Создайте или отредактируйте структуру профиля скрытой модели Маркова (HMM)
Model
= hmmprofstruct(Length
)
Model
= hmmprofstruct(Length
, Field1
, Field1Value
, Field2
, Field2Value
,
...)
NewModel
= hmmprofstruct(Model
, Field1
, Field1Value
, Field2
, Field2Value
,
...)
Length | Количество соответствия утверждает в модели. |
Model | Структура MATLAB®, содержащая поля для параметров профиля HMM, создается с hmmprofstruct функция. |
Field | Вектор символов или строка, содержащая имя поля в структуре Model . См. приведенную ниже таблицу для имен полей. |
FieldValue | Значение сопоставлено с Field . См. приведенную ниже таблицу для описаний. |
Model | Структура MATLAB, содержащая поля для параметров профиля HMM. |
возвращает Model
= hmmprofstruct(Length
)Model
, структура MATLAB, содержащая поля для параметров профиля HMM. Length
задает количество состояний соответствия в модели. Все другие обязательные параметры устанавливаются на значения по умолчанию.
возвращает структуру профиля HMM с помощью заданных параметров. Все другие обязательные параметры устанавливаются на значения по умолчанию.Model
= hmmprofstruct(Length
, Field1
, Field1Value
, Field2
, Field2Value
,
...)
возвращает обновленную структуру профиля HMM с помощью заданных параметров. Все другие параметры взяты из входа NewModel
= hmmprofstruct(Model
, Field1
, Field1Value
, Field2
, Field2Value
,
...)Model
.
Структура MATLAB Model
содержит следующие поля, которые являются необходимыми и дополнительными параметрами профиля HMM. Все значения вероятности находятся в [0 1] область значений.
Поле | Описание |
---|---|
ModelLength | Целое число, задающее длину профиля (количество состояний СООТВЕТСТВИЯ). |
Alphabet | Вектор символов или строка, задающая алфавит, используются в модели. Выбором является 'AA' (значение по умолчанию) или 'NT' . Примечание
|
MatchEmission | Вероятности эмиссии символа в состояниях СООТВЕТСТВИЯ. Любое из следующего: |
InsertEmission | Вероятности эмиссии символа во ВСТАВКА состоянии. Любое из следующего: |
NullEmission | Вероятности эмиссии символа в СООТВЕТСТВИИ и ВСТАВЛЯЮТ состояния для модели NULL. Любое из следующего: Примечание Модель NULL используется для расчета отношение логарифмических разногласий в каждом состоянии, и избегайте переполнения при распространении вероятностей через модель. Примечание Вероятности NULL также известны как фоновые вероятности. |
BeginX | Вероятности изменения состояния BEGIN. Формат является 1 [B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend] Примечание При необходимости, sum(Model.BeginX) = 1 Для профилей фрагмента: sum(Model.BeginX(3:end)) = 0 Значением по умолчанию является |
MatchX | СОВПАДАЙТЕ с вероятностями изменения состояния. Формат является 4 [M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend; M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1]; M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend; M1->E M2->E ... M[end-1]->E ] Примечание При необходимости, sum(Model.MatchX) = [ 1 1 ... 1 ] Для профилей фрагмента: sum(Model.MatchX(4,:)) = 0 Значением по умолчанию является |
InsertX | ВСТАВЬТЕ вероятности изменения состояния. Формат является 2 [ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend; I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ] Примечание При необходимости, sum(Model.InsertX) = [ 1 1 ... 1 ] Значением по умолчанию является |
DeleteX | Вероятности изменения состояния DELETE. Формат является 2 [ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ; D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ] Примечание При необходимости, sum(Model.DeleteX) = [ 1 1 ... 1 ] Значением по умолчанию является |
FlankingInsertX | Фланговые состояния вставки (N и C) используемый для ЛОКАЛЬНОГО выравнивания профиля. Формат является матрицей 2 на 2: [N->B C->T ; N->N C->C] Примечание При необходимости, sum(Model.FlankingInsertsX) = [1 1] Примечание Обеспечивать глобальное использование выравнивания: Model.FlankingInsertsX = [1 1; 0 0] Значением по умолчанию является |
LoopX | Цикл утверждает вероятности перехода, используемые для нескольких выравнивания хитов. Формат является матрицей 2 на 2: [E->C J->B ; E->J J->J] Примечание При необходимости, sum(Model.LoopX) = [1 1] Значением по умолчанию является |
NullX | Пустые вероятности перехода раньше предоставляли баллам значения логарифмических разногласий также для изменений состояния. Формат является вектором столбцов 2 на 1: [G->F ; G->G] Примечание При необходимости, sum(Model.NullX) = 1 Значением по умолчанию является |
IDNumber | Дополнительный. Присвоенный пользователями идентификационный номер. |
Description | Дополнительный. Присвоенное пользователями описание модели. |
Модель профиля HMM является общим статистическим инструментом для моделирования структурированных последовательностей, состоявших из символов. Эти символы включают случайность в обоих выход (эмиссия символов) и изменения состояния процесса. Модели Маркова обычно представляются диаграммами состояний.
Следующая фигура является диаграммой состояний для профиля HMM длины четыре. ВСТАВЬТЕ, СООТВЕТСТВУЙТЕ, и состояния DELETE находятся в центральной секции.
ВСТАВЬТЕ состояние, представляет избыток одного или нескольких символов в целевой последовательности, которые не включены в профиль.
СООТВЕТСТВУЙТЕ состояние означает, что целевая последовательность выравнивается к профилю в определенном местоположении.
Состояние DELETE представляет разрыв или отсутствие символа в целевой последовательности (также известный как отключенное состояние, потому что это не испускает символов).
Обрамление состояний (S
N
B
E
C
T
) используются для соответствующего моделирования концов последовательности, или для глобальной переменной, локальной или для выравнивания фрагмента профиля. S
B
E
, и T
тихи, в то время как N
и C
используются, чтобы вставить символы во флангах.
Создайте структуру профиля HMM с 100 состояниями СООТВЕТСТВИЯ, с помощью алфавита аминокислоты.
hmmProfile = hmmprofstruct(100,'Alphabet','AA') hmmProfile = ModelLength: 100 Alphabet: 'AA' MatchEmission: [100x20 double] InsertEmission: [100x20 double] NullEmission: [1x20 double] BeginX: [101x1 double] MatchX: [99x4 double] InsertX: [99x2 double] DeleteX: [99x2 double] FlankingInsertX: [2x2 double] LoopX: [2x2 double] NullX: [2x1 double]
Используйте pfamhmmread
функция, чтобы создать HMM профилирует структуру от pf00002.ls
, PFAM отформатированный HMM файл включен с программным обеспечением.
hmm02 = pfamhmmread('pf00002.ls');
Измените структуру профиля HMM, чтобы обеспечить глобальное выравнивание, установив вероятности перехода цикличного выполнения во фланговых состояниях вставки обнулить.
hmm02 = hmmprofstruct(hmm02,'FlankingInsertX',[0 0;1 1]);
hmm02.FlankingInsertX
ans =
0 0
1 1
aacount
| basecount
| gethmmprof
| hmmprofalign
| hmmprofestimate
| hmmprofgenerate
| hmmprofmerge
| pfamhmmread
| showhmmprof