Отфильтруйте и преобразуйте файлы GTF и GFF
cuffgffread(
читает input
,output
)input
GFF или файл GTF и записи обязательные столбцы к output
Файл [1] GFF. Функция может также возвратить файл формата GTF с помощью 'GTFOutput'
опция.
cuffgffread
требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.
Примечание
cuffgffread
поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
cuffgffread(
дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Например, input
,output
,Name,Value
)cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrAB.gff','PreserveAttributes',true)
сохраняет все атрибуты в выходном файле.
Преобразуйте файл GTF в файл GFF при сохранении всех атрибутов.
cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrABOut.gff','PreserveAttributes',true)
Можно также установить опции с помощью объекта. Например, задайте выход, чтобы быть в формате GTF.
opt = CuffGFFReadOptions; opt.GTFOutput = true; opt.PreserveAttributes = true; cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrABOut.gtf',opt);
Если у вас есть объект опций, можно получить эквивалентные исходные опции для всех свойств объектов с помощью getOptionsTable
.
getOptionsTable(opt)
ans = 33×3 table PropertyName FlagName FlagShortName ___________________________ ________________ _____________ AppendDescription 'AppendDescription' '-A' '' CheckOppositeStrand 'CheckOppositeStrand' '-B' '' CheckPhase 'CheckPhase' '-H' '' Cluster 'Cluster' '--cluster-only' '' CodingOnly 'CodingOnly' '-C' '' CollapseContainer 'CollapseContainer' '-K' '' CollapseFull 'CollapseFull' '-Q' '' CoordinateRange 'CoordinateRange' '-r' '' DiscardInvalidCDS 'DiscardInvalidCDS' '-J' '' DiscardNonCanonicalSplice 'DiscardNonCanonicalSplice' '-N' '' DiscardSingleExon 'DiscardSingleExon' '-U' '' DiscardTerminatedCDS 'DiscardTerminatedCDS' '-V' '' FastaCDSFile 'FastaCDSFile' '-x' '' FastaExonsFile 'FastaExonsFile' '-w' '' FastaProteinFile 'FastaProteinFile' '-y' '' FirstExonOnly 'FirstExonOnly' '-G' '' ForceExons 'ForceExons' '--force-exons' '' FullyContained 'FullyContained' '-R' '' GTFOutput 'GTFOutput' '-T' '' MaxIntronLength 'MaxIntronLength' '-i' '' Merge 'Merge' '--merge' '-M' MergeCloseExons 'MergeCloseExons' '-Z' '' MergeInfoFile 'MergeInfoFile' '-d' '' PreserveAttributes 'PreserveAttributes' '-F' '' Pseudo 'Pseudo' '--no-pseudo' '' ReplacementTable 'ReplacementTable' '-m' '' SequenceFile 'SequenceFile' '-g' '' SequenceInfo 'SequenceInfo' '-s' '' UrlDecode 'UrlDecode' '-D' '' UseEnsemblConversion 'UseEnsemblConversion' '-L' '' UseNonTranscript 'UseNonTranscript' '-O' '' UseTrackName 'UseTrackName' '-t' '' WriteCoordinates 'WriteCoordinates' '-W' ''
input
— Введите имя файлаВведите имя файла в виде строки или вектора символов. Файл может быть GTF или файлом GFF.
Пример: 'gyrAB.gtf'
Типы данных: char |
string
output
— Имя выходного файлаИмя выходного файла в виде строки или вектора символов. По умолчанию выход является файлом GFF. Установите 'GTFOutput'
к true
получить выходной файл GTF.
Пример: 'gyrAB.gff'
Типы данных: char |
string
opt
— cuffgffread
опцииCuffGFFReadOptions
возразите | строка | вектор символовcuffgffread
опции в виде CuffGFFReadOptions
объект, строка или вектор символов. Строка или вектор символов должны быть в оригинале gffread
синтаксис опции (снабженный префиксом одним или двумя тире) [1].
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrAB.gff','CoordinateRange','+NC_000912.1:4821..7340')
'AppendDescription'
— Отметьте, чтобы добавить описания файлов в descr
атрибутfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы добавить описания файлов от файлов последовательности до descr
атрибут выхода GFF записывает в виде true
или false
. Задайте файлы последовательности с помощью SequenceInfo
опция.
Пример:
'AppendDescription',true
Типы данных: логический
'CheckOppositeStrand'
— Отметьте, чтобы проверять противоположную скрутку при проверке на кодоны остановки в системе координатfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы проверять противоположную скрутку при проверке на кодоны остановки в системе координат в виде true
или false
.
Пример:
'CheckOppositeStrand',true
Типы данных: логический
'CheckPhase'
— Отметьте, чтобы настроить фазу последовательности кодированияfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы настроить фазу последовательности кодирования при проверке на кодоны остановки в системе координат в виде true
или false
.
Пример:
'CheckPhase',true
Типы данных: логический
'Cluster'
— Отметьте к кластерным входным расшифровкам стенограммы в местаtrue
(значение по умолчанию) | false
Отметьте, чтобы кластеризировать входные расшифровки стенограммы в места в виде true
или false
. Эта опция совпадает с Merge
свойство, за исключением того, что это не сворачивает полностью содержавшие расшифровки стенограммы с идентичными интронами.
Пример:
'Cluster',false
Типы данных: логический
'CodingOnly'
— Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы без кодирования последовательностиfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы без кодирования функции последовательности (CDS) в виде true
или false
.
Пример:
'CodingOnly',true
Типы данных: логический
'CollapseContainer'
— Отметьте, чтобы свернуть полностью содержавшие расшифровки стенограммыfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы свернуть полностью содержавшие расшифровки стенограммы, которые короче с меньшим количеством интронов, чем контейнер в виде true
или false
. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge
к true
.
Пример:
'CollapseContainer',true
Типы данных: логический
'CollapseFull'
— Отметьте, чтобы свернуть более короткие расшифровки стенограммы перекрывающиеся по крайней мере 80% с другим экзономfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы свернуть более короткие расшифровки стенограммы перекрывающиеся по крайней мере 80% с другой одной расшифровкой стенограммы экзона в виде true
или false
. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge
к true
.
Пример:
'CollapseFull',true
Типы данных: логический
'CoordinateRange'
— Геномная область значений, чтобы отфильтровать расшифровки стенограммыГеномная область значений, чтобы отфильтровать расшифровки стенограммы в виде строки или вектора символов. Форматом должен быть "[[<strand>]<chr>:]<start>..<end>"
, где start
и end
геномные положения, chr
дополнительная хромосома или имя контига и дополнительный strand
('+'
или '-'
).
Пример:
'CoordinateRange',“+NC_000912.1:4821..7340”
Типы данных: char |
string
'DiscardInvalidCDS'
— Отметьте, чтобы проигнорировать mRNA расшифровки стенограммы, или недостаток запускает или останавливает кодон, или наличие в системе координат останавливают кодонfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы проигнорировать mRNA расшифровки стенограммы или недостаток в запуске или кодон остановки или наличие кодона остановки в системе координат в виде true
или false
.
Пример:
'DiscardInvalidCDS',true
Типы данных: логический
'DiscardNonCanonicalSplice'
— Отметьте, чтобы проигнорировать мультиэкзон mRNA расшифровки стенограммы, которые имеют интрон с неканонической последовательностью соединения встыкfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы проигнорировать мультиэкзон mRNA расшифровки стенограммы, которые имеют интрон с неканонической последовательностью соединения встык в виде true
или false
. Неканоническая последовательность соединения встык является любой последовательностью соединения встык кроме "GT-AG"
, "CG-AG"
, или "AT-AC"
.
Пример:
'DiscardNonCanonicalSplice',true
Типы данных: логический
'DiscardSingleExon'
— Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы, охватывающие один экзонfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы, охватывающие один экзон в виде true
или false
.
Пример:
'DiscardSingleExon',true
Типы данных: логический
'DiscardTerminatedCDS'
— Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы с кодоном остановки в системе координатfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы с кодоном остановки в системе координат в виде true
или false
.
Пример:
'DiscardTerminatedCDS',true
Типы данных: логический
'ExtraCommand'
— Дополнительные команды""
(значение по умолчанию) | вектор символов | строкаКоманды должны быть в нативном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB®.
Пример: 'ExtraCommand',"-E"
Типы данных: char |
string
'FastaCDSFile'
— Имя файла, чтобы сохранить соединенные последовательности кодированияИмя файла, чтобы сохранить соединенные последовательности кодирования в формате FASTA в виде строки или вектора символов.
Пример:
'FastaCDSFile',"splicedCoding.FASTA"
Типы данных: char |
string
'FastaExonsFile'
— Имя файла, чтобы сохранить соединенные экзоныИмя файла, чтобы сохранить соединенные экзоны в формате FASTA в виде строки или вектора символов.
Пример:
'FastaExonsFile',"splicedExon.FASTA"
Типы данных: char |
string
'FastaProteinFile'
— Имя файла, чтобы сохранить перевод белка кодирования последовательностейИмя файла, чтобы сохранить перевод белка кодирования последовательностей в формате FASTA в виде строки или вектора символов.
Пример:
'FastaProteinFile',"translated.FASTA"
Типы данных: char |
string
'FirstExonOnly'
— Отметьте, чтобы проанализировать дополнительные атрибуты только от первого экзонаfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы проанализировать дополнительные атрибуты только от первого экзона в виде true
или false
.
Пример: 'FirstExonOnly',true
Типы данных: логический
'ForceExons'
— Отметьте, чтобы перечислить самый низкий уровень функции GFF как функции экзонаfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы перечислить самый низкий уровень функции GFF, когда экзон показывает в выходном файле в виде true
или false
.
Пример:
'ForceExons',true
Типы данных: логический
'FullyContained'
— Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы, не содержавшие полностьюfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы, не содержавшие полностью в области значений в виде true
или false
. Укажите диапазон с помощью CoordinateRange
опция.
Пример:
'FullyContained',true
Типы данных: логический
'GTFOutput'
— Отметьте, чтобы вывести файлы расшифровки стенограммы формата GTFfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы вывести файлы расшифровки стенограммы формата GTF в виде true
или false
.
Пример:
'GTFOutput',true
Типы данных: логический
'IncludeAll'
— Отметьте, чтобы применить все доступные параметрыfalse
(значение по умолчанию) | true
Исходный (нативный) синтаксис снабжается префиксом одним или двумя тире. По умолчанию функция преобразует только заданные опции. Если значением является true
, программное обеспечение преобразует все доступные параметры, со значениями по умолчанию для незаданных опций, к исходному синтаксису.
Примечание
Если вы устанавливаете IncludeAll
к true
, программное обеспечение переводит все доступные свойства со значениями по умолчанию для незаданных свойств. Единственное исключение - это, когда значением по умолчанию свойства является NaN
Inf
, []
, ''
, или ""
, затем программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.
Пример: 'IncludeAll',true
Типы данных: логический
'MaxIntronLength'
— Максимальная длина интрона для расшифровки стенограммы, чтобы включать в выходInf
(значение по умолчанию) | положительное целое числоМаксимальная длина интрона для расшифровки стенограммы, чтобы включать в выходной файл в виде положительного целого числа. Inf
, значение по умолчанию, не устанавливает предела для длины интрона.
Пример:
'MaxIntronLength',500
Типы данных: double
'Merge'
— Отметьте, чтобы объединить расшифровки стенограммы к местамfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы объединить расшифровки стенограммы в места путем сворачивания расшифровок стенограммы с идентичными интронами в виде true
или false
.
Пример:
'Merge',true
Типы данных: логический
'MergeCloseExons'
— Отметьте, чтобы объединить экзоны в один экзонfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы объединить экзоны в один экзон, когда разделено меньше чем 4 интронами пары оснований в виде true
или false
.
Пример:
'MergeCloseExons',true
Типы данных: логический
'MergeInfoFile'
— Имя файла, чтобы сохранить информацию на копиях при слиянииИмя файла, чтобы сохранить информацию на копиях при слиянии в виде строки или вектора символов. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge
к true
.
Пример:
'MergeInfoFile',"duplicates.txt"
Типы данных: char |
string
'PreserveAttributes'
— Отметьте, чтобы сохранить все атрибуты в выходеfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы сохранить все атрибуты в выходном файле в виде true
или false
.
Пример:
'PreserveAttributes',true
Типы данных: логический
'Pseudo'
— Отметьте, чтобы отфильтровать записи, содержащие "псевдо"true
(значение по умолчанию) | false
Отметьте, чтобы отфильтровать записи, содержащие слово, "псевдо" в виде true
или false
.
Пример:
'Pseudo',false
Типы данных: логический
'ReplacementTable'
— Имя файла, содержащего заменяющую таблицуИмя файла, содержащего заменяющую таблицу в виде строки или вектора символов. Таблица должна иметь два столбца, где первый столбец содержит исходные идентификаторы расшифровки стенограммы, и второй столбец содержит новые идентификаторы расшифровки стенограммы. Таблица в качестве примера следует.
origTranscript1 | newTranscript1 |
origTranscript2 | newTranscript2 |
origTranscript3 | newTranscript3 |
Если вы предоставляете заменяющую таблицу, функция заменяет идентификаторы расшифровки стенограммы, найденные в первом столбце с новыми идентификаторами расшифровок стенограммы из второго столбца, и отфильтровывает те расшифровки стенограммы, не найденные.
Пример:
'ReplacementTable',"replaceTbl.txt"
Типы данных: char |
string
'SequenceFile'
— Имя FASTA-файла-формата, содержащего геномные последовательностиИмя FASTA-файла-формата, содержащего геномные последовательности для всех входных отображений в виде строки или вектора символов.
Пример:
'SequenceFile',"seqs.fasta"
Типы данных: char |
string
'SequenceInfo'
— Имя файла с разделением табуляцией с дополнительной информацией о входной последовательностиИмя файла с разделением табуляцией с дополнительной информацией о каждой входной последовательности в виде строки или вектора символов. Этот файл должен иметь три столбца: столбец имени последовательности, столбец длины последовательности и столбец описания последовательности. Если AppendDescription
true
, описание последовательности включено как атрибут в файле выхода GFF.
Пример:
'SequenceInfo',"seqinfo.txt"
Типы данных: char |
string
'UrlDecode'
— Отметьте, чтобы декодировать закодированные URL символы в названиях атрибутаfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы декодировать закодированные URL символы в названиях атрибута в виде true
или false
. Например, "transcript%20description" декодируется к "описанию расшифровки стенограммы".
Пример:
'UrlDecode',true
Типы данных: логический
'UseEnsemblConversion'
— Отметьте, чтобы использовать GTF-to-GFF3 метод преобразования от Ensemblfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы использовать GTF-to-GFF3 метод преобразования от Ensembl в виде true
или false
.
Пример:
'UseEnsemblConversion',true
Типы данных: логический
'UseNonTranscript'
— Отметьте, чтобы включать нерасшифровку стенограммы записи GFF в выходной файлfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы включать нерасшифровку стенограммы записи GFF в выходной файл в виде true
или false
.
Пример:
'UseNonTranscript',true
Типы данных: логический
'UseTrackName'
— Отметьте, чтобы использовать имя дорожки во втором столбце GFF линия выходаfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы использовать имя дорожки во втором столбце GFF линия выхода в виде true
или false
.
Пример:
'UseTrackName',true
Типы данных: логический
'WriteCoordinates'
— Отметьте, чтобы записать координаты экзона, спроектированные на соединенную последовательностьfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы записать координаты экзона, спроектированные на соединенную последовательность в виде true
или false
. Это свойство применяется только когда FastaExonsFile
или FastaCDSFile
задан.
Пример:
'WriteCoordinates',true
Типы данных: логический
[1] Trapnell, Капуста, Брайан А Уильямс, Гео Pertea, Али Мортэзэви, Гордон Кван, Мэриджк Дж ван Бэрен, Стивен Л Залцберг, Барбара Дж Уолд и Лайор Пэчтер. “Блок расшифровки стенограммы и Квантификация RNA-Seq Показывают Неаннотируемые Расшифровки стенограммы и Изоформу, Переключающуюся во время Клеточной дифференцировки”. Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511–15.
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.