Выровняйте последовательность запроса, чтобы профилировать использующее скрытое выравнивание модели Маркова
Score
= hmmprofalign(Model,
Seq
)
[Score
, Alignment
]
= hmmprofalign(Model, Seq
)
[Score, Alignment, Pointer
]
= hmmprofalign(Model, Seq
)
hmmprofalign(..., 'ShowScore', ShowScoreValue
,
...)
hmmprofalign(..., 'Flanks', FlanksValue
,
...)
hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', ScoreFlanksValue
,
...)
hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', ScoreNullTransitionsValue
,
...)
Model | Скрытая модель Маркова создается с функцией |
Seq | Аминокислота или последовательность нуклеотида. Можно также ввести структуру с полем |
ShowScoreValue | Управляет отображением пробела выигрыша и пути к победе. Выбором является |
FlanksValue | Средства управления включение символов, сгенерированных FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния в выходную последовательность. Выбором является |
ScoreFlanksValue | Управляет включением вероятностей перехода для фланговых состояний в необработанном счете. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
ScoreNullTransitionsValue | Управляет корректировкой необработанного счета с помощью пустой модели для переходов (Model.NullX ). Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
возвращает счет к оптимальному выравниванию аминокислоты запроса или последовательности нуклеотида (Score
= hmmprofalign(Model,
Seq
)Seq
) к профилю скрытая модель Маркова (Model
). Баллы вычисляются с помощью нечетных журналом отношений для вероятностей эмиссии и регистрируют вероятности для изменений состояния.
[
также возвращает вектор символов, показывающий оптимальное выравнивание профиля. Score
, Alignment
]
= hmmprofalign(Model, Seq
)
Прописные буквы и тире соответствуют СООТВЕТСТВИЮ, и состояния DELETE соответственно (объединенное количество равно количеству состояний в модели). Строчные буквы испускаются ВСТАВКА состояниями. Для получения дополнительной информации о профиле HMM, смотрите hmmprofstruct
.
[
также возвращает вектор из той же длины как модель профиля с индексами, указывающими на соответствующие символы последовательности запроса. Нулевые указатели (Score, Alignment, Pointer
]
= hmmprofalign(Model, Seq
)NaN
) подразумевайте, что такие состояния не испускали символ в выровненной последовательности, потому что они представляют модель, спрыгивает с состояния BEGIN состояния СООТВЕТСТВИЯ, модель спрыгивает от состояния СООТВЕТСТВИЯ, в конец утверждают, или потому что выравнивание прошло через состояния DELETE.
hmmprofalign (..., '
вызовы PropertyName
', PropertyValue
, ...)hmmprofalign
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
hmmprofalign(..., 'ShowScore',
, когда ShowScoreValue
,
...)ShowScoreValue
true
, отображает пробел выигрыша и путь к победе.
hmmprofalign(..., 'Flanks',
, когда FlanksValue
,
...)FlanksValue
true
, включает символы, сгенерированные FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния в выходную последовательность.
hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks',
, когда ScoreFlanksValue
,
...)ScoreFlanksValue
true
, включает вероятности перехода для фланговых состояний в необработанном счете.
hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions',
, когда ScoreNullTransitionsValue
,
...)ScoreNullTransitionsValue
true
, настраивает необработанный счет с помощью пустой модели для переходов (Model.NullX
).
Примечание
Несколько предназначаются для выравнивания, не поддерживается в этой реализации. Весь Model.LoopX
вероятности проигнорированы.
gethmmprof
| hmmprofestimate
| hmmprofgenerate
| hmmprofgenerate
| hmmprofstruct
| multialign
| pfamhmmread
| profalign
| showhmmprof