getdescendants

Класс: geneont

Найдите условия, которые являются потомками заданного понятия Генной онтологии (GO)

Синтаксис

DescendantIDs = getdescendants(GeneontObj, ID) [DescendantIDs, Counts] = getdescendants(GeneontObj, ID) ... = getdescendants(..., 'Depth', DepthValue, ...) ... = getdescendants(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) ... = getdescendants(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)

Описание

DescendantIDs = getdescendants(GeneontObj, ID) поисковые запросы GeneontObj, объект geneont, для ИДУТ условия, которые являются потомками ПОЙТИ термина (терминов), заданного ID, который является ПОЙТИ идентификатором термина или вектором из идентификаторов. Это возвращает DescendantIDs, вектор из ИДЕТ идентификаторы термина включая ID. ID неотрицательное целое число или вектор, содержащий неотрицательные целые числа.

[DescendantIDs, Counts] = getdescendants(GeneontObj, ID) также возвращает число раз, которым найден каждый потомок. Counts вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в GeneontObj.

Совет

Counts возвращаемое значение полезно, когда вы соответствуете количествам в генных исследованиях обогащения. Для получения дополнительной информации смотрите Генное Обогащение Онтологии в Микроданных массива.

... = getdescendants (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы getdescendants с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = getdescendants(..., 'Depth', DepthValue, ...) поисковые запросы вниз через конкретное количество уровней, DepthValue, в генной онтологии. DepthValue положительное целое число. Значением по умолчанию является Inf.

... = getdescendants(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) поиски заданных типов связей, RelationtypeValue, в генной онтологии. RelationtypeValue вектор символов. Выбором является 'is_a', 'part_of', или 'both' (значение по умолчанию).

... = getdescendants(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) средства управления, исключая ID, исходный запрошенный термин (термины), от выхода DescendantIDs, если термин не был найден при поиске генной онтологии. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Входные параметры

`GeneontObj`	Объект geneont, такой, как создано `geneont` функция конструктора.
`ID`	ПОЙДИТЕ идентификатор термина или вектор из идентификаторов.
`DepthValue`	Положительное целое число, задающее количество уровней, чтобы искать вниз в генной онтологии.
`RelationtypeValue`	Вектор символов, задающий типы связей, чтобы искать в генной онтологии. Выбор: `'is_a'` `'part_of'` `'both'` (значение по умолчанию)
`ExcludeValue`	Средства управления, исключая `ID`, исходный запрошенный термин (термины), от выхода `DescendantIDs`, если термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

`DescendantIDs`	Вектор из ИДЕТ идентификаторы термина включая `ID`.
`Counts`	Вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в `GeneontObj`, указание на число раз каждый потомок найдено.

Примеры

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont ^{в MATLAB}.
```
GO = geneont('LIVE', true)
```
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество условий в базе данных.
```
Gene Ontology object with 27827 Terms.
```

Получите потомков "aldo-keto, действие редуктазы" ИДУТ термин с ПОЙТИ идентификатором 4033.

descendants = getdescendants(GO,4033)

descendants =

        4032
        4033
        8106
       32018
       32866
       32867
       46568
       50112
       50236

Создайте зависимую Генную Онтологию.
```
subontology = GO(descendants)

Gene Ontology object with 9 Terms.
```

Создайте и отобразите отчет зависимых Генных условий Онтологии, который включает ПОЙТИ идентификатор и имя.

rpt = [num2goid(cell2mat(get(subontology.terms,'id')))...
       get(subontology.terms,'name')]';
disp(sprintf('%s --> %s \n',rpt{:}))

GO:0004032 --> aldehyde reductase activity 
GO:0004033 --> aldo-keto reductase activity 
GO:0008106 --> alcohol dehydrogenase (NADP+) activity 
GO:0032018 --> 2-methylbutanal reductase activity 
GO:0032866 --> xylose reductase activity 
GO:0032867 --> arabinose reductase activity 
GO:0046568 --> 3-methylbutanal reductase activity 
GO:0050112 --> inositol 2-dehydrogenase activity 
GO:0050236 --> pyridoxine 4-dehydrogenase activity

Просмотрите отношения зависимой Генной Онтологии при помощи getmatrix метод, чтобы создать матрицу связи, чтобы передать biograph функция.
```
cm = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm,rpt(1,:));
view(BG)
```

Смотрите также

goannotread | num2goid | term

Документация