В этом примере показано, как симулировать преобразование подложки в продукт с помощью кинетики фермента Henri-Михаэлиса-Ментен.

Создайте модель под названием mymodel.

model = sbiomodel('mymodel');

Добавьте реакцию, которая представляет преобразование подложки к продукту.

reaction = addreaction(model,'Substrate -> Product');

Добавьте встроенного Henri-Михаэлиса-Ментен кинетический закон в реакцию.

kineticLaw = addkineticlaw(reaction,'Henri-Michaelis-Menten');
kineticLaw.Expression

ans = 
'Vm*S/(Km + S)'

Кинетический закон имеет два параметра и разновидность, которую необходимо задать. Просмотрите эти параметры.

kineticLaw.ParameterVariables

ans = 2x1 cell
    {'Vm'}
    {'Km'}

kineticLaw.SpeciesVariables

ans = 1x1 cell array
    {'S'}

Чтобы задать параметры, создайте два объекта параметра и установите значения параметров.

Vm_param = addparameter(kineticLaw,'Vm_param','Value',6.0);
Km_param = addparameter(kineticLaw,'Km_param','Value',1.25);

Сопоставьте параметры соответственно путем установки ParameterVariableNames свойство. Это сопоставляет параметры в выражении этими двумя параметрами, вы только создали использование взаимно-однозначного отображения в данном распоряжении.

kineticLaw.ParameterVariableNames = {'Vm_param','Km_param'};

Также сопоставьте Substrate разновидности с разновидностями S в выражении.

kineticLaw.SpeciesVariableNames = {'Substrate'};

Проверьте отображение путем рассмотрения скорости реакции и проверки параметров, и разновидностями правильно подставляются согласно выражению.

reaction.ReactionRate

ans = 
'Vm_param*Substrate/(Km_param+Substrate)'

Введите начальную сумму разновидностей подложки для симуляции.

model.Species(1).InitialAmount  = 8;

Симулируйте модель и постройте результаты.

simdata  = sbiosimulate(model);
sbioplot(simdata);