getStart

Класс: BioMap

Получите запускают положения выровненных последовательностей чтения от BioMap объект

Синтаксис

Start = getStart(BioObj)
Start = getStart(BioObj, Subset)

Описание

Start = getStart(BioObj) возвращает Start, вектор из целых чисел, задающих положение запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности от a BioMap объект.

Start = getStart(BioObj, Subset) возвращает положение запуска только для последовательностей чтения, заданных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор из положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

Start

Start свойство подмножества элементов в BioObj. Это - вектор из целых чисел, задающих положение запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Это включает положения запуска только для последовательностей чтения, заданных Subset.

Примеры

Создайте a BioMap объект, и затем получает положение запуска для различных последовательностей в объекте:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Retrieve the start property of the second element in the object
Start_2 = getStart(BMObj1, 2)
Start_2 =

           3
% Retrieve the start properties of the first and third elements in
% the object
Start_1_3 = getStart(BMObj1, [1 3])
Start_1_3 =

           1
           5
% Retrieve the start properties of all elements in the object
Start_All = getStart(BMObj1);

Альтернативы

Альтернатива использованию getStart метод должен использовать точечную индексацию с Start свойство:

BioObj.Start(Indices)

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте