addreaction (model)

Создайте реакцию, возражают и добавляют к объекту модели

Синтаксис

reactionObj = addreaction(modelObj,'ReactionValue') reactionObj = addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue') reactionObj = addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', RStoichCoefficients, 'ProductsValue', PStoichCoefficients) reactionObj = addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)

Аргументы

`modelObj`	SimBiology^® `model object`.
`ReactionValue`	Задайте уравнение реакции. Введите вектор символов. Дефису предшествует пробел и сопровождает правая угловая скобка (`->`) указывает на реагенты, продвигающиеся к продуктам. Дефис с левыми и правыми угловыми скобками (`<->`) указывает на обратимую реакцию. Коэффициенты перед реагентом или названиями продукта должны сопровождаться пробелом. Примерами является `'A -> B'`, `'A + B -> C'`, `'2 A + B -> 2 C'`, и `'A <-> B'`. Введите реакции с пробелами между разновидностями. Если существует несколько отсеков, или задавать имя отсека, используйте `compartmentName.speciesName`. Примерами является `'cytoplasm.A -> cytoplasm.B'`, `'cytoplasm.A -> nucleus.A'`, и `'cytoplasm.A + cytoplasm.B -> nucleus.AB'`.
`ReactantsValue`	Вектор символов, задающий имя разновидностей, массив ячеек из символьных векторов, объект разновидностей или массив объектов разновидностей. Если с помощью имен, квалифицируйте с именами отсека, если существует несколько отсеков.
`ProductsValue`	Вектор символов, задающий имя разновидностей, массив ячеек из символьных векторов, объект разновидностей или массив объектов разновидностей. Если с помощью имен, квалифицируйте с именами отсека, если существует несколько отсеков.
`RStoichCoefficients`	Стехиометрические коэффициенты для реагентов, длина массива равняется длине `ReactantsValue`.
`PStoichCoefficients`	Стехиометрические коэффициенты для продуктов, длина массива равняется длине `ProductsValue`.

Описание

reactionObj = addreaction(modelObj,'ReactionValue') создает объект реакции, присваивает значение (ReactionValue) к свойству Reaction, объект (объекты) разновидностей реагента присвоений к свойству Reactants, присваивает объект (объекты) разновидностей продукта свойству Products, и присваивает model object к свойству Parent. В Объекте модели (modelObj), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions, и возвращает объект реакции (reactionObj).

reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b')

Когда вы задаете реакцию с новой разновидностью:

Если никакие объекты отсека не существуют в модели, метод создает объект отсека (названный 'unnamed') в модели и добавляет недавно созданные разновидности в тот отсек.
Если только один объект отсека (compObj) существует в модели, метод создает объект разновидностей в том отсеке.
Если существует больше чем один объект отсека (compObj) в модели необходимо квалифицировать имя разновидностей с именем отсека.
Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить разновидности под названием glucose в отсек под названием cell. Кроме того, если отсек под названием cell не существует, процесс добавления, что реакция создает отсек и называет его cell.

Можно вручную добавить разновидность в объект отсека с методом addspecies.

Можно добавить разновидности в объект реакции использование методов addreactant или addproduct. Можно удалить разновидности из объекта реакции с методами rmreactant или rmproduct. Свойство Reaction изменяется путем добавления или удаления разновидностей из уравнения реакции.

Можно скопировать объект реакции SimBiology в объект модели с функцией copyobj. Можно удалить объект реакции SimBiology из объекта модели SimBiology с функцией delete.

Можно просмотреть дополнительные свойства объектов реакции с get команда. Например, уравнение реакции reactionObj может быть просмотрен с командой, добираются (reactionObj, 'Реакция'). Можно изменить дополнительные свойства объектов реакции с командой set.

reactionObj = addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue') создает объект реакции, присваивает значение свойству Reaction использование реагента (ReactantsValue) и продукт (ProductsValue) имена, присваивает объекты разновидностей свойствам Reactants и Products, и присваивает объект модели свойству Parent. В объекте модели (modelObj), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions, и возвращает объект реакции (reactionObj). Стехиометрические значения приняты, чтобы быть 1.

reactionObj = addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', RStoichCoefficients, 'ProductsValue', PStoichCoefficients) добавляют стехиометрические коэффициенты (RStoichCoefficients) для разновидностей реагента и стехиометрических коэффициентов (PStoichCoefficients) для разновидностей продукта к свойству Stoichiometry. Длина Reactants и RCoefficients должно быть равным, и длина Products и PCoefficients должно быть равным.

reactionObj = addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...) задает дополнительные свойства. Имя свойства / пары значения свойства может быть в любом формате, поддержанном функцией set.

Примечание

Если вы используете addreaction метод, чтобы создать выражение скорости реакции, которое не непрерывно и дифференцируемо, смотрите Используя События, чтобы Обратиться к Разрывам в Выражениях Правила и Скорости реакции прежде, чем симулировать вашу модель.

Сводные данные метода

Методы для объектов реакции

addkineticlaw (реакция)	Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции
addproduct (реакция)	Добавьте объект разновидностей продукта в объект реакции
addreactant (реакция)	Добавьте объект разновидностей как реагент к объекту реакции
copyobj	Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы
delete	Объект Delete SimBiology
display	Отобразите сводные данные объекта SimBiology
get	Получите свойства объектов SimBiology
getadjacencymatrix (модель)	Получите матрицу смежности от объекта модели
getstoichmatrix (модель)	Получите матрицу стехиометрии от объекта модели
rename	Переименуйте выражения обновления и объект
rmproduct (реакция)	Удалите объект разновидностей из продуктов объекта реакции
rmreactant (реакция)	Удалите объект разновидностей из реагентов объекта реакции
set	Установите свойства объектов SimBiology

Сводные данные свойства

Свойства для объектов реакции

Active	Укажите на объект в использовании в процессе моделирования
KineticLaw	Покажите кинетический закон, используемый для `ReactionRate`
Name	Задайте имя объекта
Notes	Текст HTML, описывающий объект SimBiology
Parent	Укажите на родительский объект
Products	Массив продуктов реакции
Reactants	Массив реагентов реакции
Reaction	Реакция объекта Reaction
ReactionRate	Уравнение скорости реакции в объекте реакции
Reversible	Задайте, обратима ли реакция или необратима
Stoichiometry	Коэффициенты разновидностей в реакции
Tag	Задайте метку для объекта SimBiology
Type	Отобразите тип объекта SimBiology
UserData	Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом

Примеры

Создайте модель, добавьте объект реакции и присвойте выражение для уравнения скорости реакции.

Создайте объект модели, и затем добавьте объект реакции.
```
modelObj = sbiomodel('my_model');
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> c + d');
```
Создайте кинетический объект закона для объекта реакции типа 'Henri-Michaelis-Menten'.
```
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');
```
reactionObj KineticLaw свойство сконфигурировано к kineticlawObj.
'Henri-Michaelis-Menten' кинетический закон имеет две переменные параметра (Vm и Km) и одна переменная разновидностей (S) это должно, чтобы быть установленным. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2) с именами Vm_d, и Km_d, и присвойте объекты Parent значение свойства к kineticlawObj.
```
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Vm_d');
parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Km_d');
```
Установите имена переменных для кинетического объекта закона.
```
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Vm_d' 'Km_d'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'a'});
```
Проверьте, что скорость реакции описывается правильно в объекте ReactionRate реакции свойство.
```
get (reactionObj, 'ReactionRate')
```
MATLAB возвращается:
```
ans =

Vm_d*a/(Km_d+a)
```

Введен в R2006a

Документация