getmatrix

Класс: geneont

Преобразуйте объект geneont в матрицу отношения

Синтаксис

[Matrix, ID, Relationship] = getmatrix(GeneontObj)

Описание

[Matrix, ID, Relationship] = getmatrix(GeneontObj) преобразует объект geneont, GeneontObj, в Matrix, матрица значений отношения между узлами (индексы строки и столбца), в который 0 не указывает ни на какое отношение, 1 указывает на “is_a” отношение и 2 указывает на “part_of” отношение. ID вектор-столбец, перечисляющий Генные идентификаторы Онтологии, которые соответствуют строкам и столбцам Matrix. Relationship массив ячеек из символьных векторов, задающий типы отношений.

Входные параметры

GeneontObjОбъект geneont, такой, как создано geneont функция конструктора.

Выходные аргументы

MatrixМатрица значений отношения между узлами (индексы строки и столбца), в который 0 не указывает ни на какое отношение, 1 указывает на “is_a” отношение и 2 указывает на “part_of” отношение.
IDВектор-столбец, перечисляющий Генные идентификаторы Онтологии, которые соответствуют строкам и столбцам Matrix.
RelationshipМассив ячеек из символьных векторов, задающий типы отношений.

Примеры

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB.

    GO = geneont('LIVE',true) 

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество условий в базе данных.

    Gene Ontology object with 27595 Terms.
  2. Преобразуйте этот объект geneont в матрицу отношения.

    [MATRIX, ID, REL] = getmatrix(GO); 

Смотрите также

| |

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте