, addproduct, addreactant, rmproduct, rmreactant