Ищите цель Illumina BeadStudio (тестовая) последовательность и информация об аннотации
AnnotStruct
=
ilmnbslookup(AnnotationFile
, ID
)
AnnotStruct
=
ilmnbslookup(AnnotationFile
, ID
,
'LookUpField', LookUpFieldValue
)
AnnotationFile | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла аннотации Illumina® (CSV, BGX или формат TXT). Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке. Совет Можно загрузить файлы аннотации Illumina, такие как |
ID | Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, представляющий уникальный идентификатор (идентификаторы) для одной или нескольких целей (зонды) на микромассиве Illumina. Совет По умолчанию, |
LookUpFieldValue | Поле в Совет Установите это свойство так, чтобы оно соответствовало |
AnnotStruct | Структура, содержащая тестовую последовательность и информацию об аннотации для одной или нескольких целей (зонды), задана
|
возвращает AnnotStruct
=
ilmnbslookup(AnnotationFile
, ID
)AnnotStruct
, структура, содержащая тестовую последовательность и информацию об аннотации для одной или нескольких целей (зонды), задана ID
, и AnnotationFile
, файл аннотации Illumina (CSV, BGX или формат TXT).
AnnotStruct
содержит те же поля как AnnotationFile
. Поля описаны в следующих двух таблицах.
Структура, созданная из файла аннотации CSV Illumina
Поле | Описание |
---|---|
Search_key | Внутренний идентификатор для цели, полезной для массива индивидуального проекта |
Target | Уникальный идентификатор для цели |
ProbeId | Illumina зондируют идентификатор |
Gid | Идентификатор GenBank® для гена |
Transcript | Illumina внутренний идентификатор расшифровки стенограммы |
Accession | Инвентарный номер GenBank для гена |
Symbol | Как правило, название гена |
Type | Тестовый тип |
Start | Стартовая позиция тестовой последовательности в записи GenBank |
Probe_Sequence | Последовательность зонда |
Definition | Поле Definition от записи GenBank |
Ontology | Генные условия Онтологии сопоставлены с геном |
Synonym | Синонимы для гена (от записи GenBank) |
Структура, созданная из BGX или файла аннотации TXT
Поле | Описание |
---|---|
Accession | Инвентарный номер GenBank для гена |
Array_Address_Id | Идентификатор декодера |
Chromosome | Хромосома, на которой расположен ген |
Cytoband | Цитогенетическая область соединения хромосомы, на которой расположен ген, сопоставленный с целью |
Definition | Поле Definition от записи GenBank |
Entrez_Gene_ID | Идентификатор базы данных Entrez Gene для гена |
GI | Идентификатор GenBank для гена |
ILMN_Gene | Название гена Illuminainternal |
Obsolete_Probe_Id | Тестовый идентификатор перед файлами аннотации BGX |
Ontology_Component | Генные сотовые компоненты Онтологии сопоставлены с геном |
Ontology_Function | Генная Онтология молекулярные функции сопоставлена с геном |
Ontology_Process | Генная Онтология биологические процессы сопоставлена с геном |
Probe_Chr_Orientation | Ориентация зонда на сборке генома NCBI |
Probe_Coordinates | Геномное положение зонда на сборке генома NCBI |
Probe_Id | Идентификатор Illuminaprobe |
Probe_Sequence | Последовательность зонда |
Probe_Start | Запустите положение зонда относительно 5' конец исходной последовательности расшифровки стенограммы |
Probe_Type | Информация о том, для чего предназначается зонд |
Protein_Product | Инвентарный номер белка NCBI |
RefSeq_ID | Идентификатор от базы данных NCBI RefSeq |
Reporter_Composite_map | Информация сопоставлена с зондами управления |
Reporter_Group_Name | Информация сопоставлена с зондами управления |
Reporter_Group_id | Информация сопоставлена с зондами управления |
Search_Key | Внутренний идентификатор для цели, полезной для массива индивидуального проекта |
Source | Источник, из которого была получена последовательность расшифровки стенограммы |
Source_Reference_ID | Идентификатор источника |
Species | Разновидности сопоставлены с геном |
Symbol | Как правило, название гена |
Synonyms | Синонимы для гена (от записи GenBank) |
Transcript | Идентификатор расшифровки стенограммы Illuminainternal |
Unigene_ID | Идентификатор от базы данных NCBI UniGene |
ищет AnnotStruct
=
ilmnbslookup(AnnotationFile
, ID
,
'LookUpField', LookUpFieldValue
)ID
в файле аннотации в поле, заданном LookUpFieldValue
. Значением по умолчанию является Search_key
поле .
Примечание
Файл экспрессии гена, TumorAdjacent-probe-raw.txt
, и файл аннотации, HumanRef-8_V3_0_R0_11282963_A.bgx
, используемый в следующих примерах не предоставлены программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.
Считайте содержимое файла с разделением табуляцией, экспортируемого из программного обеспечения Illumina BeadStudio™ в структуру MATLAB.
ilmnStruct = ilmnbsread('TumorAdjacent-probe-raw.txt') ilmnStruct = Header: [1x1 struct] TargetID: {22184x1 cell} ColumnNames: {1x37 cell} Data: [22184x37 double] TextColumnNames: {1x23 cell} TextData: {22184x23 cell}
Найдите количество Search_key
столбец в TextColumnNames
массив ячеек, который возвращен в ilmnStruct
структура ilmnbsread
функция.
srchCol = find(strcmpi('Search_Key',ilmnStruct.TextColumnNames)) srchCol = 1
Ищите тестовую последовательность и информацию об аннотации для 10-й записи в файле аннотации, HumanRef-8_V3_0_R0_11282963_A.bgx
.
annotation = ilmnbslookup('HumanRef-8_V3_0_R0_11282963_A.bgx',... ilmnStruct.TextData{10,srchCol}) annotation = Accession: 'NM_144670.2' Array_Address_Id: '0004050154' Chromosome: '12' Cytoband: '12p13.31b' Definition: 'Homo sapiens alpha-2-macroglobulin-like 1 (A2ML1), mRNA.' Entrez_Gene_ID: '144568' GI: '74271844' ILMN_Gene: 'A2ML1' Obsolete_Probe_Id: '' Ontology_Component: '' Ontology_Function: 'endopeptidase inhibitor activity [goid 4866] [evidence IEA]' Ontology_Process: '' Probe_Chr_Orientation: '+' Probe_Coordinates: '8920412-8920461' Probe_Id: 'ILMN_2136495' Probe_Sequence: 'TGTAATCGCAGCCCCTTGGAAGGCCAAGGCAGGAGAATCGCCTCAACACT' Probe_Start: '4889' Probe_Type: 'S' Protein_Product: 'NP_653271.2' RefSeq_ID: 'NM_144670.2' Reporter_Composite_map: '' Reporter_Group_Name: '' Reporter_Group_id: '' Search_Key: 'ILMN_17375' Source: 'RefSeq' Source_Reference_ID: 'NM_144670.2' Species: 'Homo sapiens' Symbol: 'A2ML1' Synonyms: [1x141 char] Transcript: 'ILMN_17375' Unigene_ID: ''
Используйте ilmnbslookup
функция с 'LookUpField'
свойство искать информацию об аннотации для всех целей, расположенных на хромосоме 12 в файле аннотации, HumanRef-8_V3_0_R0_11282963_A.bgx
.
chr12annotation = ilmnbslookup('HumanRef-8_V3_0_R0_11282963_A.bgx',... '12','LookUpField','Chromosome') chr12annotation = Accession: {1x1186 cell} Array_Address_Id: {1x1186 cell} Chromosome: {1x1186 cell} Cytoband: {1x1186 cell} Definition: {1x1186 cell} Entrez_Gene_ID: {1x1186 cell} GI: {1x1186 cell} ILMN_Gene: {1x1186 cell} Obsolete_Probe_Id: {1x1186 cell} Ontology_Component: {1x1186 cell} Ontology_Function: {1x1186 cell} Ontology_Process: {1x1186 cell} Probe_Chr_Orientation: {1x1186 cell} Probe_Coordinates: {1x1186 cell} Probe_Id: {1x1186 cell} Probe_Sequence: {1x1186 cell} Probe_Start: {1x1186 cell} Probe_Type: {1x1186 cell} Protein_Product: {1x1186 cell} RefSeq_ID: {1x1186 cell} Reporter_Composite_map: '' Reporter_Group_Name: '' Reporter_Group_id: '' Search_Key: {1x1186 cell} Source: {1x1186 cell} Source_Reference_ID: {1x1186 cell} Species: {1x1186 cell} Symbol: {1x1186 cell} Synonyms: {1x1186 cell} Transcript: {1x1186 cell} Unigene_ID: {1x1186 cell}
Структура output указывает, что существует 1 186 целей, расположенных на хромосоме 12.