CuffCompareOptions

Набор опций для cuffcompare

Описание

CuffCompareOptions объект задает опции для cuffcompare функция, которая сравнивает собранные расшифровки стенограммы через несколько экспериментов [1].

Создание

Синтаксис

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions(Name,Value)

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions(S)

Описание

пример

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions создает CuffCompareOptions объект со значениями свойств по умолчанию.

CuffCompareOptions требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

CuffCompareOptions поддерживается на Mac и платформах UNIX^® только.

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions(Name,Value) устанавливает свойства объектов с помощью одного или нескольких аргументов пары "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, cuffcompareOpt = CuffCompareOptions('SupressMapFiles',true) предотвращает создание .tmap и .refmap файлы.

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions(S) задает дополнительные параметры с помощью строки или вектора символов S.

Входные параметры

развернуть все

`S` — `cuffcompare` опции
представьте в виде строки | вектор символов

cuffcompare опции в виде строки или вектора символов. S должен быть в исходном cuffcompare синтаксис опции (снабженный префиксом одним или двумя тире).

Пример: '-d 100 -e 80'

Свойства

развернуть все

`ConsensusPrefix` — Префикс для имен расшифровки стенограммы согласия
`"TCONS"` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

Префикс для расшифровки стенограммы согласия называет в выходе combined.gtf файл в виде строки или вектора символов. Эта опция должна быть строкой или вектором символов с ненулевой длиной.

Пример: "consensusTs"

Типы данных: char | string

`DiscardIntronRedundant` — Отметьте, чтобы проигнорировать избыточный интроном transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы проигнорировать избыточный интроном transfrags, если у них есть те же 5' концов, но различные 3' конца в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`DiscardSingleExonAll` — Отметьте, чтобы отбросить одно экзон transfrags и ссылочные расшифровки стенограммы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы отбросить одно экзон transfrags и ссылочные расшифровки стенограммы в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`DiscardSingleExonReference` — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы ссылки одно экзона
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы ссылки одно экзона в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`ExtraCommand` — Дополнительные команды
`""` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

Команды должны быть в нативном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB^®.

Когда программное обеспечение преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, оно хранит любые нераспознанные флаги в этом свойстве.

Пример: "--library-type fr-secondstrand"

Типы данных: char | string

`GTFManifest` — Имя текстового файла, содержащего список файлов GTF к процессу
представьте в виде строки | вектор символов

Имя текстового файла, содержащего список файлов GTF к процессу в виде строки или вектора символов. Файл должен содержать один путь к файлу GTF на строку. Можно использовать эту опцию в качестве альтернативы передаче массива имен файлов к cuffcompare.

Пример: "gtfManifestFile.txt"

Типы данных: char | string

`GenericGFF` — Отметьте, чтобы обработать файлы входа GTF как GFF
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы обработать файлы входа GTF как файлы GFF в виде true или false. Используйте эту опцию, когда файлы входа GFF или GTF не будут произведены cufflinks.

Пример: true

Типы данных: логический

`IncludeAll` — Отметьте, чтобы включать все свойства объектов при преобразовании в исходный синтаксис
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы включать все свойства объектов с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций в виде true или false. Можно преобразовать свойства в исходный синтаксис, снабженный префиксом одним или двумя тире (такими как '-d 100 -e 80') при помощи getCommand. Значение по умолчанию false средние значения это, когда вы вызываете getCommand(optionsObject), это преобразует только заданные свойства. Если значением является true, getCommand преобразует все доступные свойства, со значениями по умолчанию для незаданных свойств, к исходному синтаксису.

Примечание

Если вы устанавливаете IncludeAll к true, программное обеспечение переводит все доступные свойства со значениями по умолчанию для незаданных свойств. Единственное исключение - это, когда значением по умолчанию свойства является NaNInf, [], '', или "", затем программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.

Пример: true

Типы данных: логический

`IncludeContained` — Отметьте, чтобы включать transfrags, содержавший в другом transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы включать transfrags, содержавший в другом transfrags в том же местоположении в выходе combined.gtfВ виде true или false. По умолчанию, cuffcompare не включает они содержали transfrags. Если значением является true, содержавшие transfrags включают contained_in атрибут, указывающий на первый контейнер transfrag найденный.

Пример: true

Типы данных: логический

`MaxAccuracyRange` — Количество базисов от терминальных экзонов, чтобы использовать при оценке точности экзона
100 (значение по умолчанию) | положительное целое число

Количество базисов от свободных концов терминальных экзонов, чтобы использовать при оценке точности экзона в виде положительного целого числа.

Пример: 80

Типы данных: double

`MaxGroupingRange` — Количество базисов, чтобы использовать для группировки расшифровки стенограммы создает сайты
100 (значение по умолчанию) | положительное целое число

Количество базисов, чтобы использовать для группировки расшифровки стенограммы создает сайты в виде положительного целого числа.

Пример: 90

Типы данных: double

`OutputPrefix` — Префикс для `cuffcompare` выходные файлы
`"cuffcmp"` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

Префикс для cuffcompare выходные файлы в виде строки или вектора символов. Эта опция должна быть строкой или вектором символов с ненулевой длиной.

Пример: "cuffcompareOut"

Типы данных: char | string

`ReferenceGTF` — Имя GTF или файла GFF, содержащего ссылочные расшифровки стенограммы
представьте в виде строки | вектор символов

Имя GTF или файла GFF, содержащего ссылочные расшифровки стенограммы, чтобы выдержать сравнение с каждой выборкой в виде строки или вектора символов. Если вы обеспечиваете файл, функция сравнивает каждую выборку со ссылками в файле и отмечает изоформы как overlapping, matching, или novel. Функция хранит эти теги в выходных файлах .refmap и .tmap файлы.

Пример: "references.gtf"

Типы данных: char | string

`SequenceDirectory` — Имя директории, содержащей последовательности FASTA, чтобы классифицировать входные расшифровки стенограммы как повторения
представьте в виде строки | вектор символов

Имя директории, содержащей последовательности FASTA, чтобы классифицировать входные расшифровки стенограммы как повторения в виде строки или вектора символов. Директория должна содержать FASTA-файлы-формата с базовыми геномными последовательностями и содержать один файл FASTA на ссылку. Назовите каждый файл FASTA в честь хромосомы с дополнительным .fa или .fasta.

Пример: "./SequenceDirectory/"

Типы данных: char | string

`SnCorrection` — Отметьте, чтобы рассмотреть только ссылочные расшифровки стенограммы, которые перекрываются с входом transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы рассмотреть только ссылочные расшифровки стенограммы, которые перекрываются с любым входом transfrags в виде true или false. Если значением является true:

Функция игнорирует любые ссылочные расшифровки стенограммы, которые не перекрываются ни с одним входом transfrags.
Необходимо также задать ReferenceGTF опция.

Пример: true

Типы данных: логический

`SpCorrection` — Отметьте, чтобы рассмотреть только входные расшифровки стенограммы, которые перекрываются со ссылочными расшифровками стенограммы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы рассмотреть только входные расшифровки стенограммы, которые перекрываются с любой из ссылочных расшифровок стенограммы в виде true или false. Если значением является true:

Функция игнорирует любые входные расшифровки стенограммы, которые не перекрываются ни с одной из ссылочных расшифровок стенограммы, и не сообщает ни о каких новых местах.
Необходимо также задать ReferenceGTF опция.

Пример: true

Типы данных: логический

`SuppressMapFiles` — Отметьте, чтобы предотвратить создание `.tmap` и `.refmap` файлы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы предотвратить создание .tmap и .refmap файлы в виде true или false. Установите значение к true препятствовать тому, чтобы функция генерировала файлы.

Пример: true

Типы данных: логический

`Version` — Поддерживаемая версия
строка

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия исходного программного обеспечения запонок, возвращенного как строка.

Пример: "2.2.1"

Типы данных: string

Функции объекта

`getCommand`	Переведите свойства объектов в исходный синтаксис опций
`getOptionsTable`	Возвратите таблицу со всеми свойствами и эквивалентные опции в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Создайте объект CuffCompareOptions

Создайте CuffCompareOptions объект со значениями по умолчанию.

opt = CuffCompareOptions;

Создайте объект с помощью пар "имя-значение".

opt2 = CuffCompareOptions('GenericGFF',true,'MaxAccuracyRange',80)

Создайте объект с помощью исходного синтаксиса.

opt3 = CuffCompareOptions('-d 100 -e 80')

Соберите транскриптом и выполните дифференциальное тестирование выражения

Создайте CufflinksOptions объект задать опции запонок, такие как количество параллельных потоков и выходной директории, чтобы сохранить результаты.

cflOpt = CufflinksOptions;
cflOpt.NumThreads = 8;
cflOpt.OutputDirectory = "./cufflinksOut";

Файлы SAM предусмотрели этот пример, содержат выровненные чтения для Микоплазмы pneumoniae от двух выборок с три, реплицирует каждого. Чтения симулированы 100bp-чтения для двух генов (gyrA и gyrB) расположенный друг рядом с другом на геноме. Все чтения сортируются по ссылочному положению, как требуется по cufflinks.

sams = ["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam",...
        "Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"];

Соберите транскриптом от выровненных чтений.

[gtfs,isofpkm,genes,skipped] = cufflinks(sams,cflOpt);

gtfs список файлов GTF, которые содержат собранные изоформы.

Сравните собранное использование изоформ cuffcompare.

stats = cuffcompare(gtfs);

Объедините собранное использование расшифровок стенограммы cuffmerge.

mergedGTF = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput');

mergedGTF отчеты только одна расшифровка стенограммы. Это вызвано тем, что два гена интереса расположены друг рядом с другом, и cuffmerge не может отличить два отличных гена. Вести cuffmerge, используйте ссылочный GTF (gyrAB.gtf) содержа информацию об этих двух генах. Если файл не расположен в той же директории, которую вы запускаете cuffmerge от, необходимо также задать путь к файлу.

gyrAB = which('gyrAB.gtf');
mergedGTF2 = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput2',...
			'ReferenceGTF',gyrAB);

Вычислите распространенности (уровни экспрессии) от выровненных чтений для каждой выборки.

abundances1 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
                        'OutputDirectory','./cuffquantOutput1');
abundances2 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"],...
                        'OutputDirectory','./cuffquantOutput2');

Оцените значение изменений в выражении для генов и расшифровок стенограммы между условиями путем выполнения использования тестирования дифференциала cuffdiff. cuffdiff функция действует на двух отличных шагах: функция сначала оценивает распространенности от выровненных чтений, и затем выполняет статистический анализ. В некоторых случаях (например, распределяя вычисляющий загрузку через несколько рабочих), выполнение двух шагов отдельно желательно. После выполнения первого шага с cuffquant, можно затем использовать бинарный выходной файл CXB в качестве входа к cuffdiff выполнять статистический анализ. Поскольку cuffdiff возвращает несколько файлов, укажите, что выходная директория рекомендуется.

isoformDiff = cuffdiff(mergedGTF2,[abundances1,abundances2],...
                      'OutputDirectory','./cuffdiffOutput');

Отобразите таблицу, содержащую дифференциальные результаты испытаний выражения для этих двух генов gyrB и gyrA.

readtable(isoformDiff,'FileType','text')

ans =

  2×14 table

        test_id            gene_id        gene              locus             sample_1    sample_2    status     value_1       value_2      log2_fold_change_    test_stat    p_value    q_value    significant
    ________________    _____________    ______    _______________________    ________    ________    ______    __________    __________    _________________    _________    _______    _______    ___________

    'TCONS_00000001'    'XLOC_000001'    'gyrB'    'NC_000912.1:2868-7340'      'q1'        'q2'       'OK'     1.0913e+05    4.2228e+05          1.9522           7.8886      5e-05      5e-05        'yes'   
    'TCONS_00000002'    'XLOC_000001'    'gyrA'    'NC_000912.1:2868-7340'      'q1'        'q2'       'OK'     3.5158e+05    1.1546e+05         -1.6064          -7.3811      5e-05      5e-05        'yes'

Можно использовать cuffnorm сгенерировать нормированные таблицы выражения для последующих анализов. cuffnorm результаты полезны, когда у вас есть много выборок, и вы хотите кластеризировать их или уровни экспрессии графика для генов, которые важны в вашем исследовании. Обратите внимание на то, что вы не можете выполнить дифференциальное аналитическое использование выражения cuffnorm.

Задайте массив ячеек, где каждым элементом является вектор строки, содержащий имена файлов для одной выборки с, реплицирует.

alignmentFiles = {["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
                  ["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"]}
isoformNorm = cuffnorm(mergedGTF2, alignmentFiles,...
                      'OutputDirectory', './cuffnormOutput');

Отобразите таблицу, содержащую нормированные уровни экспрессии для каждой расшифровки стенограммы.

readtable(isoformNorm,'FileType','text')

ans =

  2×7 table

      tracking_id          q1_0          q1_2          q1_1          q2_1          q2_0          q2_2   
    ________________    __________    __________    __________    __________    __________    __________

    'TCONS_00000001'    1.0913e+05         78628    1.2132e+05    4.3639e+05    4.2228e+05    4.2814e+05
    'TCONS_00000002'    3.5158e+05    3.7458e+05    3.4238e+05    1.0483e+05    1.1546e+05    1.1105e+05

Имена столбцов начиная с q имеют формат: conditionX_N, указывая, что столбец содержит значения для, реплицируют N conditionX.

Ссылки

[1] Trapnell, Капуста, Брайан А Уильямс, Гео Pertea, Али Мортэзэви, Гордон Кван, Мэриджк Дж ван Бэрен, Стивен Л Залцберг, Барбара Дж Уолд и Лайор Пэчтер. “Блок расшифровки стенограммы и Квантификация RNA-Seq Показывают Неаннотируемые Расшифровки стенограммы и Изоформу, Переключающуюся во время Клеточной дифференцировки”. Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511–15.

Смотрите также

cuffcompare | cufflinks

Темы

Пакеты программной поддержки Bioinformatics Toolbox

Внешние веб-сайты

Руководство запонок

Введенный в R2019a

Документация

CuffCompareOptions

Описание

Создание

Синтаксис

Описание

Входные параметры

`S` — `cuffcompare` опции
представьте в виде строки | вектор символов

Свойства

`ConsensusPrefix` — Префикс для имен расшифровки стенограммы согласия
`"TCONS"` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

`DiscardIntronRedundant` — Отметьте, чтобы проигнорировать избыточный интроном transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`DiscardSingleExonAll` — Отметьте, чтобы отбросить одно экзон transfrags и ссылочные расшифровки стенограммы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`DiscardSingleExonReference` — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы ссылки одно экзона
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`ExtraCommand` — Дополнительные команды
`""` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

`GTFManifest` — Имя текстового файла, содержащего список файлов GTF к процессу
представьте в виде строки | вектор символов

`GenericGFF` — Отметьте, чтобы обработать файлы входа GTF как GFF
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`IncludeAll` — Отметьте, чтобы включать все свойства объектов при преобразовании в исходный синтаксис
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`IncludeContained` — Отметьте, чтобы включать transfrags, содержавший в другом transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`MaxAccuracyRange` — Количество базисов от терминальных экзонов, чтобы использовать при оценке точности экзона
100 (значение по умолчанию) | положительное целое число

`MaxGroupingRange` — Количество базисов, чтобы использовать для группировки расшифровки стенограммы создает сайты
100 (значение по умолчанию) | положительное целое число

`OutputPrefix` — Префикс для `cuffcompare` выходные файлы
`"cuffcmp"` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

`ReferenceGTF` — Имя GTF или файла GFF, содержащего ссылочные расшифровки стенограммы
представьте в виде строки | вектор символов

`SnCorrection` — Отметьте, чтобы рассмотреть только ссылочные расшифровки стенограммы, которые перекрываются с входом transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`SuppressMapFiles` — Отметьте, чтобы предотвратить создание `.tmap` и `.refmap` файлы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`Version` — Поддерживаемая версия
строка

Функции объекта

Примеры

Создайте объект CuffCompareOptions

Соберите транскриптом и выполните дифференциальное тестирование выражения

Ссылки

Смотрите также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Документация

CuffCompareOptions

Описание

Создание

Синтаксис

Описание

Входные параметры

S — cuffcompare опции представьте в виде строки | вектор символов

Свойства

ConsensusPrefix — Префикс для имен расшифровки стенограммы согласия "TCONS" (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

DiscardIntronRedundant — Отметьте, чтобы проигнорировать избыточный интроном transfrags false (значение по умолчанию) | true

DiscardSingleExonAll — Отметьте, чтобы отбросить одно экзон transfrags и ссылочные расшифровки стенограммы false (значение по умолчанию) | true

DiscardSingleExonReference — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы ссылки одно экзона false (значение по умолчанию) | true

ExtraCommand — Дополнительные команды "" (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

GTFManifest — Имя текстового файла, содержащего список файлов GTF к процессу представьте в виде строки | вектор символов

GenericGFF — Отметьте, чтобы обработать файлы входа GTF как GFF false (значение по умолчанию) | true

IncludeAll — Отметьте, чтобы включать все свойства объектов при преобразовании в исходный синтаксис false (значение по умолчанию) | true

IncludeContained — Отметьте, чтобы включать transfrags, содержавший в другом transfrags false (значение по умолчанию) | true

MaxAccuracyRange — Количество базисов от терминальных экзонов, чтобы использовать при оценке точности экзона100 (значение по умолчанию) | положительное целое число

MaxGroupingRange — Количество базисов, чтобы использовать для группировки расшифровки стенограммы создает сайты100 (значение по умолчанию) | положительное целое число

OutputPrefix — Префикс для cuffcompare выходные файлы "cuffcmp" (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

ReferenceGTF — Имя GTF или файла GFF, содержащего ссылочные расшифровки стенограммы представьте в виде строки | вектор символов

SnCorrection — Отметьте, чтобы рассмотреть только ссылочные расшифровки стенограммы, которые перекрываются с входом transfrags false (значение по умолчанию) | true

SuppressMapFiles — Отметьте, чтобы предотвратить создание .tmap и .refmap файлы false (значение по умолчанию) | true

Version — Поддерживаемая версия строка

Функции объекта

Примеры

Создайте объект CuffCompareOptions

Соберите транскриптом и выполните дифференциальное тестирование выражения

Ссылки

Смотрите также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

`S` — `cuffcompare` опции
представьте в виде строки | вектор символов

`ConsensusPrefix` — Префикс для имен расшифровки стенограммы согласия
`"TCONS"` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

`DiscardIntronRedundant` — Отметьте, чтобы проигнорировать избыточный интроном transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`DiscardSingleExonAll` — Отметьте, чтобы отбросить одно экзон transfrags и ссылочные расшифровки стенограммы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`DiscardSingleExonReference` — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы ссылки одно экзона
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`ExtraCommand` — Дополнительные команды
`""` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

`GTFManifest` — Имя текстового файла, содержащего список файлов GTF к процессу
представьте в виде строки | вектор символов

`GenericGFF` — Отметьте, чтобы обработать файлы входа GTF как GFF
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`IncludeAll` — Отметьте, чтобы включать все свойства объектов при преобразовании в исходный синтаксис
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`IncludeContained` — Отметьте, чтобы включать transfrags, содержавший в другом transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`MaxAccuracyRange` — Количество базисов от терминальных экзонов, чтобы использовать при оценке точности экзона
100 (значение по умолчанию) | положительное целое число

`MaxGroupingRange` — Количество базисов, чтобы использовать для группировки расшифровки стенограммы создает сайты
100 (значение по умолчанию) | положительное целое число

`OutputPrefix` — Префикс для `cuffcompare` выходные файлы
`"cuffcmp"` (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов

`ReferenceGTF` — Имя GTF или файла GFF, содержащего ссылочные расшифровки стенограммы
представьте в виде строки | вектор символов

`SnCorrection` — Отметьте, чтобы рассмотреть только ссылочные расшифровки стенограммы, которые перекрываются с входом transfrags
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`SuppressMapFiles` — Отметьте, чтобы предотвратить создание `.tmap` и `.refmap` файлы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`Version` — Поддерживаемая версия
строка