Класс: BioMap
Вычислите положения остановки выровненных последовательностей чтения от BioMap
объект
Stop
= getStop(BioObj
)
Stop
= getStop(BioObj
, Subset
)
возвращает Stop
= getStop(BioObj
)Stop
, вектор из целых чисел, задающих положение остановки выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности от a BioMap
объект.
возвращает положение остановки только для последовательностей чтения, заданных Stop
= getStop(BioObj
, Subset
)Subset
.
|
Объект |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
Примечание Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать |
|
Вектор из целых чисел, задающих положение остановки выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. |
Создайте a BioMap
объект, и затем вычисляет положение остановки для различных последовательностей в объекте:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Compute the stop position of the second sequence in the object Stop_2 = getStop(BMObj1, 2)
Stop_2 = 37
% Compute the stop positions of the first and third sequences in % the object Stop_1_3 = getStop(BMObj1, [1 3])
Stop_1_3 = 36 39
% Compute the stop positions of all sequences in the object Stop_All = getStop(BMObj1);