Класс: BioMap
Получите запускают положения выровненных последовательностей чтения от BioMap
объект
Start
= getStart(BioObj
)
Start
= getStart(BioObj
, Subset
)
возвращает Start
= getStart(BioObj
)Start
, вектор из целых чисел, задающих положение запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности от a BioMap
объект.
возвращает положение запуска только для последовательностей чтения, заданных Start
= getStart(BioObj
, Subset
)Subset
.
|
Объект |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
Примечание Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать |
|
|
Создайте a BioMap
объект, и затем получает положение запуска для различных последовательностей в объекте:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Retrieve the start property of the second element in the object Start_2 = getStart(BMObj1, 2)
Start_2 = 3
% Retrieve the start properties of the first and third elements in % the object Start_1_3 = getStart(BMObj1, [1 3])
Start_1_3 = 1 5
% Retrieve the start properties of all elements in the object Start_All = getStart(BMObj1);
Альтернатива использованию getStart
метод должен использовать точечную индексацию с Start
свойство:
BioObj.Start(Indices)
В предыдущем синтаксисе, Indices
вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices
не может быть массив ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.