celintensityread

Считайте тестовую интенсивность из файлов Affymetrix CEL

Синтаксис

ProbeStructure = celintensityread(CELFiles, CDFFile)
ProbeStructure = celintensityread(..., 'CELPath', CELPathValue, ...)
ProbeStructure = celintensityread(..., 'CDFPath', CDFPathValue, ...)
ProbeStructure = celintensityread(..., 'PMOnly', PMOnlyValue, ...)
ProbeStructure = celintensityread(..., 'Verbose', VerboseValue, ...)

Входные параметры

CELFiles

Любое следующее:

  • Вектор символов или строка, задающая одно имя файла CEL.

  • '*', который читает все файлы CEL в текущей папке.

  • ' ', который открывает диалоговое окно Select CEL Files, из которого вы выбираете файлы CEL. От этого диалогового окна можно нажать и содержать Ctrl или Shift при нажатии, чтобы выбрать несколько файлов CEL.

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий имена файлов CEL.

CDFFile

Любое из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая имя CDF-файла.

  • ' ', который открывает диалоговое окно Select CDF File, из которого вы выбираете CDF-файл.

CELPathValueВектор символов или строка, задающая путь и папку, где файлы заданы в CELFiles хранятся.
CDFPathValueВектор символов или строка, задающая путь и папку, где файл задан в CDFFile хранится.
PMOnlyValueСвойство включать или исключить несоответствие (MM) зондирует значения интенсивности в возвращенной структуре. Введите true возвратить только идеальную пару (PM), зондируют интенсивность. Введите false чтобы возвратить и PM и MM зондируют интенсивность. Значением по умолчанию является true.
VerboseValueУправляет отображением отчета о выполнении работ, показывающего имя каждого файла CEL, когда это читается. Когда VerboseValue false, никакой отчет о выполнении работ не отображен. Значением по умолчанию является true.

Выходные аргументы

ProbeStructureСтруктура MATLAB®, содержащая информацию из файлов CEL, включая тестовую интенсивность, зондирует индексы и тестовые идентификаторы набора.

Описание

ProbeStructure = celintensityread(CELFiles, CDFFile) читает заданные файлы Affymetrix® CEL и связанный файл библиотеки CDF (созданный из массивов Affymetrix GeneChip® для испытания выражения или генотипирования), и затем создает ProbeStructure, структура, содержащая информацию из файлов CEL, включая тестовую интенсивность, зондирует индексы и тестовые идентификаторы набора. CELFiles вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена файлов CEL. CDFFile вектор символов или строка, задающая имя CDF-файла.

Если вы устанавливаете CELFiles к '*', затем это читает все файлы CEL в текущей папке. Если вы устанавливаете CELFiles к ' ', затем это открывает диалоговое окно Select CEL Files, из которого вы выбираете файлы CEL. От этого диалогового окна можно нажать и содержать Ctrl или Shift при нажатии, чтобы выбрать несколько файлов CEL.

Если вы устанавливаете CDFFile к ' ', затем это открывает диалоговое окно Select CDF File, из которого вы выбираете CDF-файл.

ProbeStructure = celintensityread (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы celintensityread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

ProbeStructure = celintensityread(..., 'CELPath', CELPathValue, ...) задает путь и папку где файлы, заданные CELFiles хранятся.

ProbeStructure = celintensityread(..., 'CDFPath', CDFPathValue, ...) задает путь и папку где файл, заданный CDFFile хранится.

ProbeStructure = celintensityread(..., 'PMOnly', PMOnlyValue, ...) включает или исключает несоответствие (MM) тестовые значения интенсивности. Когда PMOnlyValue true, celintensityread возвращает только идеальную пару (PM), тестовая интенсивность. Когда PMOnlyValue false, celintensityread возвращает и PM и интенсивность зонда MM. Значением по умолчанию является true.

Совет

Чтение большого количества файлов CEL и/или большого файла CEL может потребовать расширенных объемов памяти от операционной системы.

  • Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:

  • Если вы получаете ошибки, связанные с пространством "кучи" Java®, увеличиваете ваше пространство "кучи" Java:

ProbeStructure содержит следующие поля.

Поле Описание
CDFName

Имя файла файла библиотеки Affymetrix CDF.

CELNames

Массив ячеек имен файлов Affymetrix CEL.

NumChips

Количество чтения файлов CEL в структуру.

NumProbeSets

Количество тестовых наборов в каждом файле CEL.

NumProbes

Количество зондов в каждом файле CEL.

ProbeSetIDs

Массив ячеек тестовых идентификаторов набора из файла библиотеки Affymetrix CDF.

ProbeIndices

Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда. Зондами в тестовом наборе является пронумерованный 0 через N - 1, где N количество зондов в тестовом наборе.

GroupNumbers

Вектор-столбец, содержащий числа группы для зондов в тестовом наборе. Для данных об экспрессии гена номером группы для всех зондов является 1. Для SNP (генотипирование) данные числа группы для зондов:

  • 1 — Аллель – (смысл)

  • 2 — Аллель B – (смысл)

  • 3 — Аллель + (антисмысл)

  • 4 — Аллель B + (антисмысл)

PMIntensities

Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как в CELFiles входной параметр.

MMIntensities (дополнительный)

Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как в CELFiles входной параметр.

ProbeStructure = celintensityread(..., 'Verbose', VerboseValue, ...) управляет отображением отчета о выполнении работ, показывающего имя каждого файла CEL, когда это читается. Когда VerboseValue false, никакой отчет о выполнении работ не отображен. Значением по умолчанию является true.

Примеры

Следующий пример принимает, что у вас есть HG_U95Av2.CDF файл библиотеки хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome, и что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее файлы CEL, сопоставленные с этим файлом библиотеки CDF. В этом примере, celintensityread функционируйте читает все файлы CEL в текущей папке и CDF-файл в заданной папке. Следующая командная строка использует rmabackadj функция, чтобы выполнить фоновую корректировку на премьер-министре зондирует интенсивность в PMIntensities поле PMProbeStructure.

PMProbeStructure = celintensityread('*', 'HG_U95Av2.CDF',...
	                  'CDFPath', 'D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome');
BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMProbeStructure.PMIntensities);

Введен в R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте