Выполните модульное преобразование
UnitConversion свойство задает, выполнить ли модульное преобразование для модели перед симуляцией. Это - свойство CompileOptions объект. CompileOptions содержит опции времени компиляции модели и свойство объекта configset объект.
Когда UnitConversion установлен в true, программное обеспечение SimBiology® преобразует соответствующие физические количества в одну сопоставимую модульную систему для того, чтобы разрешить их. Это преобразование при подготовке к правильной симуляции, но суммы разновидностей возвращены в заданных пользователями модулях.
Например, считайте реакцию a + b —> c. Используя кинетику действующих масс скорость реакции задана как a*b*k где k константа скорости реакции. Если вы указываете что начальные суммы a и b 0.01M и 0.005M соответственно, затем модули k 1/(M*second). Если вы задаете k с другим эквивалентным модульным определением, например, 1/((molecules/liter)*second), UnitConversion происходит после DimensionalAnalysis.
Модульное преобразование требует размерного анализа. Если DimensionalAnalysis выключено, и вы поворачиваете UnitConversion на, затем DimensionalAnalysis включен автоматически. Если UnitConversion включен и вы выключаете DimensionalAnalysis, затем UnitConversion выключен автоматически.
Если UnitConversion сбои, затем вы видите ошибку, когда вы симулируете (sbiosimulate).
Если UnitConversion установлен в false, симуляция использует данные объектные значения.
Модульное преобразование включающая температура поддерживает Celsius как температурный модуль. Избегайте использования смешанных температурных модулей, когда вы можете получить ошибку.
| Применяется | Объект: CompileOptions (в configset объект |
| Тип данных | boolean |
| Значения данных |
|
| Доступ | Чтение-запись |
Примечание
SimBiology использует модули включая пустые модули в сотрудничестве с DimensionalAnalysis и UnitConversion функции.
Когда DimensionalAnalysis и UnitConversion оба false, модули не используются. Однако SimBiology все еще выполняет минимальный уровень размерного анализа, чтобы решить, является ли скорость реакции в размерностях суммы/времени или концентрации/времени.
Когда DimensionalAnalysis true и UnitConversion false, модули (если не пустой) должны иметь сопоставимые размерности так, чтобы SimBiology мог выполнить размерный анализ. Однако единицы не преобразованы.
Когда UnitConversion установлен в true (который требует DimensionalAnalysis быть true), SimBiology выполняет размерный анализ и преобразует все в сопоставимые модули. Следовательно, необходимо задать сопоставимые модули, и никакие модули не могут быть пустыми. Если у вас есть безразмерный параметр, необходимо все еще установить его модуль на dimensionless.
Совет
Если у вас есть пользовательская функция и UnitConversion включен, следуйте рекомендации ниже.
Не определите размерность параметры, которые передаются функции, если они не являются уже безразмерными.
Предположим, что у вас есть пользовательская функция, определяемая как y = f(t) где t время в час и y концентрация разновидности при родинке/литр. Когда вы будете использовать эту функцию в своей модели, чтобы задать повторное правило присвоения, например, задайте его как: s1 = f(time/t0)*s0, где time время симуляции, t0 параметр, заданный как 1,0 часа, s0 параметр, заданный как 1,0 родинки/литр и s1 концентрация разновидности при родинке/литр. Обратите внимание на то, что time и s1 не должны быть в тех же модулях как t0 и s0, но они должны быть размерностно сопоставимыми. Например, time и s1 модули могут быть установлены в минуту и picomole/liter, соответственно.
В этом примере показано, как получить и установить unitconversion от true по умолчанию к false в конфигурации модели по умолчанию в объекте модели.
Импортируйте модель.
modelObj = sbmlimport('oscillator')SimBiology Model - Oscillator
Model Components:
Models: 0
Parameters: 0
Reactions: 42
Rules: 0
Species: 23
Получите configset объект объекта модели.
configsetObj = getconfigset(modelObj)
Configuration Settings - default (active)
SolverType: ode15s
StopTime: 10.000000
SolverOptions:
AbsoluteTolerance: 1.000000e-006
RelativeTolerance: 1.000000e-003
RuntimeOptions:
StatesToLog: all
CompileOptions:
UnitConversion: false
DimensionalAnalysis: trueПолучите CompileOptions объект.
optionsObj = get(configsetObj,'CompileOptions')
Compile Settings:
UnitConversion: false
DimensionalAnalysis: trueПрисвойте значение лжи к UnitConversion.
set(optionsObj,'UnitConversion', true)