Класс: geneont
Найдите условия, которые являются родственниками заданного понятия Генной онтологии (GO)
RelativeIDs
= getrelatives(GeneontObj
, ID
)
[RelativeIDs
, Counts
]
= getrelatives(GeneontObj
, ID
)
... = getrelatives(..., 'Height', HeightValue
,
...)
... = getrelatives(..., 'Depth', DepthValue
,
...)
... = getrelatives(..., 'Levels', LevelsValue
,
...)
... = getrelatives(..., 'Relationtype', RelationtypeValue
,
...)
... = getrelatives(..., 'Exclude', ExcludeValue
,
...)
поисковые запросы RelativeIDs
= getrelatives(GeneontObj
, ID
)GeneontObj
, объект geneont, для ИДУТ условия, которые являются родственниками ПОЙТИ термина (терминов), заданного ID
, который является ПОЙТИ идентификатором термина или вектором из идентификаторов. Это возвращает RelativeIDs
, вектор из ИДЕТ идентификаторы термина включая ID
. ID
неотрицательное целое число или вектор, содержащий неотрицательные целые числа.
[
также возвращает число раз, которым найден каждый родственник. RelativeIDs
, Counts
]
= getrelatives(GeneontObj
, ID
)Counts
вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в GeneontObj
.
Совет
Counts
возвращаемое значение полезно, когда вы соответствуете количествам в генных исследованиях обогащения. Для получения дополнительной информации смотрите Генное Обогащение Онтологии в Микроданных массива.
... = getrelatives (..., '
вызовы PropertyName
', PropertyValue
, ...)getrelatives
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = getrelatives(..., 'Height',
поисковые запросы через конкретное количество уровней, HeightValue
,
...)HeightValue
, в генной онтологии. HeightValue
положительное целое число. Значением по умолчанию является 1
.
... = getrelatives(..., 'Depth',
поисковые запросы вниз через конкретное количество уровней, DepthValue
,
...)DepthValue
, в генной онтологии. DepthValue
положительное целое число. Значением по умолчанию является 1
.
... = getrelatives(..., 'Levels',
поисковые запросы вверх и вниз через конкретное количество уровней, LevelsValue
,
...)LevelsValue
, в генной онтологии. LevelsValue
положительное целое число. Когда задано, это заменяет HeightValue
и DepthValue
.
... = getrelatives(..., 'Relationtype',
поиски заданных типов связей, RelationtypeValue
,
...)RelationtypeValue
, в генной онтологии. RelationtypeValue
вектор символов. Выбором является 'is_a'
, 'part_of'
, или 'both'
(значение по умолчанию).
... = getrelatives(..., 'Exclude',
средства управления, исключая ExcludeValue
,
...)ID
, исходный запрошенный термин (термины), от выхода RelativeIDs
, если термин не был найден при поиске генной онтологии. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
GeneontObj | Объект geneont, такой, как создано geneont функция конструктора. |
ID | ПОЙДИТЕ идентификатор термина или вектор из идентификаторов. |
HeightValue | Положительное целое число, задающее количество уровней, чтобы искать вверх в генной онтологии. |
DepthValue | Положительное целое число, задающее количество уровней, чтобы искать вниз в генной онтологии. |
LevelsValue | Положительное целое число, задающее количество уровней вверх и вниз, чтобы искать в генной онтологии. Когда задано, это заменяет HeightValue и DepthValue . |
RelationtypeValue | Вектор символов, задающий типы связей, чтобы искать в генной онтологии. Выбор:
|
ExcludeValue | Средства управления, исключая ID , исходный запрошенный термин (термины), от выхода RelativeIDs , если термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
RelativeIDs | Вектор из ИДЕТ идентификаторы термина включая ID . |
Counts | Вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в GeneontObj , указание на число раз каждый родственник найдено. |
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB.
GO = geneont('LIVE', true)
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество условий в базе данных.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Получите мгновенных родственников для митохондриальной мембраны, ИДУТ термин с ПОЙТИ идентификатором 31966
.
relatives = getrelatives(GO,31966,'levels',1) relatives = 5741 5743 31090 31966 44429
Создайте зависимую Генную Онтологию.
subontology = GO(relatives) Gene Ontology object with 5 Terms.
Создайте отчет зависимых Генных условий Онтологии, который включает ПОЙТИ идентификатор и имя.
rpt = get(subontology.terms,{'id','name'}) rpt = [ 5741] [1x28 char] [ 5743] [1x28 char] [31090] 'organelle membrane' [31966] [1x22 char] [44429] 'mitochondrial part'
Просмотрите отношения зависимой Генной Онтологии при помощи getmatrix
метод, чтобы создать матрицу связи, чтобы передать biograph
функция и цвет митохондриальная мембрана ИДУТ красный термин.
[cm acc rels] = getmatrix(subontology); BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name')); BG.nodes(acc==31966).Color = [1 0 0]; view(BG)
Получите всех родственников для митохондриальной внешней мембраны, ИДУТ термин с идентификатором 5741
.
relatives = getrelatives(GO,5741,'levels',inf);
Создайте зависимую Генную Онтологию.
subontology = GO(relatives) Gene Ontology object with 13 Terms.
Просмотрите отношения зависимой Генной Онтологии при помощи getmatrix
метод, чтобы создать матрицу связи, чтобы передать biograph
функция и методы и цвет митохондриальная внешняя мембрана ИДУТ красные условия.
[cm acc rels] = getmatrix(subontology); BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name')); BG.nodes(acc==5741).Color = [1 0 0]; view(BG)
goannotread
| num2goid
| term