Отображает набор выравниваний профиля HMM
hmmprofmerge(
Sequences
)
hmmprofmerge(Sequences
, Names
)
hmmprofmerge(Sequences
, Names
, Scores
)
Sequences | Массив последовательностей. Sequences может также быть структурированный массив с выровненными последовательностями в поле Aligned или Sequences , и дополнительные имена в поле Header или Name . |
Names | Имена для последовательностей. Введите массив ячеек из символьных векторов. |
Scores | Попарные баллы выравнивания от функции |
hmmprofmerge(
открывает ваш веб-браузер по умолчанию и отображает набор предварительно выровненных последовательностей к профилю модели HMM. Выход выравнивается, соответствуя состояниям HMM.Sequences
)
Match states — Прописные буквы
Insert states — Строчные буквы или звездочки (*)
Delete states — Тире
Периоды (.) добавляются при соответствии положений, вставляет в другие последовательности. Входные последовательности должны иметь то же количество состояний профиля, то есть, объединенное количество прописных букв и тире должно быть тем же самым.
hmmprofmerge(
помечает последовательности Sequences
, Names
)Names
.
hmmprofmerge(
сортирует отображенные последовательности с помощью Sequences
, Names
, Scores
)Scores
.
load('hmm_model_examples','model_7tm_2') %load model load('hmm_model_examples','sequences') %load sequences for ind =1:length(sequences) [scores(ind),sequences(ind).Aligned] =... hmmprofalign(model_7tm_2,sequences(ind).Sequence); end hmmprofmerge(sequences, scores)