Разделите информацию об интенсивности зонда SNP Affymetrix для аллелей A и B
ProbeStructSplit
= affysnpintensitysplit(ProbeStruct
)
ProbeStructSplit
= affysnpintensitysplit(ProbeStruct
,
'Controls', ControlsValue
)
ProbeStruct | Структура MATLAB®, содержащая тестовую информацию об интенсивности от массива Affymetrix® Mapping DNA, такой, как возвращено celintensityread . |
ControlsValue | Управляет включением зондов управления в ProbeStructSplit . Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
ProbeStructSplit | Структура MATLAB, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, разделенного в информацию для аллелей A и B. |
разделения ProbeStructSplit
= affysnpintensitysplit(ProbeStruct
)ProbeStruct
, структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, в ProbeStructSplit
, структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, разделенного в информацию для аллелей A и B.
ProbeStructSplit
содержит следующие поля.
Поле | Описание |
---|---|
CDFName | Имя файла файла библиотеки Affymetrix CDF. |
CELNames | Массив ячеек имен файлов Affymetrix CEL. |
NumChips | Количество чтения файлов CEL во входную структуру. |
NumProbeSets | Количество тестовых наборов в каждом файле CEL. |
NumProbes | Максимальное количество зондов всего для одной аллели в каждом файле CEL. Примечание Если количество зондов для аллели A различное что касается аллели B, большее число используется. |
ProbeSetIDs | Массив ячеек тестовых идентификаторов набора из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда всего для одной аллели в каждом файле ячейки. Зондами в тестовом наборе является пронумерованный Примечание
|
PMAIntensities | Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности для аллели A. Каждая строка соответствует аллели зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
PMBIntensities | Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности для аллели B. Каждая строка соответствует аллели B зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
MMAIntensities (дополнительный) | Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности для аллели A. Каждая строка соответствует аллели зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
MMBIntensities (дополнительный) | Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности для аллели B. Каждая строка соответствует аллели B зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в |
управляет возвратом интенсивности зонда управления. Выбором является ProbeStructSplit
= affysnpintensitysplit(ProbeStruct
,
'Controls', ControlsValue
)true
или false
(значение по умолчанию).
Примечание
Управляйте зондами, иногда содержат информацию только для одной аллели. В этом случае значение для соответствующей аллели (A или B), который не присутствует, установлено к NaN.
Следующий пример принимает, что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее Mapping50K_Hind240.CDF
файл библиотеки и 18 файлов CEL сопоставлены с этим файлом библиотеки CDF. Эти файлы сопоставлены с Affymetrix Отображение массива ДНК.
Используйте celintensityread
функционируйте, чтобы считать Mapping50K_Hind240.CDF
файл библиотеки и 18 файлов CEL сопоставлены с ним в структуру MATLAB.
ps = celintensityread('*','Mapping50K_Hind240.CDF') ps = CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF' CELNames: {18x1 cell} NumChips: 18 NumProbeSets: 57299 NumProbes: 1145780 ProbeSetIDs: {57299x1 cell} ProbeIndices: [1145780x1 uint8] GroupNumbers: [1145780x1 uint8] PMIntensities: [1145780x18 single]
Извлеките интенсивность зонда премьер-министра для аллели A и аллели B в другую структуру MATLAB без включения информации об интенсивности для зондов управления.
ps_split = affysnpintensitysplit(ps) ps_split = CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF' CELNames: {18x1 cell} NumChips: 18 NumProbeSets: 57275 NumProbes: 572750 ProbeSetIDs: {57275x1 cell} ProbeIndices: [572750x1 uint8] PMAIntensities: [572750x18 single] PMBIntensities: [572750x18 single]