sbiosimulate

Модель Simulate SimBiology

свернуть все на странице

Синтаксис

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj)
[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj)
[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,dvObj)
[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,dvObj)
[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,variantObj,doseObj)
simDataObj = sbiosimulate(___)

Описание

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj) возвращает результаты симуляции в трех выходных параметрах, time, вектор из выборок времени, x, данные моделирования и names, метки столбца данных моделирования x. Эта функция симулирует модель modelObj SimBiology® при использовании активной конфигурации модели наряду с ее активными дозами и активными вариантами если таковые имеются.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj) возвращает результаты симуляции с помощью заданного configset объекта csObj, любые активные варианты и любые активные дозы. Любые другие configsets проигнорированы. Если вы устанавливаете csObj опорожнить [], функция использует активный configset.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,dvObj) возвращает результаты симуляции с помощью доз или вариантов, заданных dvObj и активный configset. dvObj может быть одно из следующего:

Если вы устанавливаете dvObj опорожнить [], функция использует активный configset, активные варианты и активные дозы.

Если вы задаете dvObj как варианты, функция использует заданные варианты и активные дозы. Любые другие варианты проигнорированы.

Если вы задаете dvObj как дозы, функция использует заданные дозы и активные варианты. Любые другие дозы проигнорированы.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,dvObj) возвращает результаты симуляции с помощью configset объекта csObj и доза, вариант или массив доз или вариантов заданы dvObj.

Если вы устанавливаете csObj к [], затем функция использует активный объект configset.

Если вы устанавливаете dvObj к [], затем функция не использует вариантов, но использует активные дозы.

Если вы задаете dvObj как варианты, функция использует заданные варианты и активные дозы. Любые другие варианты проигнорированы.

Если вы задаете dvObj как дозы, функция использует заданные дозы и активные варианты. Любые другие дозы проигнорированы.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,variantObj,doseObj) возвращает результаты симуляции с помощью configset объекта csObj, различный объектный или различный массив задан variantObj, и объект дозы или массив дозы заданы doseObj.

Если вы устанавливаете csObj к [], затем функция использует активный объект configset.

Если вы устанавливаете variantObj к [], затем функция не использует вариантов.

Если вы устанавливаете doseObj к [], затем функция не использует доз.

пример

simDataObj = sbiosimulate(___) возвращает результаты симуляции в a SimData object simDataObj использование любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Загрузите демонстрационную модель SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Измените время остановки симуляции в 15 секунд.

csObj = getconfigset(m1,'active');
set(csObj,'Stoptime',15);

Симулируйте модель и возвратите выходные параметры в массиве.

[t,x,n] = sbiosimulate(m1);

Постройте симулированные результаты для разновидностей x и z.

figure;
plot(t,x)
xlabel('Time')
ylabel('States')
title('States vs Time')
legend('species x','species z')

Можно также возвратить результаты к a SimData object .

simData = sbiosimulate(m1);

Постройте симулированные результаты.

sbioplot(simData);

Загрузите демонстрационную модель SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Добавьте две дозы 100 молекул каждый для разновидностей x, запланированный в 2 и 4 секунды соответственно.

dObj1 = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj1.Amount = 100;
dObj1.AmountUnits = 'molecule';
dObj1.TimeUnits = 'second';
dObj1.Time = 2;
dObj1.TargetName = 'unnamed.x';

dObj2 = adddose(m1,'d2','schedule');
dObj2.Amount = 100;
dObj2.AmountUnits = 'molecule';
dObj2.TimeUnits = 'second';
dObj2.Time = 4;
dObj2.TargetName = 'unnamed.x';

Симулируйте модель, не используя дозы или любого подмножества массива дозы.

sim1 = sbiosimulate(m1);
sim2 = sbiosimulate(m1,dObj1);
sim3 = sbiosimulate(m1,dObj2);
sim4 = sbiosimulate(m1,[dObj1,dObj2]);

Постройте график результатов.

sbioplot(sim1)

sbioplot(sim2)

sbioplot(sim3)

sbioplot(sim4)

Загрузите демонстрационную модель SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Получите конфигурацию модели по умолчанию из модели.

defaultConfigSet = getconfigset(m1,'default');

Добавьте запланированную дозу 100 молекул в 2 секунды для разновидностей x.

dObj = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj.Amount = 100;
dObj.AmountUnits = 'molecule';
dObj.TimeUnits = 'second';
dObj.Time = 2;
dObj.TargetName = 'unnamed.x';

Симулируйте модель с помощью configset и объекты дозы.

sim = sbiosimulate(m1,defaultConfigSet,dObj);

Постройте результат.

sbioplot(sim);

Загрузите демонстрационную модель SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Добавьте новую конфигурацию модели с помощью времени остановки 15 секунд. 

csObj = m1.addconfigset('newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;

Добавьте запланированную дозу 100 молекул в 2 секунды для разновидностей x.

dObj = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj.Amount = 100;
dObj.AmountUnits = 'molecule';
dObj.TimeUnits = 'second';
dObj.Time = 2;
dObj.TargetName = 'unnamed.x';

Добавьте вариант разновидностей x использование различной начальной суммы 500 молекул.

vObj = addvariant(m1,'v1');
addcontent(vObj,{'species','x','InitialAmount',500});

Симулируйте модель с помощью того же configset, варианта и объектов дозы. Используйте тот же порядок входных параметров как показано затем.

sim = sbiosimulate(m1,csObj,vObj,dObj);

Постройте результат.

sbioplot(sim);

Входные параметры

свернуть все

Модель SimBiology в виде объекта модели SimBiology. Для модели минимально нужны одна реакция или правило скорости для симуляций.

Объект конфигурации модели в виде a configset object это хранит специфичную для симуляции информацию. Когда вы задаете csObj как [], sbiosimulate использует в настоящее время активный объект configset.

Если ваша модель содержит события, csObj объект не может задать 'expltau' или 'impltau' для SolverType свойство.

Если ваша модель содержит дозы, csObj объект не может задать 'ssa', 'expltau', или 'impltau' для SolverType свойство.

Доза или различный объект в виде a ScheduleDose object , RepeatDose object , массив объектов дозы, Variant object , или массив различных объектов.

  • Использование когда это необходимо, явным образом исключить любые различные объекты из sbiosimulate функция.

  • Когда dvObj объект дозы, sbiosimulate использует заданный объект дозы, а также любые активные различные объекты при наличии.

  • Когда dvObj различный объект, sbiosimulate использует заданный различный объект, а также любые активные объекты дозы при наличии.

Различный объект в виде a Variant object или массив различных объектов. Использование когда это необходимо, явным образом исключить любые различные объекты из sbiosimulate.

Объект Dose в виде a ScheduleDose object , RepeatDose object , или массив объектов дозы. Объект дозы задает сложения, которые сделаны к суммам разновидностей или значениям параметров. Использование когда это необходимо, явным образом исключить любые объекты дозы из sbiosimulate.

Выходные аргументы

свернуть все

Вектор из выборок времени, возвращенных как n-by-1 вектор, содержащий шаги времени симуляции. n количество выборок времени.

Данные моделирования, возвращенные как n-by-m массив данных, где n количество выборок времени и m количество состояний, вошел в систему симуляция. Каждый столбец x описывает изменение количества разновидности, отсека или параметра в зависимости от времени.

Имена разновидностей, отсеков, или параметров, возвратились как m-by-1 массив ячеек из символьных векторов. Другими словами, names содержит метки столбца данных моделирования, x. Если разновидности находятся в нескольких отсеках, имена разновидностей квалифицированы с именем отсека в форме compartmentName.speciesName.

Данные моделирования, возвращенные как a SimData object это содержит время и данные состояния, а также метаданные, такие как типы и имена для регистрируемых состояний или конфигурации модели, используемой в процессе моделирования. Вы можете время доступа, данные и имена, сохраненные в a SimData object при помощи его свойств.

Смотрите также

| | | | | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация SimBiology

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте