Класс: geneont
Найдите условия, которые являются предками заданного понятия Генной онтологии (GO)
AncestorIDs
= getancestors(GeneontObj
, ID
)
[AncestorIDs
, Counts
]
= getancestors(GeneontObj
, ID
)
... = getancestors(..., 'Height', HeightValue
,
...)
... = getancestors(..., 'Relationtype', RelationtypeValue
,
...)
... = getancestors(..., 'Exclude', ExcludeValue
,
...)
поисковые запросы AncestorIDs
= getancestors(GeneontObj
, ID
)GeneontObj
, объект geneont, для ИДУТ условия, которые являются предками ПОЙТИ термина (терминов), заданного ID
, который является ПОЙТИ идентификатором термина или вектором из идентификаторов. Это возвращает AncestorIDs
, вектор из ИДЕТ идентификаторы термина включая ID
. ID
неотрицательное целое число или вектор, содержащий неотрицательные целые числа.
[
также возвращает число раз, которым найден каждый предок. AncestorIDs
, Counts
]
= getancestors(GeneontObj
, ID
)Counts
вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в GeneontObj
.
Совет
Counts
возвращаемое значение полезно, когда вы соответствуете количествам в генных исследованиях обогащения. Для получения дополнительной информации смотрите Генное Обогащение Онтологии в Микроданных массива.
... = getancestors (..., '
вызовы PropertyName
', PropertyValue
, ...)getancestors
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = getancestors(..., 'Height',
поисковые запросы через конкретное количество уровней, HeightValue
,
...)HeightValue
, в генной онтологии. HeightValue
положительное целое число. Значением по умолчанию является Inf
.
... = getancestors(..., 'Relationtype',
поиски заданных типов связей, RelationtypeValue
,
...)RelationtypeValue
, в генной онтологии. RelationtypeValue
вектор символов. Выбором является 'is_a'
, 'part_of'
, или 'both'
(значение по умолчанию).
... = getancestors(..., 'Exclude',
средства управления, исключая ExcludeValue
,
...)ID
, исходный запрошенный термин (термины), от выхода AncestorIDs
, если термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
GeneontObj | Объект geneont, такой, как создано geneont функция конструктора. |
ID | ПОЙДИТЕ идентификатор термина или вектор из идентификаторов. |
HeightValue | Положительное целое число, задающее количество уровней, чтобы искать вверх в генной онтологии. |
RelationtypeValue | Вектор символов, задающий типы связей, чтобы искать в генной онтологии. Выбор:
|
ExcludeValue | Средства управления, исключая ID , исходный запрошенный термин (термины), от выхода AncestorIDs , если термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
AncestorIDs | Вектор из ИДЕТ идентификаторы термина включая ID . |
Counts | Вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в GeneontObj , указание на число раз каждый предок найдено. |
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB.
GO = geneont('LIVE', true)
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество условий в базе данных.
Gene Ontology object with 24316 Terms.
Получите предков Генного понятия Онтологии с идентификатором 46680
.
ancestors = getancestors(GO,46680) ancestors = 8150 9636 17085 42221 46680 50896
Создайте зависимую Генную Онтологию.
subontology = GO(ancestors) Gene Ontology object with 6 Terms.
Создайте и отобразите отчет зависимых Генных условий Онтологии, который включает ПОЙТИ идентификатор и имя.
rpt = get(subontology.terms,{'id','name'}) [ 8150] 'biological_process' [ 9636] 'response to toxin' [17085] [1x23 char] [42221] [1x29 char] [46680] 'response to DDT' [50896] [1x20 char]
Просмотрите отношения зависимой Генной Онтологии при помощи getmatrix
метод, чтобы создать матрицу связи, чтобы передать biograph
функция.
cm = getmatrix(subontology); BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name')); view(BG)
goannotread
| num2goid
| term