BoundaryCondition

Укажите на граничное условие разновидностей

Описание

BoundaryCondition свойство указывает, имеет ли объект разновидностей граничное условие.

Когда BoundaryCondition из разновидности false (значение по умолчанию), количество разновидностей изменяется реакциями, правилами, событиями и дозами. Если BoundaryCondition true, количество разновидностей изменяется правилами, событиями и дозами, но не реакциями.

Установите BoundaryCondition к true когда это необходимо, разновидности, чтобы участвовать в реакции, но не хотят реакций изменить ее количество.

Все разновидности SimBiology^® являются переменными состояния независимо от BoundaryCondition или ConstantAmount свойство.

Больше информации

Рассмотрите следующие два варианта использования граничных условий:

Моделирование взаимодействий лиганда приемника, которые влияют на скорость изменения приемника, но не лиганда. Например, в ответ на гормон, приемники стероида, такие как глюкокортикоидный приемник (GR) перемещают от цитоплазмы (cyt) к ядру (nuc). Комплекс компаньонки hsp90/hsp70 направляет это ядерное перемещение [Пратт 2004]. Естественный лиганд для GR является кортизолом; синтетический гормональный дексаметазон (dex) используется вместо кортизола в экспериментальных системах. В этой системе дексаметазон участвует в реакции, но количество дексаметазона в ячейке отрегулировано, использовав правило. К просто перемещению модели GR вы могли использовать следующие реакции:
Формирование комплекса приемника компаньонки,
```
Hsp90_complex + GR_cyt -> Hsp90_complex:GR_cyt
```
В ответ на синтетический гормональный дексаметазон (dex), GR перемещается от цитоплазмы до ядра.
```
Hsp90_complex:GR_cyt + dex -> Hsp90_complex + GR_nuc + dex
```
Для dex,
```
 BoundaryCondition = true; ConstantAmount = false
```
В этом примере dex моделируется как граничное условие с правилом отрегулировать скорость изменения dex в системе. Здесь, количество dex не определяется уровнем второй реакции, но правилом скорости такой как
```
ddex/dt = 0.001 
```
который задан в программном обеспечении SimBiology как
```
dex = 0.001
```
Моделируя роль нуклеотидов (например, GTP, ATP, ЛАГЕРЬ) и кофакторы (например, приблизительно ⁺⁺, NAD ⁺, коэнзим A). Рассмотрите роль GTP в активации Ras киназами тирозина приемника.
```
Ras-GDP + GTP  -> Ras-GTP + GDP
```
```
For GTP, BoundaryCondition = true; ConstantAmount = true
```
GTP модели и GDP с граничными условиями, таким образом делая их граничными разновидностями. Кроме того, можно установить ConstantAmount свойство этих разновидностей к true указать, что их количество не варьируется во время симуляции.

Характеристики

Применяется	Объект: разновидности
Тип данных	`boolean`
Значения данных	`true` или `false`. Значением по умолчанию является `false`.
Доступ	Чтение-запись

Примеры

развернуть все

Симулируйте модель с граничным условием для разновидности

Этот пример иллюстрирует, как использовать BoundaryCondition свойство разновидности так, чтобы сумма разновидностей не была изменена реакцией, это участвует в, но пользовательским объектом дозы.

Загрузите демонстрационный проект.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Модель SimBiology под названием m1 загружается к рабочему пространству MATLAB. Модель является простой радиоактивной моделью затухания в который две разновидности (x и z) изменяются следующей реакцией.

m1.Reactions

   SimBiology Reaction Array

   Index:    Reaction:
   1         x -> z

Симулируйте модель и просмотрите результаты прежде, чем добавить любые граничные условия.

[t,x,names] = sbiosimulate(m1);
plot(t,x);
legend(names)
xlabel('Time');
ylabel('Amount');

Добавьте RepeatDose возразите против модели и задайте разновидности, которые будут дозироваться, суммарная доза, расписание дозы и модули.

d1 = adddose(m1,'d1','repeat');
set(d1,'TargetName','z','Amount',100.0,'Interval',1.0,'RepeatCount',8);
set(d1,'TimeUnits','second','AmountUnits','molecule');

Установите BoundaryCondition из разновидностей z быть верным так, чтобы разновидности были изменены объектом d1 дозы, но не реакцией.

set(m1.species(2),'BoundaryCondition',true);

Симулируйте модель путем применения объекта дозы.

[t2,x2,names] = sbiosimulate(m1,d1);

Постройте график результатов. Заметьте что сумма разновидностей z теперь изменяется повторным объектом дозы, но не реакцией.

[t2,x2,names] = sbiosimulate(m1,d1);
plot(t2,x2);
legend(names);
xlabel('Time');
ylabel('Amount');

Ссылки

Пратт, W.B., Гэлигниана, доктор медицины, Моришима, Y., Мерфи, P.J. (2004), Роль молекулярных компаньонок в действии приемника стероида, Биохимии Эссе, 40:41-58.

Документация