CuffGFFReadOptions

Опция установлена для cuffgffread

Описание

CuffGFFReadOptions объект содержит опции для cuffgffread функция, которая фильтрует и преобразует GFF и файлы GTF [1].

Создание

Синтаксис

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(Name,Value)

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(S)

Описание

пример

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions создает CuffGFFReadOptions объект со значениями свойств по умолчанию.

CuffGFFReadOptions требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

CuffGFFReadOptions поддерживается на Mac и платформах UNIX^® только.

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(Name,Value) устанавливает свойства объектов с помощью одного или нескольких аргументов пары "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions('DiscardSingleExon',true) расшифровки стенограммы отбрасываний, охватывающие один экзон.

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(S) задает дополнительные параметры с помощью строки или вектора символов S.

Входные параметры

развернуть все

`S` — `cuffgffread` опции
представьте в виде строки | вектор символов

cuffgffread опции в виде строки или вектора символов. S должен быть в исходном gffread синтаксис опции (снабженный префиксом одним или двумя тире).

Пример: '-U'

Свойства

развернуть все

`AppendDescription` — Отметьте, чтобы добавить описания файлов в `descr` атрибут
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы добавить описания файлов от файлов последовательности до descr атрибут выхода GFF записывает в виде true или false. Задайте файлы последовательности с помощью SequenceInfo опция.

Пример: true

Типы данных: логический

`CheckOppositeStrand` — Отметьте, чтобы проверять противоположную скрутку при проверке на кодоны остановки в системе координат
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы проверять противоположную скрутку при проверке на кодоны остановки в системе координат в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`CheckPhase` — Отметьте, чтобы настроить фазу последовательности кодирования
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы настроить фазу последовательности кодирования при проверке на кодоны остановки в системе координат в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`Cluster` — Отметьте к кластерным входным расшифровкам стенограммы в места
`true` (значение по умолчанию) | `false`

Отметьте, чтобы кластеризировать входные расшифровки стенограммы в места в виде true или false. Эта опция совпадает с Merge свойство, за исключением того, что это не сворачивает полностью содержавшие расшифровки стенограммы с идентичными интронами.

Пример: false

Типы данных: логический

`CodingOnly` — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы без кодирования последовательности
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы без кодирования функции последовательности (CDS) в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`CollapseContainer` — Отметьте, чтобы свернуть полностью содержавшие расшифровки стенограммы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы свернуть полностью содержавшие расшифровки стенограммы, которые короче с меньшим количеством интронов, чем контейнер в виде true или false. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge к true.

Пример: true

Типы данных: логический

`CollapseFull` — Отметьте, чтобы свернуть более короткие расшифровки стенограммы перекрывающиеся по крайней мере 80% с другим экзоном
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы свернуть более короткие расшифровки стенограммы перекрывающиеся по крайней мере 80% с другой одной расшифровкой стенограммы экзона в виде true или false. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge к true.

Пример: true

Типы данных: логический

`CoordinateRange` — Геномная область значений, чтобы отфильтровать расшифровки стенограммы
представьте в виде строки | вектор символов

Геномная область значений, чтобы отфильтровать расшифровки стенограммы в виде строки или вектора символов. Форматом должен быть "[[<strand>]<chr>:]<start>..<end>", где start и end геномные положения, chr дополнительная хромосома или имя контига и дополнительный strand ('+' или '-').

Пример: “+NC_000912.1:4821..7340”

Типы данных: char | string

`DiscardInvalidCDS` — Отметьте, чтобы проигнорировать mRNA расшифровки стенограммы, или недостаток запускает или останавливает кодон, или наличие в системе координат останавливают кодон
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы проигнорировать mRNA расшифровки стенограммы или недостаток в запуске или кодон остановки или наличие кодона остановки в системе координат в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`DiscardNonCanonicalSplice` — Отметьте, чтобы проигнорировать мультиэкзон mRNA расшифровки стенограммы, которые имеют интрон с неканонической последовательностью соединения встык
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы проигнорировать мультиэкзон mRNA расшифровки стенограммы, которые имеют интрон с неканонической последовательностью соединения встык в виде true или false. Неканоническая последовательность соединения встык является любой последовательностью соединения встык кроме "GT-AG", "CG-AG", или "AT-AC".

Пример: true

Типы данных: логический

`DiscardSingleExon` — Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы, охватывающие один экзон
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы, охватывающие один экзон в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`DiscardTerminatedCDS` — Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы с кодоном остановки в системе координат
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы с кодоном остановки в системе координат в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`ExtraCommand` — Дополнительные команды
`""` (значение по умолчанию) | вектор символов | строка

Команды должны быть в нативном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB^®.

Когда программное обеспечение преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, оно хранит любые нераспознанные флаги в этом свойстве.

Пример: "-E"

Типы данных: char | string

`FastaCDSFile` — Имя файла, чтобы сохранить соединенные последовательности кодирования
представьте в виде строки | вектор символов

Имя файла, чтобы сохранить соединенные последовательности кодирования в формате FASTA в виде строки или вектора символов.

Пример: "splicedCoding.FASTA"

Типы данных: char | string

`FastaExonsFile` — Имя файла, чтобы сохранить соединенные экзоны
представьте в виде строки | вектор символов

Имя файла, чтобы сохранить соединенные экзоны в формате FASTA в виде строки или вектора символов.

Пример: "splicedExon.FASTA"

Типы данных: char | string

`FastaProteinFile` — Имя файла, чтобы сохранить перевод белка кодирования последовательностей
представьте в виде строки | вектор символов

Имя файла, чтобы сохранить перевод белка кодирования последовательностей в формате FASTA в виде строки или вектора символов.

Пример: "translated.FASTA"

Типы данных: char | string

`FirstExonOnly` — Отметьте, чтобы проанализировать дополнительные атрибуты только от первого экзона
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы проанализировать дополнительные атрибуты только от первого экзона в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`ForceExons` — Отметьте, чтобы перечислить самый низкий уровень функции GFF как функции экзона
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы перечислить самый низкий уровень функции GFF, когда экзон показывает в выходном файле в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`FullyContained` — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы, не содержавшие полностью
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы, не содержавшие полностью в области значений в виде true или false. Укажите диапазон с помощью CoordinateRange опция.

Пример: true

Типы данных: логический

`GTFOutput` — Отметьте, чтобы вывести файлы расшифровки стенограммы формата GTF
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы вывести файлы расшифровки стенограммы формата GTF в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`IncludeAll` — Отметьте, чтобы использовать все свойства объектов
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы включать все свойства объектов с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций в виде true или false. Можно преобразовать свойства в исходный синтаксис, снабженный префиксом одним или двумя тире (такими как '-d 100 -e 80') при помощи getCommand. Значение по умолчанию false средние значения это, когда вы вызываете getCommand(optionsObject), это преобразует только заданные свойства. Если значением является true, getCommand преобразует все доступные свойства, со значениями по умолчанию для незаданных свойств, к исходному синтаксису.

Примечание

Если вы устанавливаете IncludeAll к true, программное обеспечение переводит все доступные свойства со значениями по умолчанию для незаданных свойств. Единственное исключение - это, когда значением по умолчанию свойства является NaNInf, [], '', или "", затем программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.

Пример: true

Типы данных: логический

`MaxIntronLength` — Максимальная длина интрона для расшифровки стенограммы, которая будет включена в выход
`Inf` (значение по умолчанию) | положительное целое число

Максимальная длина интрона для расшифровки стенограммы, чтобы включать в выходной файл в виде положительного целого числа. Inf, значение по умолчанию, не устанавливает предела для длины интрона.

Пример: 500

Типы данных: double

`Merge` — Отметьте, чтобы объединить расшифровки стенограммы к местам
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы объединить расшифровки стенограммы в места путем сворачивания расшифровок стенограммы с идентичными интронами в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`MergeCloseExons` — Отметьте, чтобы объединить экзоны в один экзон
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы объединить экзоны в один экзон, когда разделено меньше чем 4 интронами пары оснований в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`MergeInfoFile` — Имя файла, чтобы сохранить информацию на копиях при слиянии
представьте в виде строки | вектор символов

Имя файла, чтобы сохранить информацию на копиях при слиянии в виде строки или вектора символов. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge к true.

Пример: "duplicates.txt"

Типы данных: char | string

`PreserveAttributes` — Отметьте, чтобы сохранить все атрибуты в выходе
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы сохранить все атрибуты в выходном файле в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`Pseudo` — Отметьте, чтобы отфильтровать записи, содержащие "псевдо"
`true` (значение по умолчанию) | `false`

Отметьте, чтобы отфильтровать записи, содержащие слово, "псевдо" в виде true или false.

Пример: false

Типы данных: логический

`ReplacementTable` — Имя файла, содержащего заменяющую таблицу
представьте в виде строки | вектор символов

Имя файла, содержащего заменяющую таблицу в виде строки или вектора символов. Таблица должна иметь два столбца, где первый столбец содержит исходные идентификаторы расшифровки стенограммы, и второй столбец содержит новые идентификаторы расшифровки стенограммы. Таблица в качестве примера следует.

origTranscript1	newTranscript1
origTranscript2	newTranscript2
origTranscript3	newTranscript3

Если вы предоставляете заменяющую таблицу, функция заменяет идентификаторы расшифровки стенограммы, найденные в первом столбце с новыми идентификаторами расшифровок стенограммы из второго столбца, и отфильтровывает те расшифровки стенограммы, не найденные.

Пример: "replaceTbl.txt"

Типы данных: char | string

`SequenceFile` — Имя FASTA-файла-формата, содержащего геномные последовательности
представьте в виде строки | вектор символов

Имя FASTA-файла-формата, содержащего геномные последовательности для всех входных отображений в виде строки или вектора символов.

Пример: "seqs.fasta"

Типы данных: char | string

`SequenceInfo` — Имя файла с разделением табуляцией с дополнительной информацией о входной последовательности
представьте в виде строки | вектор символов

Имя файла с разделением табуляцией с дополнительной информацией о каждой входной последовательности в виде строки или вектора символов. Этот файл должен иметь три столбца: столбец имени последовательности, столбец длины последовательности и столбец описания последовательности. Если AppendDescription true, описание последовательности включено как атрибут в файле выхода GFF.

Пример: "seqinfo.txt"

Типы данных: char | string

`UrlDecode` — Отметьте, чтобы декодировать закодированные URL символы в названиях атрибута
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы декодировать закодированные URL символы в названиях атрибута в виде true или false. Например, "transcript%20description" декодируется к "описанию расшифровки стенограммы".

Пример: true

Типы данных: логический

`UseEnsemblConversion` — Отметьте, чтобы использовать GTF-to-GFF3 метод преобразования от Ensembl
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы использовать GTF-to-GFF3 метод преобразования от Ensembl в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`UseNonTranscript` — Отметьте, чтобы включать нерасшифровку стенограммы записи GFF в выходной файл
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы включать нерасшифровку стенограммы записи GFF в выходной файл в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`UseTrackName` — Отметьте, чтобы использовать имя дорожки во втором столбце GFF линия выхода
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы использовать имя дорожки во втором столбце GFF линия выхода в виде true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

`Version` — Поддерживаемая версия
строка

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия исходного программного обеспечения запонок, возвращенного как строка.

Пример: "2.2.1"

Типы данных: string

`WriteCoordinates` — Отметьте, чтобы записать координаты экзона, спроектированные на соединенную последовательность
`false` (значение по умолчанию) | `true`

Отметьте, чтобы записать координаты экзона, спроектированные на соединенную последовательность в виде true или false. Это свойство применяется только когда FastaExonsFile или FastaCDSFile задан.

Пример: true

Типы данных: логический

Функции объекта

`getCommand`	Переведите свойства объектов в исходный синтаксис опций
`getOptionsTable`	Возвратите таблицу со всеми свойствами и эквивалентные опции в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Создайте объект CuffGFFReadOptions

Создайте CuffGFFReadOptions объект со значениями по умолчанию.

opt = CuffGFFReadOptions;

Создайте объект с помощью пар "имя-значение".

opt2 = CuffGFFReadOptions('DiscardSingleExon',true,'FastaExonsFile','exons.fa');

Создайте объект при помощи исходного синтаксиса.

opt3 = CuffGFFReadOptions('-U -w exons.fa')

Преобразуйте GTF в формат GFF

Преобразуйте файл GTF в файл GFF при сохранении всех атрибутов.

cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrABOut.gff','PreserveAttributes',true)

Можно также установить опции с помощью объекта. Например, задайте выход, чтобы быть в формате GTF.

opt = CuffGFFReadOptions;
opt.GTFOutput = true;
opt.PreserveAttributes = true;
cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrABOut.gtf',opt);

Если у вас есть объект опций, можно получить эквивалентные исходные опции для всех свойств объектов с помощью getOptionsTable.

getOptionsTable(opt)

ans =

  33×3 table

                                        PropertyName                FlagName        FlagShortName
                                 ___________________________    ________________    _____________

    AppendDescription            'AppendDescription'            '-A'                    ''       
    CheckOppositeStrand          'CheckOppositeStrand'          '-B'                    ''       
    CheckPhase                   'CheckPhase'                   '-H'                    ''       
    Cluster                      'Cluster'                      '--cluster-only'        ''       
    CodingOnly                   'CodingOnly'                   '-C'                    ''       
    CollapseContainer            'CollapseContainer'            '-K'                    ''       
    CollapseFull                 'CollapseFull'                 '-Q'                    ''       
    CoordinateRange              'CoordinateRange'              '-r'                    ''       
    DiscardInvalidCDS            'DiscardInvalidCDS'            '-J'                    ''       
    DiscardNonCanonicalSplice    'DiscardNonCanonicalSplice'    '-N'                    ''       
    DiscardSingleExon            'DiscardSingleExon'            '-U'                    ''       
    DiscardTerminatedCDS         'DiscardTerminatedCDS'         '-V'                    ''       
    FastaCDSFile                 'FastaCDSFile'                 '-x'                    ''       
    FastaExonsFile               'FastaExonsFile'               '-w'                    ''       
    FastaProteinFile             'FastaProteinFile'             '-y'                    ''       
    FirstExonOnly                'FirstExonOnly'                '-G'                    ''       
    ForceExons                   'ForceExons'                   '--force-exons'         ''       
    FullyContained               'FullyContained'               '-R'                    ''       
    GTFOutput                    'GTFOutput'                    '-T'                    ''       
    MaxIntronLength              'MaxIntronLength'              '-i'                    ''       
    Merge                        'Merge'                        '--merge'               '-M'     
    MergeCloseExons              'MergeCloseExons'              '-Z'                    ''       
    MergeInfoFile                'MergeInfoFile'                '-d'                    ''       
    PreserveAttributes           'PreserveAttributes'           '-F'                    ''       
    Pseudo                       'Pseudo'                       '--no-pseudo'           ''       
    ReplacementTable             'ReplacementTable'             '-m'                    ''       
    SequenceFile                 'SequenceFile'                 '-g'                    ''       
    SequenceInfo                 'SequenceInfo'                 '-s'                    ''       
    UrlDecode                    'UrlDecode'                    '-D'                    ''       
    UseEnsemblConversion         'UseEnsemblConversion'         '-L'                    ''       
    UseNonTranscript             'UseNonTranscript'             '-O'                    ''       
    UseTrackName                 'UseTrackName'                 '-t'                    ''       
    WriteCoordinates             'WriteCoordinates'             '-W'                    ''

Ссылки

[1] Trapnell, Капуста, Брайан А Уильямс, Гео Pertea, Али Мортэзэви, Гордон Кван, Мэриджк Дж ван Бэрен, Стивен Л Залцберг, Барбара Дж Уолд и Лайор Пэчтер. “Блок расшифровки стенограммы и Квантификация RNA-Seq Показывают Неаннотируемые Расшифровки стенограммы и Изоформу, Переключающуюся во время Клеточной дифференцировки”. Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511–15.

Смотрите также

cuffcompare | cufflinks

Темы

Пакеты программной поддержки Bioinformatics Toolbox

Внешние веб-сайты

Руководство запонок

Введенный в R2019a

Документация

CuffGFFReadOptions

Описание

Создание

Синтаксис

Описание

Входные параметры

S — cuffgffread опции представьте в виде строки | вектор символов

Свойства

AppendDescription — Отметьте, чтобы добавить описания файлов в descr атрибут false (значение по умолчанию) | true

CheckOppositeStrand — Отметьте, чтобы проверять противоположную скрутку при проверке на кодоны остановки в системе координат false (значение по умолчанию) | true

CheckPhase — Отметьте, чтобы настроить фазу последовательности кодирования false (значение по умолчанию) | true

Cluster — Отметьте к кластерным входным расшифровкам стенограммы в места true (значение по умолчанию) | false

CodingOnly — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы без кодирования последовательности false (значение по умолчанию) | true

CollapseContainer — Отметьте, чтобы свернуть полностью содержавшие расшифровки стенограммы false (значение по умолчанию) | true

CollapseFull — Отметьте, чтобы свернуть более короткие расшифровки стенограммы перекрывающиеся по крайней мере 80% с другим экзоном false (значение по умолчанию) | true

CoordinateRange — Геномная область значений, чтобы отфильтровать расшифровки стенограммы представьте в виде строки | вектор символов

DiscardSingleExon — Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы, охватывающие один экзон false (значение по умолчанию) | true

DiscardTerminatedCDS — Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы с кодоном остановки в системе координат false (значение по умолчанию) | true

ExtraCommand — Дополнительные команды "" (значение по умолчанию) | вектор символов | строка

FastaCDSFile — Имя файла, чтобы сохранить соединенные последовательности кодирования представьте в виде строки | вектор символов

FastaExonsFile — Имя файла, чтобы сохранить соединенные экзоны представьте в виде строки | вектор символов

FastaProteinFile — Имя файла, чтобы сохранить перевод белка кодирования последовательностей представьте в виде строки | вектор символов

FirstExonOnly — Отметьте, чтобы проанализировать дополнительные атрибуты только от первого экзона false (значение по умолчанию) | true

ForceExons — Отметьте, чтобы перечислить самый низкий уровень функции GFF как функции экзона false (значение по умолчанию) | true

FullyContained — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы, не содержавшие полностью false (значение по умолчанию) | true

GTFOutput — Отметьте, чтобы вывести файлы расшифровки стенограммы формата GTF false (значение по умолчанию) | true

IncludeAll — Отметьте, чтобы использовать все свойства объектов false (значение по умолчанию) | true

MaxIntronLength — Максимальная длина интрона для расшифровки стенограммы, которая будет включена в выход Inf (значение по умолчанию) | положительное целое число

Merge — Отметьте, чтобы объединить расшифровки стенограммы к местам false (значение по умолчанию) | true

MergeCloseExons — Отметьте, чтобы объединить экзоны в один экзон false (значение по умолчанию) | true

MergeInfoFile — Имя файла, чтобы сохранить информацию на копиях при слиянии представьте в виде строки | вектор символов

PreserveAttributes — Отметьте, чтобы сохранить все атрибуты в выходе false (значение по умолчанию) | true

Pseudo — Отметьте, чтобы отфильтровать записи, содержащие "псевдо" true (значение по умолчанию) | false

ReplacementTable — Имя файла, содержащего заменяющую таблицу представьте в виде строки | вектор символов

SequenceFile — Имя FASTA-файла-формата, содержащего геномные последовательности представьте в виде строки | вектор символов

SequenceInfo — Имя файла с разделением табуляцией с дополнительной информацией о входной последовательности представьте в виде строки | вектор символов

UrlDecode — Отметьте, чтобы декодировать закодированные URL символы в названиях атрибута false (значение по умолчанию) | true

UseEnsemblConversion — Отметьте, чтобы использовать GTF-to-GFF3 метод преобразования от Ensembl false (значение по умолчанию) | true

UseNonTranscript — Отметьте, чтобы включать нерасшифровку стенограммы записи GFF в выходной файл false (значение по умолчанию) | true

UseTrackName — Отметьте, чтобы использовать имя дорожки во втором столбце GFF линия выхода false (значение по умолчанию) | true

Version — Поддерживаемая версия строка

WriteCoordinates — Отметьте, чтобы записать координаты экзона, спроектированные на соединенную последовательность false (значение по умолчанию) | true

Функции объекта

Примеры

Создайте объект CuffGFFReadOptions

Преобразуйте GTF в формат GFF

Ссылки

Смотрите также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

`S` — `cuffgffread` опции
представьте в виде строки | вектор символов

`AppendDescription` — Отметьте, чтобы добавить описания файлов в `descr` атрибут
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`CheckOppositeStrand` — Отметьте, чтобы проверять противоположную скрутку при проверке на кодоны остановки в системе координат
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`CheckPhase` — Отметьте, чтобы настроить фазу последовательности кодирования
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`Cluster` — Отметьте к кластерным входным расшифровкам стенограммы в места
`true` (значение по умолчанию) | `false`

`CodingOnly` — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы без кодирования последовательности
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`CollapseContainer` — Отметьте, чтобы свернуть полностью содержавшие расшифровки стенограммы
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`CollapseFull` — Отметьте, чтобы свернуть более короткие расшифровки стенограммы перекрывающиеся по крайней мере 80% с другим экзоном
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`CoordinateRange` — Геномная область значений, чтобы отфильтровать расшифровки стенограммы
представьте в виде строки | вектор символов

`DiscardSingleExon` — Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы, охватывающие один экзон
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`DiscardTerminatedCDS` — Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы с кодоном остановки в системе координат
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`ExtraCommand` — Дополнительные команды
`""` (значение по умолчанию) | вектор символов | строка

`FastaCDSFile` — Имя файла, чтобы сохранить соединенные последовательности кодирования
представьте в виде строки | вектор символов

`FastaExonsFile` — Имя файла, чтобы сохранить соединенные экзоны
представьте в виде строки | вектор символов

`FastaProteinFile` — Имя файла, чтобы сохранить перевод белка кодирования последовательностей
представьте в виде строки | вектор символов

`FirstExonOnly` — Отметьте, чтобы проанализировать дополнительные атрибуты только от первого экзона
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`ForceExons` — Отметьте, чтобы перечислить самый низкий уровень функции GFF как функции экзона
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`FullyContained` — Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы, не содержавшие полностью
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`GTFOutput` — Отметьте, чтобы вывести файлы расшифровки стенограммы формата GTF
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`IncludeAll` — Отметьте, чтобы использовать все свойства объектов
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`MaxIntronLength` — Максимальная длина интрона для расшифровки стенограммы, которая будет включена в выход
`Inf` (значение по умолчанию) | положительное целое число

`Merge` — Отметьте, чтобы объединить расшифровки стенограммы к местам
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`MergeCloseExons` — Отметьте, чтобы объединить экзоны в один экзон
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`MergeInfoFile` — Имя файла, чтобы сохранить информацию на копиях при слиянии
представьте в виде строки | вектор символов

`PreserveAttributes` — Отметьте, чтобы сохранить все атрибуты в выходе
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`Pseudo` — Отметьте, чтобы отфильтровать записи, содержащие "псевдо"
`true` (значение по умолчанию) | `false`

`ReplacementTable` — Имя файла, содержащего заменяющую таблицу
представьте в виде строки | вектор символов

`SequenceFile` — Имя FASTA-файла-формата, содержащего геномные последовательности
представьте в виде строки | вектор символов

`SequenceInfo` — Имя файла с разделением табуляцией с дополнительной информацией о входной последовательности
представьте в виде строки | вектор символов

`UrlDecode` — Отметьте, чтобы декодировать закодированные URL символы в названиях атрибута
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`UseEnsemblConversion` — Отметьте, чтобы использовать GTF-to-GFF3 метод преобразования от Ensembl
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`UseNonTranscript` — Отметьте, чтобы включать нерасшифровку стенограммы записи GFF в выходной файл
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`UseTrackName` — Отметьте, чтобы использовать имя дорожки во втором столбце GFF линия выхода
`false` (значение по умолчанию) | `true`

`Version` — Поддерживаемая версия
строка

`WriteCoordinates` — Отметьте, чтобы записать координаты экзона, спроектированные на соединенную последовательность
`false` (значение по умолчанию) | `true`