getStop

Класс: BioMap

Вычислите положения остановки выровненных последовательностей чтения от BioMap объект

Синтаксис

Stop = getStop(BioObj)
Stop = getStop(BioObj, Subset)

Описание

Stop = getStop(BioObj) возвращает Stop, вектор из целых чисел, задающих положение остановки выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности от a BioMap объект.

Stop = getStop(BioObj, Subset) возвращает положение остановки только для последовательностей чтения, заданных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор из положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

Stop

Вектор из целых чисел, задающих положение остановки выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Stop включает положения остановки только для последовательностей чтения, заданных Subset.

Примеры

Создайте a BioMap объект, и затем вычисляет положение остановки для различных последовательностей в объекте:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Compute the stop position of the second sequence in the object
Stop_2 = getStop(BMObj1, 2)
Stop_2 =

          37
% Compute the stop positions of the first and third sequences in
% the object
Stop_1_3 = getStop(BMObj1, [1 3])
Stop_1_3 =

          36
          39
% Compute the stop positions of all sequences in the object
Stop_All = getStop(BMObj1);
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте